DEFINITION AND COMPARATIVE ANALYSIS OF THE GENOMIC STRUCTURE OF SIBERIAN STRAINS OF TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS OF THE EUROPEAN SUBTYPE
- Authors: Demina T.V.1, Kozlova I.V.2,3, Tkachev S.E.4, Doroshchenko E.K.2, Lisak O.V.2, Savinova Y.S.2, Suntsova O.V.2, Verkhozina M.M.5, Dzhioev Y.P.3, Paramonov A.I.2, Kiselev D.O.3, Zlobin V.I.3
-
Affiliations:
- Irkutsk State Agrarian University named after A.A. Ezhevsky
- Science Center of Family Health Problems and Human Reproduction
- Irkutsk State Medical University
- Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine
- Center of Hygiene and Epidemiology in the Irkutsk region
- Issue: Vol 63, No 1 (2018)
- Pages: 29-36
- Section: ORIGINAL RESEARCH
- Submitted: 20.01.2020
- Published: 20.02.2018
- URL: https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/181
- DOI: https://doi.org/10.18821/0507-4088-2018-63-1-29-36
- ID: 181
Cite item
Full Text
Abstract
Keywords
About the authors
T. V. Demina
Irkutsk State Agrarian University named after A.A. Ezhevsky
Author for correspondence.
Email: demina2006@mail.ru
Russian Federation
I. V. Kozlova
Science Center of Family Health Problems and Human Reproduction; Irkutsk State Medical University
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation
S. E. Tkachev
Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation
E. K. Doroshchenko
Science Center of Family Health Problems and Human Reproduction
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation
O. V. Lisak
Science Center of Family Health Problems and Human Reproduction
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation
Yu. S. Savinova
Science Center of Family Health Problems and Human Reproduction
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation
O. V. Suntsova
Science Center of Family Health Problems and Human Reproduction
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation
M. M. Verkhozina
Center of Hygiene and Epidemiology in the Irkutsk region
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation
Yu. P. Dzhioev
Irkutsk State Medical University
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation
A. I. Paramonov
Science Center of Family Health Problems and Human Reproduction
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation
D. O. Kiselev
Irkutsk State Medical University
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation
V. I. Zlobin
Irkutsk State Medical University
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation
References
- Kunze U. The International Scientific Working Group on Tick-Borne Encephalitis (ISW TBE): Review of 17 years of activity and commitment. Ticks Tick Borne Dis. 2016; 7(3): 399-404.
- Amato-Gauci A.J., Zeller H. Tick-borne encephalitis joins the diseases under surveillance in the European Union. Euro Surveill. 2012; 17(42): 2-3.
- King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J. Virus Taxonomy: Classification and Nomenclature of Viruses: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego: Elsevier Academic Press; 2012.
- Lvov D.K., Shchelkanov M.Y., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic Viruses of Northern Eurasia. Taxonomy and Ecology. London: Academic Press. Elsevier; 2015.
- Верхозина М.М., Злобин В.И., Козлова И.В., Дорощенко Е.К., Лисак О.В., Дёмина Т.В. и др. Молекулярная эпидемиология и экология вируса клещевого энцефалита в Восточной Сибири. Новосибирск: СибАК; 2017.
- Козлова И.В., Дорощенко Е.К., Лисак О.В., Джиоев Ю.П., Верхозина М.М., Дёмина Т.В. и др. Видовое и генетическое разнообразие возбудителей клещевых инфекций на территории Восточной Сибири. Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук. 2012; (2-2): 75-82.
- Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Верхозина М.М, Козлова И.В., Ткачев С.Е., Дорощенко Е.К. и др. Молекулярная эпидемиология вируса клещевого энцефалита: географическая вариабельность, определяемая методом молекулярной гибридизации. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2009; (3): 27-39.
- Kim S.Y., Yun S.M., Han M.G., Lee I.Y., Lee N.Y., Jeong Y.E. et al. Isolation of tick-borne encephalitis viruses from wild rodents, South Korea. Vector Borne Zoonotic Dis. 2008; 8(1): 7-13
- Андаев Е.И., Беликов С.И., Кулакова Н.В., Борисова Т.И., Сидорова Е.А. Характеристика штамма вируса клещевого энцефалита сибирского подтипа, изолированного от пациента с прогредиентным течением болезни. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2014; (4): 31-7
- Adelshin R.V., Melnikova O.V., Karan L.S., Andaev E.I., Balakhonov S.V. Complete Genome Sequences of Four European Subtype Strains of Tick-Borne Encephalitis Virus from Eastern Siberia, Russia. Genome Announc. 2015; 3(3): 00609-15.
- Kulakova N.V., Andaev E.I., Belikov S.I. Tick-borne encephalitis virus in Eastern Siberia: complete genome characteristics. Arch. Virol. 2012; 157(11): 2253-5.
- Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013; 30(12): 2725-9.
- Якименко В.В., Ткачёв С.Е., Макенов М.Т., Малькова М.Г., Любенко А.Ф., Рудакова С.А. и др. О распространении вируса клещевого энцефалита европейского субтипа в западной Сибири и на Алтае. Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2015; (27): 29-35
- Perera R., Kuhn R.J. Structural proteomics of dengue virus. Curr. Opin. Microbiol. 2008; 11(4): 369-77.
- Chambers T.J., Nestorowicz A., Amberg S.M., Rice C.M. Mutagenesis of the yellow fever virus NS2B protein: effects on proteolytic processing, NS2B-NS3 complex formation, and viral replication. J. Virol. 1993; 67(11): 6797-807.
- Kozlovskaya L.I., Osolodkin D.I., Shevtsova A.S., Romanova L.Iu., Rogova Y.V., Dzhivanian T.I. et al. GAG-binding variants of tick-borne encephalitis virus. Virology. 2010; 398(2): 262-72.
- Козловская Л.И., Осолодкин Д.И., Карганова Г.Г. Анализ молекулярной динамики белков E вариантов ВКЭ на основе разности корреляционных матриц. Труды Института полиомиелита и вирусных энцефалитов имени М.П. Чумакова РАМН. Медицинская вирусология. 2013; 27(2): 42-53
- Khasnatinov M., Ustanikova K., Frolova T.V., Pogodina V.V., Bochkova N.G., Levina L.S. et al. Non-haemagglutinating flaviviruses: molecular mechanisms of the emergence of new strains via adaptation to European ticks. PLoS ONE. 2009; 4(10): e7295