Предсказание фенотипа R5/X4 вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России, с использованием компьютерных методов


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Представлены данные сравнительного анализа возможности применения разных информационных методов для анализа тропизма ВИЧ-1 подтипа A, характерного для России. С помощью наиболее надежного из них, по оценкам авторов, метода B-PSSM (sinsi) исследована частота встречаемости X4-тропных и R5-тропных вариантов среди наиболее распространенных генетических вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории России. Показано, что среди 124 образцов ВИЧ-1, выделенных от российских пациентов, не получающих антиретровирусную терапию, X4-тропных вариантов нет.

Список литературы

  1. Ханина Т. А., Селимова Л. М., Казеннова Е. В. и др. Биологические свойства вариантов ВИЧ-1, циркулирующих среди наркоманов в России // Вопр. вирусол. - 2005. - № 4. - С. 24-28.
  2. Bobkov A., Garaev M. M., Rzhaninova A. et al. Molecular epidemiology of HIV-1 in the former Soviet Union: analysis of env V3 sequences and their correlation with epidemiologic data // AIDS. - 1994. - Vol. 8. - P. 619-624.
  3. Bobkov A., Kazennova E., Selimova L. et al. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: Identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants // AIDS Res. Hum. Retroviruses. - 1998. - Vol. 14, N 8. - P. 669-676.
  4. Briggs D., Tuttle D., Sleasman J., Goodenow M. Envelope V3 amino acid sequence predicts HIV-1 phenotype (co-receptor usage and tropism for macrophages) // AIDS. - 2000. - Vol. 14. - P. 2937-2939.
  5. Brumme Z. L., Goodrich J., Mayer H. B. et al. Molecular and clinical epidemiology of CXCR4-using HIV-1 in a large population of antiretroviral-naive individuals // J. Infect. Dis. - 2005. - Vol. 192. - P. 466-474.
  6. Dorr P., Westby M., Dobbs S. et al. Maraviroc (UK-427,857), a potent, orally bioavailable, and selective small-molecule inhibitor of chemokine receptor CCR5 with broad-spectrum anti-human immunodeficiency virus type 1 activity // Antimicrob. Agents Chemother. - 2005. - Vol. 49. - P. 4721-4732.
  7. Hogan C. M., Hammer S. M. Host determinants in HIV infection and disease. Part 1: cellular and humoral immune responses // Ann. Intern. Med. - 2001. - Vol. 134. - P. 761-776.
  8. Jensen M. A., Li F.-Sh., van 't Wout A. B. et al. Improved coreceptor usage prediction and genotypic monitoring of R5-to-X4 transition by motif analysis of human immunodeficiency virus type 1 env V3 loop sequences // J. Virol. - 2003. - Vol. 77. - P. 13376-13388.
  9. Jensen M. A., van 't Wout A. B. Predicting HIV-1 coreceptor usage with sequence analysis // AIDS Rev. - 2003. - Vol. 5. - P. 104-112.
  10. Jensen M. A., Coetzer M., van 't Wout A. B. et al. A reliable phenotype predictor for human immunodeficiency virus type 1 subtype C based on envelope V3 sequences // J. Virol. - 2006. - Vol. 80. - P. 4698-4704.
  11. Pillai S., Good B., Richman D., Corbeil J. A new perspective on V3 phenotype prediction // AIDS Res. Hum. Retroviruses. - 2003. - Vol. 19. - P. 145-149.
  12. Resch W., Hoffman N., Swanstrom R. Improved success of phenotype prediction of the HIV type 1 from envelope variable loop 3 sequence using neural networks // Virology. - 2001. - Vol. 288. - P. 51-62.
  13. Westby M., Lewis M., Whitcomb J. et al. Emergence of CXCR4-using human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) variants in a minority of HIV-1-infected patients following treatment with the CCR5 antagonist maraviroc is from a pretreatment CXCR4-using virus reservoir // J. Virol. - 2006. - Vol. 80. - P. 4909-4920.
  14. Whitcomb J. M., Huang W., Fransen S. et al. Development and characterization of a novel single-cycle recombinant-virus assay to determine human immunodeficiency virus type 1 coreceptor tropism // Antimicrob. Agents Chemother. - 2007. - Vol. 51. - P. 566-575.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Васильев А.В., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., Vasilyev A.V., Kazennova Y.V., Bobkova M.R., 2009

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах