Том 69, № 4 (2024)
- Год: 2024
- Дата публикации: 26.09.2024
- Статей: 10
- URL: https://virusjour.crie.ru/jour/issue/view/135
Весь выпуск
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Молекулярная диагностика папилломавирусов высокого риска и статус вакцинации среди женщин с нормальной цитологией в Конго
Аннотация
Цель: Цель данного исследования – определение молекулярными методами распространенности ВПЧ-инфекции высокого риска и распределения генотипов вируса среди женщин с нормальной цитологией, а также определение статуса вакцинации в исследуемой когорте.
Методы: Исследованы 110 цервикальных образцов, по 1 мл каждого образца вносили в картридж Xpert HPV в отсеке для образцов перед помещением в систему Cepheid GeneXpert. Одновременная детекция всех мишеней при амплификации генов E6 и E7 проводилась в 5 флуоресцентных каналах (HPV16, HPV18/45, HPV31/33/35/52/58, HPV51/59 и HPV39/56/66/68a).
Результаты: Из всех исследованных образцов 36/110 (33%) были положительными по ДНК ВПЧ. Преобладающими генотипами были ВПЧ-16 (12,7%) и прочие объединенные генотипы ВПЧ высокого риска (8,2%). Все женщины, получавшие вакцину Gardasil-9 (3,6%), имели ВПЧ-инфекцию, предположительно ассоциированную с поездками за пределы Африки. Остальные участницы исследования (96,4%) никакой вакцины против ВПЧ не получали.
Заключение: Наше исследование подтверждает широкую распространенность инфекции, вызванной ВПЧ высокого риска, в нашей популяции и подчеркивает важность изучения распространенности ВПЧ молекулярными методами, особенно у здоровых женщин с нормальной цитологией, в связи с высоким уровнем неосведомленности населения о ВПЧ-инфекции.
Влияние дезоксирибонуклеата натрия с железом комплекса на экспрессию поверхностных маркеров клеток МТ-4, инфицированных вирусом иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1) (Retroviridae: Primate lentivirus group)
Аннотация
Введение. Cохранение иммунной дисфункции при терапии имеет серьезные последствия для здоровья ВИЧ-инфицированных пациентов. Поэтому важным направлением является поиск препаратов, способных снижать воспалительный потенциал иммунной системы и служащих дополнительным компонентом противовирусных лекарств.
Цель работы – изучить влияние иммуномодулирующего препарата дезоксирибонуклеата натрия с железом комплекс (ДНК-Na-Fe) на экспрессию маркеров активации в клетках линии МТ-4, зараженных ВИЧ-1.
Материалы и методы. В клетках определяли уровни экспрессии на плазматической мембране белков CD4, CD28, CD38, CD62L и HLA-DR. Для оценки вирусной активности определяли количество белка p24 методом иммуноферментного анализа.
Результаты и обсуждение. При изучении экспрессии поверхностных маркеров проанализировали 2 варианта клеточных линий с разной репликативной активностью. Тестировали контрольные клетки, клетки, культивируемые в присутствии ДНК-Na-Fe, зараженные клетки и зараженные клетки, культивируемые в присутствии ДНК-Na-Fe. На основании полученных результатов можно сделать вывод о том, что противовирусная активность препарата при заражении МТ-4-клеток ВИЧ-1 связана с иммуномодулирующей активностью, изменяющей экспрессию мембранных белков CD4, CD28, CD38 и CD62L. Наблюдаемое разнообразие во влиянии ДНК-Na-Fe на экспрессию изученных поверхностных белков в двух линиях клеток, указывает на то, что оно зависит от особенностей совокупных молекулярно-биологических процессов, происходящих в клетках. А усиление эффектов, наблюдаемых в клетках с повышенной репликативной активностью, предполагает активное участие ДНК-Na-Fe в репликации вируса на стадиях проникновения и почкования.
Заключение. Исследования показали, что ДНК-Na-Fe обладает противовирусной и иммуномодулирующей активностью.
Частота выявления антител к вирусу Западного Нила среди пациентов с острой фебрильностью в Илорине, Нигерия
Аннотация
Введение. Вирус Западного Нила (ВЗН), представитель семейства Flaviviridae, является одним из наиболее широко распространенных арбовирусов в мире. В развивающихся странах, таких как Нигерия, лихорадку, возникающую в результате инфекции ВЗН, часто ошибочно ассоциируют с малярией или брюшным тифом из-за неправильного диагноза и низкого уровня осведомленности об этой инфекции. В настоящем исследовании определяли распространенность антител к ВЗН классов IgM и IgG среди пациентов с лихорадкой в мегаполисе Илорин.
Материалы и методы. В общей сложности у 200 пациентов были взяты образцы крови, и каждая сыворотка была проверена на наличие антител к ВЗН классов IgM и IgG с использованием непрямого иммуноферментного анализа (ELISA). Были рассчитаны статистическая корреляция и коэффициенты логистической регрессии.
Pезультаты. В целом анти-ВЗН IgM были выявлены в 6% (12/200) пациентов с острой лихорадкой, с более высокой частотой выявления (6,30%) у женщин, чем у мужчин (5,45%).Частота выявления анти-ВЗН IgG составила 52% (104/200), при этом серопревалентность среди мужчин составила 50,67%, а среди женщин ‒ 38,95%. На стадии реконвалесценции, о которой свидетельствует одновременное обнаружение антител к ВЗН классов IgG и IgM, находились 5,4% (11/200) участников. Была получена статистически значимая корреляция серопозитивности с возрастом и религией респондентов, тогда как пол, род занятий, использование противомоскитных сеток и уровень образования не имели положительной корреляции при p < 0,05. Однако на основе отношения рисков при 95% ДИ и коэффициентов логистической регрессии такие факторы риска, как переливание крови, место проживания, инфицирование малярийным плазмодием, близость к стоячей воде и зарослям кустарника, были значимыми для положительного результата выявления анти-ВЗН-IgG и -IgM.
Заключение. Результаты этого исследования показывают циркуляцию ВЗН в исследуемой зоне. Клиницистам/врачам необходимо срочно включить скрининг на вирус Западного Нила у пациентов с лихорадкой перед началом лечения.
Молекулярно-биологические закономерности сохранения циркуляции вируса SARS-CoV-2 в человеческой популяции
Аннотация
Введение. Вирус SARS-CoV-2, являющийся возбудителем COVID-19, циркулирует в человеческой популяции 4 года. При этом уже к концу 2-го года не осталось иммунологически наивных лиц в результате активной иммунизации населения вакцинами и естественного контакта с вирусом. Понимание закономерностей, способствующих сохранению вируса в человеческой популяции, позволит лучше прогнозировать эпидемический потенциал COVID-19 и своевременно адаптировать средства противодействия продолжающейся пандемии.
Целью данной работы являлось описание выявленных молекулярно-биологических закономерностей, способствующих сохранению вируса в человеческой популяции.
Материалы и методы. В течение более 3 лет с начала пандемии COVID-19 проводили молекулярно-генетический мониторинг SARS-CoV-2, включавший в себя сбор назофарингеальных мазков от инфицированных, оценку вирусной нагрузки и последующее полногеномное секвенирование.
Результаты. Был установлен профиль доминирующих генетических линий на фоне роста заболеваемости и его изменение на протяжении всего периода мониторинга. Дополнительно изучен состав аминокислотных замен в различных белках SARS-CoV-2 и уровень вирусной нагрузки в составе мазков у последовательно сменявшихся вариантов возбудителя COVID-19. Предложена модель сохранения вируса в человеческой популяции, в рамках которой вирус способен: 1) к периодической смене серотипа (падение вируснейтрализующей активности сывороток более чем в 10 раз); 2) к накоплению дополнительных точечных аминокислотных замен в составе RBD в пределах серотипа для частичного ухода от нейтрализующих антител (снижение вируснейтрализующей активности в 2‒3 раза) и повышения сродства к рецептору; 3) к постепенному увеличению количества выделяемого вируса на слизистых оболочках в пределах одного серотипа.
Заключение. Предложенная модель в существенной степени объясняет динамику заболеваемости COVID-19 в Москве. Для более полной характеристики наблюдаемой динамики необходимо получение популяционных данных о динамике напряженности иммунитета и нейтрализующей способности антител в отношении актуального состава генетических линий.
Разработка, изучение и сравнение моделей перекрестного иммунитета к вирусу гриппа с применением статистических методов и машинного обучения
Аннотация
Введение. Всемирная организация здравоохранения в качестве одного из важнейших критериев оценки успешно проводимой вакцинации и способности предотвращать заболевание у населения рассматривает значения титров антител в реакции торможения гемагглютинации. Математическое моделирование перекрестного иммунитета позволяет оперативно выявлять новые антигенные варианты, что имеет первостепенное значение для эпидемиологического надзора и здоровья человека.
Материалы и методы. В настоящей работе применены статистические методы и техники машинного обучения от простого к сложному ‒ регрессионная логистическая модель, метод случайного леса и градиентный бустинг. В расчетах, параллельно дистанции Хемминга, также использовали матрицы AАindex. Вычисления проводили с разными типами и величинами порогов антигенного ускользания, на четырех наборах данных (временны́х периодах). Результаты сравнивали по принятым метрикам бинарной классификации.
Результаты. Показана существенная дифференциация в зависимости от применяемых наборов данных. Лучшие результаты продемонстрировали все три модели на прогнозный осенний сезон 2022 г., предварительно обученные на февральском сезоне этого же года (AUROC 0,934; 0,958; 0,956 соответственно). Наименьшие результаты были получены на весь прогнозный 2023 г., настроенные на данных двух сезонов 2022 г. (AUCROC 0,614; 0,658; 0,775 соответственно). При этом зависимость результатов от применяемых типов порогов и их величин оказалась незначительной. Дополнительное применение матриц ААindex не улучшило существенно результаты моделей, но в то же время не внесло значимых ухудшений.
Заключение. Более сложные модели показывают лучший результат. При разработке моделей перекрестного иммунитета, для убедительного утверждения об их прогностической устойчивости важно проводить тестирование на разных наборах данных.
Молекулярная диагностика вируса ветряной оспы в спинномозговой жидкости пациентов с инсультом из провинции Ди-Кар
Аннотация
Введение: Вирус Varicella zoster (VZV) — это разновидность альфа-герпесвируса, который поражает нервную систему. Первичное заражение, обычно происходящее в детстве, приводит к ветряной оспе (известной как ветрянка), после чего вирус переходит в латентное состояние в ганглиях черепных нервов, дорсальных корешковых ганглиях и вегетативных ганглиях по всей ЦНС.
Цель исследования: Молекулярно-генетические исследования вирусов являются важными для обнаружения вирусов и разработки вирусных препаратов для борьбы с заболеваниями. Цель исследования – определение всей последовательности гена ORF4 местных штаммов VZV для филогенетического анализа с целью определения изменчивости вирусной последовательности.
Материалы и методы: Десять образцов ДНК VZV были подвергнуты секвенированию всего участка ORF4 после идентификации методом ПЦР.
Результаты: Нуклеотидные последовательности VZV были получены и проанализированы для 5 клинических образцов. Было обнаружено, что все клинические штаммы обладают геномом длиной 124 884 bp. Анализ последовательностей продемонстрировал наличие 2 различных мутаций, одна из которых является трансверсией, а другая ‒ переходом, причем последняя приводит к изменению аминокислотного остатка. Филогенетическое дерево было построено методом максимального правдоподобия на основе нуклеотидных последовательностей из 5 клинических образцов и 9 референсных штаммов VZV. Дерево отображало эволюционные расстояния между этими последовательностями. Анализ филогенетического дерева показал наличие 5 первичных клад, 4 из которых происходят из Индии (изоляты S1, S2, S4, S5), а S3 демонстрирует сходство со штаммом из Великобритании.
Необычные ВА222-подобные штаммы Rotavirus A (Sedoreoviridae: Rotavirus: Rotavirus A): молекулярно-генетический анализ на основе всех сегментов генома
Аннотация
Введение. Ротавирусная инфекция является основной причиной тяжелых дегидратирующих диарей, требующих госпитализации, у детей младшего возраста во всем мире. Благодаря сегментированному геному ротавирусы способны к реассортации генов, что делает возможным появление и распространение генетически новых штаммов.
Цель исследования ‒ поиск необычных ротавирусов, циркулировавших в Нижнем Новгороде в 2021‒2023 гг., и их молекулярно-генетическая характеристика на основе всех сегментов генома.
Материалы и методы. Ротавирус-положительные образцы стула детей исследовали методами ПЦР-генотипирования и электрофореза в полиакриламидном геле. Для отобранных штаммов были секвенированы фрагменты комплементарной ДНК каждого из 11 генов (VP1‒VP4, VP6, VP7, NSP1‒NSP5) длиной от 570 до 850 пар нуклеотидов. Филогенетический анализ проводили в программе MEGA X.
Результаты. В исследуемый период 2021‒2023 гг. было идентифицировано 11 G[P]-комбинаций с преобладанием G3P[8] (59,5%). Выявлено 6 нетипичных штаммов ротавируса А (РВА): 2 штамма генотипа G2P[4] (G2-P[4]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T3-E2-H3, G2-P[4]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T3-E3-H2) и 4 штамма G3P[9] (все штаммы имели генотип G3-P[9]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T3-E3-H3). Филогенетический анализ на основе всех генов показал эволюционное родство между ротавирусами, подобными ротавирусам кошек и собак (ВА222-подобными), и необычными штаммами генотипа G2P[4], для которых смешанная комбинация генотипов была выявлена и охарактеризована впервые.
Заключение. Полученные результаты расширяют представления о разнообразии реассортантных РВА, а также дополняют данные о генотиповой структуре популяции ротавирусов на территории Нижнего Новгорода. Результаты исследования в совокупности с полученными ранее данными расширяют представление о генетическом разнообразии ротавирусов и роли реассортантов в его поддержании, что важно для создания новых ротавирусных вакцин и понимания эволюционных процессов в популяции РВА.
Первое обнаружение вирусов гриппа А субтипов H1N1 и H3N8 в Антарктическом регионе: о. Кинг-Джордж, 2023 год
Аннотация
Актуальность. Вирус гриппа типа «А» (далее ‒ вирус гриппа А) относится к семейству Orthomyxoviridae и характеризуется сегментированным одноцепочечным РНК-геномом. Такая организация генома вируса обусловливает возможность реассортации, которая может приводить к появлению новых вариантов вируса. Основным естественным резервуаром большинства субтипов вируса гриппа A являются дикие водоплавающие птицы. Сезонные миграции собирают водоплавающих птиц со всех основных миграционных путей в районы гнездования около Северного и Южного полярных кругов. Это делает возможным межконтинентальное распространение субтипов вируса гриппа А. Наблюдение за развитием птичьего гриппа, особенно на территориях, ранее изолированных от человеческой деятельности, каким является Антарктический регион, имеет большое значение.
Цель исследования ‒ проведение молекулярно-генетического мониторинга и изучение филогенетических связей вариантов вируса гриппа А, циркулирующего на территории Антарктики в 2023 г.
Материалы и методы. Исследовали 84 образца биологического материала, полученного от птиц и морских млекопитающих в апреле–мае 2023 г. на прибрежных территориях Антарктики. Для 3 образцов проводили секвенирование на платформе Miseq, Illumina и филогенетический анализ полученных нуклеотидных последовательностей геномов вируса гриппа А.
Результаты. Подтверждена циркуляция птичьего гриппа в Антарктическом регионе. Выявлена гетерогенность пула циркулировавших вариантов вируса гриппа А (H3N8, H1N1). Секвенированы полноразмерные геномы вируса птичьего гриппа и размещены в открытой базе данных GISAID, что дополняет глобальную картину эволюционной изменчивости вирусов гриппа в мире (EPI_ISL_19032103, 19174530, 19174467).
Заключение. Изучение генетического разнообразия циркулирующих в полярных регионах Земли вирусов гриппа А и выявление присущих им условий возникновения новых генетических вариантов имеет важное теоретическое значение с научной точки зрения и является актуальной задачей для разработки мер по предотвращению биологических угроз.