The genetic characteristics of RNA S-segment of the two virus strains of Crimea-Congo hemorrhagic fever, isolated in the South of Russia and in Uzbekistan


Cite item

Full Text

Abstract

Complete S-segment nucleotide sequences of genomic RNA were determined for two Crimea-Congo hemorrhagic fever (CCHF) virus strains, i.e. LEIV 10145 Uz isolated from ticks in Uzbekistan, 1985, and LEIV 29223 Stv isolated from a patient in Stavropol region, 2000. It was established that the S-segment length is 1672 and 1674 nucleotides. Therefore, the initiating codon (for methionine) is located at positions 56-58; the length of translation frames for the nucleocapsid protein is 482 amino acid residues. Distinctions in the length of S-segment, as compared to other strains, are related only with the 5 ' and 3 ' non-coding regions. A comparison of the nucleotide and amino-acid sequences of S-segments of genome of the mentioned strains with the early published data showed that the CCHF virus strain isolated in Uzbekistan is mostly close to strains isolated in China, and that the strain isolated in Stavropol region forms, jointly with Drozdov strain isolated in the Astrakhan region, a separate branch in the phylogenetic tree.

References

  1. Аристова В. А., Колобухша Л. В., Щелканов М. Ю., Львов Д. К. Экология вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки и особенности ее клиники на территории России и сопредельных стран // Вопр. вирусол. - 2001. - № 4. - С. 7-14.
  2. Бутенко А. М., Чумаков М. П., Башкирцев В. Н. и др. Изоляция и исследование Астраханского штамма (Дроздов) вируса Крымской геморрагической лихорадки и результаты серодиагностики этой инфекции // Материалы 15-й науч. конф. ИПВЭ АМН СССР. - М., 1968.-Т. 3.-С. 8890.
  3. Казаков С. В., Каримов С. К., Дерновой А. Г. и др. Методические подходы к изучению эпидемического процесса Крымской геморрагической лихорадки в Мойынкумском природном очаге Жамбылской области // Гиг., эпидемиол. и иммунол. (Алматы). - 2001. - № 1-2. - С. 75-85.
  4. Колобухина Л. В., Евченко Ю. М., Вышемирский О. И. и др. Изоляция трех штаммов вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки от больных в Ставропольском крае во время эпидемической вспышки в 2000 г. // Вопр. вирусол. - 2001. - № 4. - С. 15-18.
  5. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование: Пер. с англ. - М., 1984.
  6. Benjiang M. A., Changshou H., Papa A. et al. Sequencing and comparative analysis of the complete glycoprotein gene of three Crimean-Congo hemorrhagic fever virus Chinese isolates // Chinese J. Exp. Clin. Virol.-2001-Vol. 15.-P. 105-111.
  7. Casals J. Antigenic similarity between the virus causing Crimean hemorrhagic fever and Congo virus // Proc. Soc. Exp. Biol. (N. Y.). - 1969. - Vol. 131. - P. 233-236.
  8. Farrell R. E. RNA Methodologies. - New York, 1998. - P. 80-83.
  9. Hoogstraal H. The epidemiology of tick-borne Crimean-Congo hemorrhagic fever in Asia, Europe and Africa // J. Med. Entomol. - 1979. - Vol. 15. - P. 307-417.
  10. Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Version 102 (computer program). - Harrisburg, 1993.
  11. Mariott A. C., Nuttall P. A. Comparison of the S RN A segments and nucleoprotein sequences of Crimean-Congo hemorrhagic fever, Hazara and Dugbe viruses // Virology. - 1992. - Vol. 109. - P. 795-799.
  12. Papa A., Benjiang M. A., Kouidou S. et al. Genetic characterization of M RNA segment of Crimean Congo hemorrhagic fever virus strain, China // Emerg. Infect. Dis. - 2002. - Vol. 8, N 1. - P. 50-53.
  13. Rodriguez L. L., Maupin G. O., Ksiazek T. G. et al. Molecular investigation of a multisource outbreak of Crimean-Congo hemorrhagic fever in the United Arab Emirates // Am. J. Trap. Med. Hyg. - 1997. - Vol. 57. - P. 512-518.
  14. Rychlik W., Rhoads R. E. A computer program for choosing optimal oligonucleotides for filter hybridization, sequencing and in vitro amplification of DNA // Nucl. Acids Res. - 1989. - Vol. 17. - P. 8543.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2003 Petrova I.D., Seregin S.V., Petrov V.S., Vyshemirsky O.I., Kuzina I.I., Lvov D.K., Samokhvalov E.I., Tyunnikov G.I., Gutorov V.V., Yashina L.N., Netesov S.V.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies