Обнаружение рекомбинаций у вируса клещевого энцефалита с помощью компьютерного анализа вирусных геномов


Цитировать

Полный текст

Аннотация

С использованием компьютерных программ осуществлен поиск рекомбинантов вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) среди изолятов, полные нуклеотидные последовательности которых депонированы в базе данных GenBank. Показано, что при использовании программ RDP, Chimaera, Максимум χ2 и TOPAL в ряде последовательностей выявлены рекомбинантные участки, что может указывать на существование рекомбинаций у ВКЭ и пригодность программ для их обнаружения.

Список литературы

  1. Белоусов Е. В. Некоторые аспекты нерепликативной рекомбинации между фрагментами геномной РНК вируса полиомиелита: Автореф. дис. ... канд. биол. наук. - М., 2002.
  2. Гмыль А. П., Агол В. И. Многообразие механизмов РНК-рекомбинации // Молекул. биол. - 2005. - Т. 39, № 4. - С. 618-632.
  3. Демина Т. В., Джиоев Ю. П., Верхозина М. М. и др. Исследование генетической вариабельности и генотипирование вируса клещевого энцефалита с помощью дезоксиолигонуклеотидных зондов // Вопр. вирусол. - 2009. - № 3. - С. 33-42.
  4. Казарова А. А., Гмыль А. П. Нерепликативная РНК-рекомбинация: перспективы исследования // Журн. мед. вирусол. - 2006. - Т. 23. - С. 180-192.
  5. Карганова Г. Г. Механизм микроэволюции вируса клещевого энцефалита: Автореф. дис. ... д-ра биол. наук. - М., 2009.
  6. Локтев В. Б., Терновой В. А., Нетесов С. В. Молекулярно-генетическая характеристика вируса клещевого энцефалита // Вопр. вирусол. - 2007. - № 5. - С. 8-16.
  7. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита / Злобин В. И., Беликов С. И., Джиоев Ю. П. и др. - Иркутск, 2003.
  8. Gibbs M. J., Armstrong J. S., Gibbs A. J. Sister-Scanning: a Monte Carlo procedure for assessing signals in recombinant sequences // Bioinformatics. - 2000. - Vol. 16. - P. 573-582.
  9. Heath L., van der Walt E., Varsani A., Martin D. P. Recombination patterns in aphthoviruses mirror those found in other picornaviruses // J. Virol. - 2006. - Vol. 80. - P. 11827- 11832.
  10. Holmes E. C., Worobey M., Rambaut A. Phylogenetic evidence for recombination in dengue virus // Mol. Biol. Evol. - 1999. - Vol. 16. - P. 405-409.
  11. Martin D., Rybicki E. RDP: detection of recombination amongst aligned sequences // Bioinformatics. - 2000. - Vol. 16. - P. 562-563.
  12. Martin D. P., Posada D., Crandall K. A., Williamson C. A modified bootscan algorithm for automated identification of recombinant sequences and recombination breakpoints // AIDS Res. Hum. Retrovirus. - 2005. - Vol. 21, N 1. - P. 98-102.
  13. Maynard S. J. Analyzing the mosaic structure of genes // J. Mol. Evol. - 1992. - Vol. 34. - P. 126-129.
  14. McGuire K. et al. Tracing the origins of louping ill virus by molecular phylogenetic analysis // J. Gen. Virol. - 1998. - Vol. 79. - P. 981-988.
  15. McGuire G., Wright F. TOPAL 2.0: Improved detection of mosaic sequences within multiple alignments // Bioinformatics. - 2000. - Vol. 16. - P. 130-134.
  16. Milne I., Wright F., Rowe G. et al. TOPALi: Software for automatic identification of recombinant sequences within DNA multiple alignments // Bioinformatics. - 2004. -Vol. 20. - P. 1806-1807.
  17. Padidam M., Sawyer S., Fauquet C. M. Possible emergence of new geminiviruses by frequent recombination // Virology. - 1999. - Vol. 265. - P. 218-225.
  18. Pletnev A. G., Yamshchikov V. F., Blinov V. M. Nucleotide sequence of the genome and complete amino acid sequence of the polyprotein of tick-borne encephalitis virus // Virology. - 1990. - Vol. 174. - P. 250-263.
  19. Pletnev A. G., Bray M., Lai C. J. Chimeric tick-borne encephalitis and dengue type 4 viruses: effects of mutations on neurovirulence in mice // J. Virol. - 1993. - Vol. 67. - P. 4956-4963.
  20. Posada D., Crandall K. A. Evaluation of methods for detecting recombination from DNA sequences: Computer simulations // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2001. - Vol. 98. - P. 13757- 13762.
  21. Simmonds P., Midgley S. Recombination in the genesis and evolution of hepatitis B virus genotypes // J. Virol. - 2005. - Vol. 79. - P. 1546-1576.
  22. Taucher C., Berger A., Mandl C. W. A trans-complementing recombination trap demonstrates a low propensity of flaviviruses for intermolecular recombination // J. Virol. - 2010. - Vol. 84. - P. 599-611.
  23. Worobey M., Holmes E. C. Evolutionary aspects of recombination in RNA viruses // J. Gen. Virol. - 1999. - Vol. 80. - P. 2535-2543.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Джиоев Ю.П., Парамонов А.И., Демина Т.В., Козлова И.В., Верхозина М.М., Ткачев С.Е., Приставка А.А., Саловарова В.П., Злобин В.И., Dzhioev Y.P., Paramonov A.I., Demina T.V., Kozlova I.V., Verkhozina M.M., Tkachev S.E., Pristavka A.A., Salovarova V.P., Zlobin V.I., 2011

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах