Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology11908ArticlesСтатьиPrediction of phenotype R5/X4 of HIV-1 variants circulating in Russia, by using computer methodsПредсказание фенотипа R5/X4 вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России, с использованием компьютерных методов15062009543NO3 (2009)№3 (2009)172009062023Copyright ©; 2009, Vasil'ev A.V., Kazennova E.V., Bobkova M.R., Vasilyev A.V., Kazennova Y.V., Bobkova M.R.Copyright ©; 2009, Васильев А.В., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., Vasilyev A.V., Kazennova Y.V., Bobkova M.R.2009Vasil'ev A.V., Kazennova E.V., Bobkova M.R., Vasilyev A.V., Kazennova Y.V., Bobkova M.R.Васильев А.В., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., Vasilyev A.V., Kazennova Y.V., Bobkova M.R.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/11908

The paper presents the data of a comparative analysis of various bioinformation methods for evaluating the tropism of HIV-1 subtype A that is typical of Russia. The prevalence of CXCR4- and CCR5-tropic viruses among the variants prevailing in Russia was studied using the B-PSSM (sinsi) prediction method. No X4-tropic variants were found among 124 samples of HIV-1 isolated from the Russian patients not receiving antiretrovirus therapy.

Представлены данные сравнительного анализа возможности применения разных информационных методов для анализа тропизма ВИЧ-1 подтипа A, характерного для России. С помощью наиболее надежного из них, по оценкам авторов, метода B-PSSM (sinsi) исследована частота встречаемости X4-тропных и R5-тропных вариантов среди наиболее распространенных генетических вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории России. Показано, что среди 124 образцов ВИЧ-1, выделенных от российских пациентов, не получающих антиретровирусную терапию, X4-тропных вариантов нет.

human immunodeficiency virusco-receptorstropismcomputer methodsвирус иммунодефицита человекакорецепторытропизмкомпьютерные методыХанина Т. А., Селимова Л. М., Казеннова Е. В. и др. Биологические свойства вариантов ВИЧ-1, циркулирующих среди наркоманов в России // Вопр. вирусол. - 2005. - № 4. - С. 24-28.Bobkov A., Garaev M. M., Rzhaninova A. et al. Molecular epidemiology of HIV-1 in the former Soviet Union: analysis of env V3 sequences and their correlation with epidemiologic data // AIDS. - 1994. - Vol. 8. - P. 619-624.Bobkov A., Kazennova E., Selimova L. et al. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: Identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants // AIDS Res. Hum. Retroviruses. - 1998. - Vol. 14, N 8. - P. 669-676.Briggs D., Tuttle D., Sleasman J., Goodenow M. Envelope V3 amino acid sequence predicts HIV-1 phenotype (co-receptor usage and tropism for macrophages) // AIDS. - 2000. - Vol. 14. - P. 2937-2939.Brumme Z. L., Goodrich J., Mayer H. B. et al. Molecular and clinical epidemiology of CXCR4-using HIV-1 in a large population of antiretroviral-naive individuals // J. Infect. Dis. - 2005. - Vol. 192. - P. 466-474.Dorr P., Westby M., Dobbs S. et al. Maraviroc (UK-427,857), a potent, orally bioavailable, and selective small-molecule inhibitor of chemokine receptor CCR5 with broad-spectrum anti-human immunodeficiency virus type 1 activity // Antimicrob. Agents Chemother. - 2005. - Vol. 49. - P. 4721-4732.Hogan C. M., Hammer S. M. Host determinants in HIV infection and disease. Part 1: cellular and humoral immune responses // Ann. Intern. Med. - 2001. - Vol. 134. - P. 761-776.Jensen M. A., Li F.-Sh., van 't Wout A. B. et al. Improved coreceptor usage prediction and genotypic monitoring of R5-to-X4 transition by motif analysis of human immunodeficiency virus type 1 env V3 loop sequences // J. Virol. - 2003. - Vol. 77. - P. 13376-13388.Jensen M. A., van 't Wout A. B. Predicting HIV-1 coreceptor usage with sequence analysis // AIDS Rev. - 2003. - Vol. 5. - P. 104-112.Jensen M. A., Coetzer M., van 't Wout A. B. et al. A reliable phenotype predictor for human immunodeficiency virus type 1 subtype C based on envelope V3 sequences // J. Virol. - 2006. - Vol. 80. - P. 4698-4704.Pillai S., Good B., Richman D., Corbeil J. A new perspective on V3 phenotype prediction // AIDS Res. Hum. Retroviruses. - 2003. - Vol. 19. - P. 145-149.Resch W., Hoffman N., Swanstrom R. Improved success of phenotype prediction of the HIV type 1 from envelope variable loop 3 sequence using neural networks // Virology. - 2001. - Vol. 288. - P. 51-62.Westby M., Lewis M., Whitcomb J. et al. Emergence of CXCR4-using human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) variants in a minority of HIV-1-infected patients following treatment with the CCR5 antagonist maraviroc is from a pretreatment CXCR4-using virus reservoir // J. Virol. - 2006. - Vol. 80. - P. 4909-4920.Whitcomb J. M., Huang W., Fransen S. et al. Development and characterization of a novel single-cycle recombinant-virus assay to determine human immunodeficiency virus type 1 coreceptor tropism // Antimicrob. Agents Chemother. - 2007. - Vol. 51. - P. 566-575.