Detection of recombinations in tick-borne encephalitis virus by using computer analysis of viral genomes


Cite item

Full Text

Abstract

Computer programs were used to search for tick-borne encephalitis (TBE) virus recombinants among the isolates whose complete nucleotide sequences are deposited in the GenBank database. The application of RDP, Chimaera, Maximum χ2 , and TOPAL programs has revealed recombinant sites in a number of sequences, which indicates that TBE virus has recombinations and that the programs are suitable for their detection.

References

  1. Белоусов Е. В. Некоторые аспекты нерепликативной рекомбинации между фрагментами геномной РНК вируса полиомиелита: Автореф. дис. ... канд. биол. наук. - М., 2002.
  2. Гмыль А. П., Агол В. И. Многообразие механизмов РНК-рекомбинации // Молекул. биол. - 2005. - Т. 39, № 4. - С. 618-632.
  3. Демина Т. В., Джиоев Ю. П., Верхозина М. М. и др. Исследование генетической вариабельности и генотипирование вируса клещевого энцефалита с помощью дезоксиолигонуклеотидных зондов // Вопр. вирусол. - 2009. - № 3. - С. 33-42.
  4. Казарова А. А., Гмыль А. П. Нерепликативная РНК-рекомбинация: перспективы исследования // Журн. мед. вирусол. - 2006. - Т. 23. - С. 180-192.
  5. Карганова Г. Г. Механизм микроэволюции вируса клещевого энцефалита: Автореф. дис. ... д-ра биол. наук. - М., 2009.
  6. Локтев В. Б., Терновой В. А., Нетесов С. В. Молекулярно-генетическая характеристика вируса клещевого энцефалита // Вопр. вирусол. - 2007. - № 5. - С. 8-16.
  7. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита / Злобин В. И., Беликов С. И., Джиоев Ю. П. и др. - Иркутск, 2003.
  8. Gibbs M. J., Armstrong J. S., Gibbs A. J. Sister-Scanning: a Monte Carlo procedure for assessing signals in recombinant sequences // Bioinformatics. - 2000. - Vol. 16. - P. 573-582.
  9. Heath L., van der Walt E., Varsani A., Martin D. P. Recombination patterns in aphthoviruses mirror those found in other picornaviruses // J. Virol. - 2006. - Vol. 80. - P. 11827- 11832.
  10. Holmes E. C., Worobey M., Rambaut A. Phylogenetic evidence for recombination in dengue virus // Mol. Biol. Evol. - 1999. - Vol. 16. - P. 405-409.
  11. Martin D., Rybicki E. RDP: detection of recombination amongst aligned sequences // Bioinformatics. - 2000. - Vol. 16. - P. 562-563.
  12. Martin D. P., Posada D., Crandall K. A., Williamson C. A modified bootscan algorithm for automated identification of recombinant sequences and recombination breakpoints // AIDS Res. Hum. Retrovirus. - 2005. - Vol. 21, N 1. - P. 98-102.
  13. Maynard S. J. Analyzing the mosaic structure of genes // J. Mol. Evol. - 1992. - Vol. 34. - P. 126-129.
  14. McGuire K. et al. Tracing the origins of louping ill virus by molecular phylogenetic analysis // J. Gen. Virol. - 1998. - Vol. 79. - P. 981-988.
  15. McGuire G., Wright F. TOPAL 2.0: Improved detection of mosaic sequences within multiple alignments // Bioinformatics. - 2000. - Vol. 16. - P. 130-134.
  16. Milne I., Wright F., Rowe G. et al. TOPALi: Software for automatic identification of recombinant sequences within DNA multiple alignments // Bioinformatics. - 2004. -Vol. 20. - P. 1806-1807.
  17. Padidam M., Sawyer S., Fauquet C. M. Possible emergence of new geminiviruses by frequent recombination // Virology. - 1999. - Vol. 265. - P. 218-225.
  18. Pletnev A. G., Yamshchikov V. F., Blinov V. M. Nucleotide sequence of the genome and complete amino acid sequence of the polyprotein of tick-borne encephalitis virus // Virology. - 1990. - Vol. 174. - P. 250-263.
  19. Pletnev A. G., Bray M., Lai C. J. Chimeric tick-borne encephalitis and dengue type 4 viruses: effects of mutations on neurovirulence in mice // J. Virol. - 1993. - Vol. 67. - P. 4956-4963.
  20. Posada D., Crandall K. A. Evaluation of methods for detecting recombination from DNA sequences: Computer simulations // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2001. - Vol. 98. - P. 13757- 13762.
  21. Simmonds P., Midgley S. Recombination in the genesis and evolution of hepatitis B virus genotypes // J. Virol. - 2005. - Vol. 79. - P. 1546-1576.
  22. Taucher C., Berger A., Mandl C. W. A trans-complementing recombination trap demonstrates a low propensity of flaviviruses for intermolecular recombination // J. Virol. - 2010. - Vol. 84. - P. 599-611.
  23. Worobey M., Holmes E. C. Evolutionary aspects of recombination in RNA viruses // J. Gen. Virol. - 1999. - Vol. 80. - P. 2535-2543.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2011 Dzhioev Y.P., Paramonov A.I., Demina T.V., Kozlova I.V., Verkhozina M.M., Tkachev S.E., Pristavka A.A., Salovarova V.P., Zlobin V.I., Dzhioev Y.P., Paramonov A.I., Demina T.V., Kozlova I.V., Verkhozina M.M., Tkachev S.E., Pristavka A.A., Salovarova V.P., Zlobin V.I.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies