Генетическая вариабельность и генотипирование вируса клещевого энцефалита с помощью дезоксиолигонуклеотидных зондов


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Создана панель генотипспецифических молекулярных зондов, предназначенная для индикации и дифференциации вируса клещевого энцефалита (ВКЭ). Она позволяет оценивать индивидуальную генетическую структуру каждого штамма, поскольку мишенями для зондов являются вариабельные, специфичные для каждого из 3 генотипов последовательности всех 10 генов вируса. С помощью панели методом молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот исследовано 273 штамма ВКЭ из евро-азиатского ареала и установлено, что наряду с представителями 3 генотипов на территории Восточной Сибири циркулируют штаммы вируса, структуры геномов которых не укладываются в сложившуюся концепцию о 3 генотипах.

Список литературы

  1. Злобин В. И., Шаманин В. А., Плетнев А. Г. и др. Специфическая реактивность кДНК- и дезоксиолигонуклеотидных зондов, комплементарных геному вируса клещевого энцефалита, с РНК штаммов различного географического происхождения // Вопр. вирусол. - 1992. - № 5-6. - С. 248-252.
  2. Злобин В. И., Демина Т. В., Мамаев Л. В. и др. Анализ генетической вариабельности штаммов вируса клещевого энцефалита по первичной структуре фрагмента гена белка оболочки Е // Вопр. вирусол. - 2001. - № 1. - С. 2-16.
  3. Злобин В. И., Демина Т. В., Беликов С. И. и др. Генетическое типирование штаммов вируса клещевого энцефалита на основе анализа гомологии фрагмента гена белка оболочки // Вопр. вирусол. - 2001. - № 1. - С. 16-21.
  4. Злобин В. И., Газо М. Х., Беликов С. И. и др. Молекулярные зонды для генетического типирования вируса клещевого энцефалита // Вопр. вирусол. - 2001. - № 4. - С. 43-47.
  5. Клещевой энцефалит в Восточной Сибири / Злобин В. И., Борисов В. А., Верхозина М. М. и др. - Иркутск, 2002.
  6. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита / Злобин В. И., Беликов С. И., Джиоев Ю. П. и др. - Иркутск, 2003.
  7. Карань Л. С., Браславская С. И., Мязин А. Е. Развитие методов детекции и генотипирования вируса клещевого энцефалита на основе амплификационных технологий // Вопр. вирусол. - 2007. - № 6. - С. 17-22.
  8. Карань Л. С., Маленко Г. В., Бочкова Н. Г. и др. Применение молекулярно-генетических методик для изучения структуры штаммов вируса клещевого энцефалита // Бюл. СО РАМН. - 2007. - № 4. - С. 34-40.
  9. Погодина В. В., Бочкова Н. Г., Левина Л. С. и др. Иммунологические и некоторые этиологические аспекты изучения серотипа Айна/1448 вируса КЭ // Вопр. вирусол. - 1981. - № 6. - С. 735-741.
  10. Погодина В. В., Бочкова Н. Г., Злобин В. И. и др. Генетическая характеристика серотипа Вергина вируса клещевого энцефалита и особенности его патогенности // Вопр. вирусол. - 1993. - № 4. - С. 158-163.
  11. Ecker M., Allison S. L., Meixner T., Heinz F. X. Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis viruses from Europe and Asia // J. Gen. Virol. - 1999. - Vol. 80. - P. 179-185.
  12. Heinz F. X., Collet M. S., Puteell R. H. et al. Family flaviviridae // Virus Taxonomy: Seventh Report of the International Committee on Taxonomy of Vruses / Eds M. H. Rogenmortel. et al. - San Diego, 1999. - P. 858-878.
  13. Innis M. A., Gelfand D. H. Optimization of PCRs // PCR Protocols / Eds M. A. Innis et al. - New York, 1990. - P. 3-12.
  14. Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment // Briefings in Bioinformat. - 2004. - N 5. - P. 150-163.
  15. Pletnev A. G., Yamshikov V. F., Blinov V. M. Nucleotide sequence of the genome and complete amino acid sequence of the polyprotein of tick-borne encephalitis virus // Virology. - 1990. - Vol. 174. - P.. 250-263.
  16. Shamanin V. A., Pletnev A. G., Rubin S. G., Zlobin V. I. Differentiation of strains of tick-borne encephalitis virus by means of RNA-DNA hybridization // J. Gen. Virol. - 1990. - Vol. 71. - P. 1505-1515.
  17. Van de Peer Y., De Wachter Y. A software package for the construction and drawing of evolutionary trees // Comp. Appl. Biosci. - 1994. - Vol. 44. - P. 271-280.
  18. Whitby J. E., Whitby S. N., Jennings A. D. et al. Nucleotide sequence of the envelope protein of a Turkish isolate of tick-borne encephalitis (TBE) virus is distinct from other viruses of the TBE virus complex // J. Gen. Virol. - 1993. - Vol. 74. - P. 921-924.
  19. Zlobin V. I., Mamaev L. V., Dzhioev Yu. P. et al. Molecular biological data confirm the genetic independence of East Siberian subtype of tick borne encephalitis virus (prototype strain Aina/1448) // Tick-Borne Viral, Rickettsial and Bacterial Infections: International Scientific Conference: Abstract Book. - Irkutsk, 1996. - P. 58-59.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Верхозина М.М., Козлова И.В., Ткачев С.Е., Дорощенко Е.К., Лисак О.В., Злобин В.И., Demina T.V., Dzhioyev Y.P., Verkhozina M.M., Kozlova I.V., Tkachev S.Y., Doroshchenko Y.K., Lisak O.V., Zlobin V.I., 2009

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах