Differentiation of genetic variants of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus


Cite item

Full Text

Abstract

The paper describes a simple, rapid screening of samples potentially containing Crimean-Congo hemorrhagic fever (CCHF) virus strains, by applying the restriction analysis of amplicones, for the differentiation of CCHF virus genotypes that are characteristic of Europe from virus biovariants uncharacteristic of this area, this technique requiring no sequence at the first stage. For this screening, the authors propose to use the PCR fragment of CCHF L segment that comprises a variable region, as well as AluI and HaeIII restriction endonucleases.
The screening scheme proposed for samples potentially containing CCHF virus may aid investigators to monitor in order to detect uncharacteristic genotypic virus variants in the Russian Federation and other European countries.

References

  1. Аристова В. А., Колобухина Л. В., Щелканов М. Ю., Львов Д. К. Экология вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки и особенности ее клиники на территории России и сопредельных стран // Вопр. вирусол. - 2001. - № 4. - С. 7-14.
  2. Колобухина Л. В., Евченко Ю. М., Вышемирский О. И. и др. Изоляция трех штаммов вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки от больных в Ставропольском крае во время эпидемической вспышки в 2000 г. // Вопр. вирусол. - 2001. - № 4. - С. 15-18.
  3. Онищенко Г. Г., Сандахчиев Л. С., Нетесов С. В., Мартынюк Р. А. Биотерроризм: национальная и глобальная угроза // Вестн. РАН. - 2003. - Т. 73, № 3. - С. 195-204.
  4. Петрова И. Д., Серегин С. В., Петров В. С. и др. Генетическая характеристика S-сегмента РНК двух штаммов вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки, изолированных на юге России и в Узбекистане // Вопр. вирусол. - 2003. - № 2. - С. 8-11.
  5. Туманова И. Ю., Серегин С. В., Вышемирский О. И. и др. Генетический мониторинг вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки в Казахстане и Таджикистане в период 2001-2003 гг. // Молекул. генетика. - 2006. - № 2. - С. 36-41.
  6. Яшина Л. Н., Петров В. С., Вышемирский О. И. и др. Характеристика вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки, циркулирующего в России и республиках Средней Азии // Вопр. вирусол. - 2002. - № 3. - С. 11- 15.
  7. Benjiang M. A., Changshou H., Papa A. et al. Sequencing and comparative analysis of the complete glycoprotein gene of three Crimean-Congo hemorrhagic fever virus Chinese isolates // Chin. J. Exp. Clin. Virol. - 2001. - Vol. 15. - P. 105-111.
  8. Casals J. Antigenic similarity between the virus causing Crimean hemorrhagic fever and Congo virus // Pros. Soc. Exp. Biol. Med. - 1969. - Vol. 131. - P. 233-236.
  9. Deyde V. M., Khristova M. L., Rollin P. E. et al. Crimean-Congo hemorrhagic fever virus genomics and global diversity // J. Virol. - 2006. - Vol. 80. - P. 8834-8842.
  10. Hewson R., Gmyl A., Gmyl L. et al. Evidence of segment reassortment in Crimean-Congo hemorrhagic fever virus // J. Gen. Virol. - 2004. - Vol. 85. - P. 3059-3070.
  11. Honig J. E., Osborne J. C., Nichol S. T. Crimean-Congo hemorrhagic fever virus genome L RNA segment and encoded protein // Virology. - 2004. - Vol. 321. - P. 29-35.
  12. Hoogstraal H. The epidemiology of tick-borne Crimean-Congo hemorrhagic fever in Asia, Europe and Africa // J. Med. Entomol. - 1979. - Vol. 15. - P. 307-417.
  13. Kinsella E., Martin S. G., Grolla A. et al. Sequence determination of the Crimean-Congo hemorrhagic fever virus L segment // Virology. - 2004. - Vol. 321. - P. 23-28.
  14. Meissner J. D., Seregin S. S., Seregin S. V. et al. A vriable region in the Crimean-Congo hemorrhagic fever virus L segment distinguishes between strains isolated from different geographic regions // J. Med. Virol. - 2006. - Vol. 78. - P. 223-228.
  15. Papa A., Benjiang M. A., Kouidou S. et al. Genetic characterization of M RNA segment of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strains, China // Emerg. Infect. Dis. - 2002. - Vol. 8. - P. 50-53.
  16. Rodriguez L. L., Maupin G. O., Ksiazek T. G. et al. Molecular investigation of a multisource outbreak of Crimean-Congo hemorrhagic fever in the United Arab Emirates // Am. J. Trop. Med. Hyg. - 1997. - Vol. 57. - P. 512-518.
  17. Seregin V. S., Samokhvalov E. I., Petrova I. D. et al. Genetic characterization of the M RNA segment of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strains isolated in Russia and Tajikistan // Virus Genes. - 2004. - Vol. 28. - P. 189-195.
  18. Whitehouse C. A. Crimean-Congo hemorrhagic fever // Antiviral Res. - 2004. - Vol. 64. - P. 145-160.
  19. Yashina L., Petrova I., Seregin S. et al. Genetic variability of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in Russia and Central Asia // J. Gen. Virol. - 2003. - Vol. 84. - P. 1199-1206.
  20. Yashina L., Vyshemirskii O., Seregin S. V. et al. Genetic analysis of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in Russia // J. Clin. Microbiol. - 2003. - Vol. 41. - P. 860-862.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2011 Seregin S.V., Seregin S.S., Petrov V.S., Tyunnikov G.I., Yakimenko N.V., Sergeev A.N., Seregin S.V., Seregin S.S., Petrov V.S., Tyunnikov G.I., Yakimenko N.V., Sergeev A.N.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies