The genetic variability and genotyping of tick-borne encephalitis virus with deoxyoligonucleotide probes


Cite item

Full Text

Abstract

A panel of genotype-specific molecular probes has been designed, which is used to indicate and differentiate tick-borne encephalitis (TBE) virus. It assesses the individual genetic structure of each strain since the targets for the probes are the variable sequences of all 10 virus genes, which are specific for each of three genotypes. The molecular nucleic acid hybridization by means of the panel was used to study 273 TBE virus strains isolated from a Eurasian area; along with the representatives of three genotypes, the virus strains, the genomic structures of which do not fit in the established concept on three genotypes, circulate in Eastern Siberia.

References

  1. Злобин В. И., Шаманин В. А., Плетнев А. Г. и др. Специфическая реактивность кДНК- и дезоксиолигонуклеотидных зондов, комплементарных геному вируса клещевого энцефалита, с РНК штаммов различного географического происхождения // Вопр. вирусол. - 1992. - № 5-6. - С. 248-252.
  2. Злобин В. И., Демина Т. В., Мамаев Л. В. и др. Анализ генетической вариабельности штаммов вируса клещевого энцефалита по первичной структуре фрагмента гена белка оболочки Е // Вопр. вирусол. - 2001. - № 1. - С. 2-16.
  3. Злобин В. И., Демина Т. В., Беликов С. И. и др. Генетическое типирование штаммов вируса клещевого энцефалита на основе анализа гомологии фрагмента гена белка оболочки // Вопр. вирусол. - 2001. - № 1. - С. 16-21.
  4. Злобин В. И., Газо М. Х., Беликов С. И. и др. Молекулярные зонды для генетического типирования вируса клещевого энцефалита // Вопр. вирусол. - 2001. - № 4. - С. 43-47.
  5. Клещевой энцефалит в Восточной Сибири / Злобин В. И., Борисов В. А., Верхозина М. М. и др. - Иркутск, 2002.
  6. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита / Злобин В. И., Беликов С. И., Джиоев Ю. П. и др. - Иркутск, 2003.
  7. Карань Л. С., Браславская С. И., Мязин А. Е. Развитие методов детекции и генотипирования вируса клещевого энцефалита на основе амплификационных технологий // Вопр. вирусол. - 2007. - № 6. - С. 17-22.
  8. Карань Л. С., Маленко Г. В., Бочкова Н. Г. и др. Применение молекулярно-генетических методик для изучения структуры штаммов вируса клещевого энцефалита // Бюл. СО РАМН. - 2007. - № 4. - С. 34-40.
  9. Погодина В. В., Бочкова Н. Г., Левина Л. С. и др. Иммунологические и некоторые этиологические аспекты изучения серотипа Айна/1448 вируса КЭ // Вопр. вирусол. - 1981. - № 6. - С. 735-741.
  10. Погодина В. В., Бочкова Н. Г., Злобин В. И. и др. Генетическая характеристика серотипа Вергина вируса клещевого энцефалита и особенности его патогенности // Вопр. вирусол. - 1993. - № 4. - С. 158-163.
  11. Ecker M., Allison S. L., Meixner T., Heinz F. X. Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis viruses from Europe and Asia // J. Gen. Virol. - 1999. - Vol. 80. - P. 179-185.
  12. Heinz F. X., Collet M. S., Puteell R. H. et al. Family flaviviridae // Virus Taxonomy: Seventh Report of the International Committee on Taxonomy of Vruses / Eds M. H. Rogenmortel. et al. - San Diego, 1999. - P. 858-878.
  13. Innis M. A., Gelfand D. H. Optimization of PCRs // PCR Protocols / Eds M. A. Innis et al. - New York, 1990. - P. 3-12.
  14. Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment // Briefings in Bioinformat. - 2004. - N 5. - P. 150-163.
  15. Pletnev A. G., Yamshikov V. F., Blinov V. M. Nucleotide sequence of the genome and complete amino acid sequence of the polyprotein of tick-borne encephalitis virus // Virology. - 1990. - Vol. 174. - P.. 250-263.
  16. Shamanin V. A., Pletnev A. G., Rubin S. G., Zlobin V. I. Differentiation of strains of tick-borne encephalitis virus by means of RNA-DNA hybridization // J. Gen. Virol. - 1990. - Vol. 71. - P. 1505-1515.
  17. Van de Peer Y., De Wachter Y. A software package for the construction and drawing of evolutionary trees // Comp. Appl. Biosci. - 1994. - Vol. 44. - P. 271-280.
  18. Whitby J. E., Whitby S. N., Jennings A. D. et al. Nucleotide sequence of the envelope protein of a Turkish isolate of tick-borne encephalitis (TBE) virus is distinct from other viruses of the TBE virus complex // J. Gen. Virol. - 1993. - Vol. 74. - P. 921-924.
  19. Zlobin V. I., Mamaev L. V., Dzhioev Yu. P. et al. Molecular biological data confirm the genetic independence of East Siberian subtype of tick borne encephalitis virus (prototype strain Aina/1448) // Tick-Borne Viral, Rickettsial and Bacterial Infections: International Scientific Conference: Abstract Book. - Irkutsk, 1996. - P. 58-59.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2009 Demina T.V., Dzhioev Y.P., Verkhozina M.M., Kozlova I.V., Tkachev S.E., Doroshchenko E.K., Lisak O.V., Zlobin V.I., Demina T.V., Dzhioyev Y.P., Verkhozina M.M., Kozlova I.V., Tkachev S.Y., Doroshchenko Y.K., Lisak O.V., Zlobin V.I.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies