Etiology of epidemic outbreaks COVID-19 in Wuhan, Hubei province, Chinese People Republic associated with 2019-nCoV (Nidovirales, Coronaviridae, Coronavirinae, Betacoronavirus, Subgenus Sarbecovirus): lessons of SARS-CoV outbreak

Cover Page


Cite item

Full Text

Abstract

Results of analysis of phylogenetic, virological, epidemiological, ecological, clinical data of COVID-19 outbreaks in Wuhan, China (PRC) in comparison with SARS-2002 and MERS-2012 outbreaks allow to conclude:

– the etiological agent of COVID-19 is coronavirus (2019-CoV), phylogenetically close to the SARS-CoV, isolated from human, and SARS-related viruses isolated from bats (SARS-related bat CoV viruses). These viruses belong to the Sarbecovirus subgenus, Betacoronavirus genus, Orthocoronavirinae subfamily, Coronaviridae family (Cornidovirinea: Nidovirales). COVID-19 is a variant of SARS-2002 and is different from MERS-2012 outbreak, which were caused by coronavirus belonged to the subgenus Merbecovirus of the same genus;

– according to the results of phylogenetic analysis of 35 different betacoronaviruses, isolated from human and from wild animals in 2002-2019, the natural source of COVID-19 and SARS-CoV (2002) is bats of Rhinolophus genus (Rhinolophidae) and, probably, some species of other genera. An additional reservoir of the virus could be an intermediate animal species (snakes, civet, hedgehogs, badgers, etc.) that are infected by eating of infected bats. SARS-like coronaviruses circulated in bats in the interepidemic period (2003-2019);

– seasonal coronaviruses (subgenus Duvinacovirus, Alphacoronavirus) are currently circulating (November 2019

– January 2020) in the European part of Russia, Urals, Siberia and the Far East of Russia, along with the influenza viruses A(H1N1)pdm09, A(H3N2), and В, as well as six other respiratory viruses (HPIV, HAdV, HRSV, HRV, HBoV, and HMPV)

Full Text

Введение

Коронавирусы (CoV; семейство Coronaviridae) принадлежат к отряду Nidovirales, который объединяет крупные оболочечные РНК-содержащие вирусы. На фотографиях, полученных с использованием криогенной электронной микроскопии, вирион коронавирусов имеет практически сферическую форму (120–160 нм) с характерными выростами – пепломерами (15–20 нм), формирующими зубчатое обрамление вокруг вирионов (отсюда название: коронавирусы, от лат. Corona). Геном коронавирусов представлен одноцепочечной РНК позитивной полярности длиной около 30 тыс. н.о., что является максимальным размером среди всех известных РНК-содержащих вирусов. Геном коронавирусов имеет сложную генную организацию (рис. 1). Бόльшую часть генома с 5’-стороны занимают гены 1а и 1b, которые транслируются в виде одного полипротеина pp1a1b (ORF1ab) и кодируют белки репликазного комплекса. Многочисленные гены, расположенные в оставшейся 3’-части генома, кодируют структурные белки вириона и вспомогательные неструктурные белки. В настоящее время к отряду Nidovirales относятся три семейства. Современная таксономия семейства Coronaviridae включает два подсемейства и 8 родов [1][2][3][4][5]. Коронавирусы распространены повсеместно и инфицируют млекопитающих (включая человека), птиц, рыб, ракообразных и насекомых (табл. 1, см. рис. 1). Природным резервуаром ряда коронавирусов из родов Alpha- и Betacoronavirus являются летучие мыши (отряд рукокрылые, Chiroptera) родов Chaerophon, Eptesicus, Glossophaga, Myotis, Miniopterus, Nyctalus, Pipistrellus, Rhinolophus, Rousettus, Tylonycteris.

Коронавирусы человека (штамм HCoV229E, Alphacoronavirus) впервые были выделены D. Tyrrell и M. Bynoe в 1965 г. от больных острыми респираторными вирусными инфекциями (ОРВИ). Ряд вирусов родов Alpha- и Betacoronavirus вызывают тяжёлые инфекции животных: свиней (трансмиссивный гастроэнтерит, эпизоотическая диарея, торовирусная диарея), крупного рогатого скота (диарея, поражение респираторного тракта ), лошадей (торовирусная инфекция Берне), собак (энтерит), кошек (инфекционный перитонит), мышей и крыс (инфекционный гепатит, сиалодакриоаденит), птиц (инфекционный бронхит кур) [1][2][3][4][5][6][7][8]. Неклассифицированный коронаподобный вирус Рунде (RNDV) был изолирован в 1977 г. из клещей Ixodes uriae, собранных в гнездовых колониях морских птиц на о. Рунде (север Норвегии) [9].

Сезонная коронавирусная инфекция у людей регистрируется в течение года, преимущественно среди детей младшего возраста, с эпидемическим подъёмом зимой и ранней весной. Коронавирусная инфекция ассоциирована с несколькими вирусами (HCoV229E, HCoV–HKU1, HCoV-NL63, HCoV-OC43) рода Alphacoronavirus (см. табл. 1) [2]. Среди других возбудителей ОРВИ коронавирусная инфекция составляет до 10% и часто является причиной внутригоспитальных вспышек в детских клиниках. Как правило, сезонные коронавирусы поражают эпителий верхних дыхательных путей и желудочно-кишечного тракта, обладая также нейротропностью. Инкубационный период – 2–3 сут; начало острое, с сухим кашлем, першением в горле, лихорадкой, ринитом, иногда с диареей с благоприятным исходом [10][11].

Таблица 1. Таксономическая структура подсемейства Orthocoronavirinae семейства Coronaviridae (подотряд Cornidovirineae, отряд Nidovirales)
Table 1. Taxonomy of the subfamily Orthocoronavirinae (Coronaviridae family, suborder Cornidovirineae, order Nidovirales)


 

Рис. 1. Структура генома коронавируса 2019-nCoV. Геном представлен одноцепоченой РНК позитивной полярности. Большую часть генома с 5’-стороны занимают гены 1а и 1b, которые транслируются в виде одного полипротеина (ORF1ab) и кодируют белки репликазного комплекса (РНК-зависимая РНК-полимераза, протеаза, хеликаза, праймаза и др.). Многочисленные гены, расположенные в оставшейся 3’-части генома, кодируют структурные белки вириона (S, E, M, N) и вспомогательные неструктурные белки.
Fig. 1. Genome organization of new 209-nCoV virus. The genome of the virus is ss(+)RNA. The majority of the genome at the 5’ part is occupied by 1a and 1b ORF, which are translated as a single polyprotein (ORF1ab) and encode proteins of the replicase complex (RNAdependent RNA polymerase, protease, helicase, primase, etc.). The genes located in the 3’ part of the genome encode structural proteins of the virion (S, E, M, N) and non-structural auxiliary proteins.

Тяжёлый острый респираторный синдром (ТОРС, SARS)

Возбудитель ТОРС (вирус SARS-related human coronavirus Urbani – SARS-CoV) относится к роду Betacoronavirus (см. табл. 1). Заболевание, впервые возникшее в ноябре 2002 г. в китайской провинции Гуандун, было описано итальянским врачом C. Urbani, заразившимся и погибшим в процессе лечения пациентов. Прототипный штамм выделенного вируса получил название в его честь [12]. Источником заражения людей, вероятно, стали употребляемые в пищу гималайские циветты Paguma larrata [13], а также енотовидные собаки Nyctereutes procyonoides, бирманские хорьковые барсуки Melogale personata и др. [1][14][15]. Однако дальнейшие исследования показали, что природные очаги вируса SARS-CoV, как и многих других коронавирусов, связаны с представителями отряда рукокрылых (Chiroptera), в первую очередь с летучими мышами. От летучих мышей SARS-CoV-подобные вирусы изолировали, в основном от подковоносов Rhinolophus, а также от видов, принадлежащих к другим родам, в Азии (прежде всего в Китае), Африке, Австралии, Европе, Америке [1][2][14][16][17][18][19][20][21][22][23]. Популяционный транзит SARS-CoV-подобных коронавирусов происходит от летучих мышей (природные очаги) к мелким млекопитающим, употребляющим их в пищу (экологически связанным с ними) с дальнейшим распространением среди людей, главным образом респираторным путём, реже – алиментарным.

По данным Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), к августу 2003 г. было зарегистрировано 8098 случаев ТОРС с 4–11% летальностью [24]. Наибольшее количество заболевших выявлено в Китайской Народной Республике (КНР), Сингапуре и Канаде. Распространение вируса происходило из Юго-Восточной Азии по международным авиалиниям в связи с коротким инкубационным периодом (2–3 сут) [24][25][26][27]. Распространение заболевания происходило в основном в госпитальных условиях. Один больной в среднем заражал трёх-четырёх контактных лиц [28]. 60% всех летальных случаев пришлось на медицинских работников. При тяжёлых формах с пневмонией развивается диффузное поражение альвеол за счёт нарушения целостности их стенок, повышения проницаемости капиллярной мембраны с последующим отёком лёгких, развиваются гипоксия, артериальная гипоксемия, респираторный ацидоз и алкалоз [26, 29, 30]. В основе патогенеза острого повреждения лёгких лежит пропотевание плазмы и форменных элементов крови в альвеолы и интерстиций лёгких.

Начало болезни острое: озноб, температура тела 38–39 °С, головная боль, слабость, мышечные боли, кашель, боли в горле, ринит [29]. На 3-й – 7-й день болезни развивается респираторная фаза с признаками поражения нижних дыхательных путей, с усилением кашля, появлением одышки, чувства нехватки воздуха. При аускультации на фоне ослабленного дыхания прослушивают влажные хрипы. Нарастают гипоксия и гипоксемия. На рентгенограмме выявляются мультифокальные, имеющие тенденцию к слиянию инфильтраты. В 1/3 случаев появляются признаки поражения желудочно-кишечного тракта: тошнота, рвота, диарея. В 10% случаев развивается синдром острого повреждения лёгких с сухим кашлем, одышкой, тахипноэ и тахикардией, высокой температурой, снижением артериального давления, угнетённым дыханием, сменой алкалоза на ацидоз, нарастанием отёка лёгких, острой дыхательной недостаточностью с неблагоприятным исходом. Хотя специфических антивирусных препаратов в настоящее время не разработано, в нескольких исследованиях показано, что коронавирусы чувствительны к высоким дозам интерферона (препараты Вэллферон, Бетаферон, интерферон альфа-2b и др.) и рибавирина [31][32].

Ближневосточный респираторный синдром (БВРС, MERS-CoV)

Первые случаи заболевания БВРС у людей были зарегистрированы в восточной части Саудовской Аравии в сентябре 2012 г. Завозные случаи выявлены в других странах Ближнего Востока (Иордания, Катар, Объединённые Арабские Эмираты), в Северной Африке (Тунис), в Европе (Франция, Германия, Великобритания, Италия) и в Америке (США, Канада) [33]. Эпизодические случаи отмечены и в Саудовской Аравии. На декабрь 2019 г. подтверждены 2484 случая, из которых 857 (34,5%) закончились летальным исходом.

Заражение происходит через продукты жизнедеятельности летучих мышей, являющихся природным резервуаром вируса, а также, возможно, через промежуточных хозяев – верблюдов [34][35]. Среди людей установлена прямая передача, особенно медицинским работникам, тесно контактирующим с больными. Клиническая картина при БВРС принципиально не отличается от ТОРС. Возбудитель БВРС (вирус MERS-CoV) также относится к роду Betacoronavirus, подроду Merbecovirus (см. табл. 1).

Следует иметь в виду, что ряд видов отряда рукокрылых (Chiroptera), подобно птицам, осуществляют ежегодные сезонные миграции, зимуя в том числе в пределах ареала природных очагов вируса БВРС [36]. Таким образом, вирус, помимо экспорта с инфицированными людьми, может попасть на территорию РФ и с летучими мышами. Не случайно все эпидемические вспышки возникали осенью, в период миграции летучих мышей. Такая же ситуация характерна для вспышек новых вариантов гриппа птиц, которые происходят во время или после массовой миграции, когда наблюдаются высокая концентрация животных в местах зимовок и перемешивание популяций.

Новый коронавирус 2019-nCoV (COVID-19)

Вспышка заболевания зарегистрирована в декабре 2019 г. в г. Ухань (провинция Хубэй, КНР) [37], хотя первые случаи были зафиксированы ещё в ноябре 2019 г. Вспышка имеет тенденцию к распространению на другие 30 городов КНР, включая Пекин и Шанхай [38]. Инфицированные пациенты выявлены не менее чем в 40 странах Азии, Америки, Европы и Австралии; в Российской Федерации выявлены два случая. В КНР и ряде других стран к 01.03.2020 зарегистрировано более 80 тыс. случаев с 2,0% летальностью. В Ухане и ещё в 17 городах объявлен карантин, туда направлено дополнительно порядка 4000 медицинского персонала, включая 450 военных врачей, за 2 нед построены две современные боксированные больницы, каждая на 1000 коек. В КНР предприняты быстрые и жёсткие меры, направленные на ограничение распространения инфекции и минимизацию последствий. Между тем Минсельхоз КНР объявил о новой вспышке гриппа А (H5N1) среди домашних птиц в провинции Хунань, пограничной с Хубэй (случаев заболевания людей пока не выявлено). ВОЗ на 30.01.2020 объявила чрезвычайную медицинскую ситуацию на международном уровне.

Первичным источником инфекции на первом этапе исследований считали морепродукты на пищевом рынке, где продают много других продуктов животного происхождения, в частности змей (вторая гипотеза о первичном источнике). Однако, как показывает анализ данных по филогенетике выделенных штаммов, первичным природным резервуаром, подобно вирусам SARS-CoV и MERS-CoV, являются тяготеющие к жилью человека виды летучих мышей (рис. 2). Основное значение имеют подковоносы (Rhinilophidae, Rhinolophus), в том числе большой подковонос R. ferrumequinum (Schreber, 1775). Ареал большого подковоноса включает Европу, Крым, Кавказ, Среднюю Азию, Северную Африку, Северную Индию, Китай, Корею и Японию [36]. В Российской Федерации он распространён вплоть до 44°с.ш., образует колонии до 500 особей, обычно с трёхцветной ночницей (Myotis emarginatus, E. Geoffroy, 1806), тяготеет к жилью человека, совершает сезонные миграции. В местах зимовок скапливается до 500 особей, половину из них составляет молодняк, не имеющий иммунитета к инфекциям. Вирусы выделены от летучих мышей в 2011 г. (1), в 2012 г. (4), в 2013 г. (4), в 2015 г. (1), в 2016 г. (2) и в 2017 г. (1). Это значит, что вирус продолжал циркулировать в КНР среди летучих мышей, главным образом среди видов рода Rhinilophus в межэпидемический период при отсутствии заболеваемости среди людей. В 2006–2014 гг. в КНР изолировали три штамма Betacoronavirus от летучих мышей рода Rousettus (см. рис. 2).

Рис. 2. Филогенетическая структура рода Betacoronavirus (Coronaviridae: Nidovirales) с указанием положения нового коронавируса 2019-nCoV.
Fig. 2. Phylogenetic tree of the Betacoronavirus genus. The strains of new coronavirus 2019-nCov are marked with dots.

Европейское региональное бюро ВОЗ разработало ряд документов для обеспечения готовности стран региона к противодействию новой опасности в случае дальнейшего распространения вируса. Подготовлены оценка экспресс рисков по состоянию на 22.01.2020; рекомендации по определению случаев заболевания для эпидемиологического надзора [39], клиническому ведению тяжёлых больных, стандартному набору документации и медицинских изделий для противодействия болезни [40, 41]; руководство по снижению риска передачи инфекции от животных к человеку на рынках живых животных [39], по диагностическим процедурам [40][41][42][43]. Использование лабораторных методов (ОТ-ПЦР в реальном времени) абсолютно необходимо, поскольку выявлены случаи инаппарантного течения болезни [44].

В Российской Федерации на 4-й неделе 2020 г. (с 20 по 26 января) активно циркулировали вирусы гриппа А (H1N1)pdm09, H3N2 и В с единичными летальными исходами, а также другие возбудители ОРВИ: респираторно синцитиальный вирус, риновирусы, аденовирусы, вирус парагриппа, бокавирусы, метапневмовирусная и микоплазменная инфекции. Выявлены единичные находки сезонного представителя коронавирусов (Alphacoronavirus) (данные Центра экологии и эпидемиологии гриппа Национального центра по гриппу, сотрудничающего с ВОЗ, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского, НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи Минздрава России (ЦЭЭГ)) (табл. 2).

Блестящая работа китайских вирусологов в кратчайшие сроки обеспечила изоляцию возбудителя и его молекулярно-генетическую характеристику после секвенирования полного генома (MN908947.3). Свободный доступ к этим результатам позволил немедленно разработать диагностические тест-системы, на основе ОТ-ПЦР в режиме реального времени. К концу января 2020 г. эти тест-системы, разработанные в вирусологическом центре «Вектор» Роспотребнадзора, уже широко использовались для скрининга подозрительных на 2019-nCoV больных. На конец января 2020 г. в Российской Федерации выявлено по одному заболевшему в Забайкалье и в Тюменской области. Решением Президента РФ В.В. Путина создан штаб по профилактике завоза 2019-CoV в Россию во главе с вице-премьером Т.А. Голиковой. В него вошли руководитель Роспотребнадзора, главный государственный санитарный врач РФ А.Ю. Попова, министр здравоохранения РФ М.А. Мурашко и др. Утверждены временные методические рекомендации по профилактике, диагностике и лечению новой коронавирусной инфекции (2019-nCoV). Анализ филогенетических данных позволил отнести новый вирус 2019-nCoV к роду Betacoronavirus, подроду Sarbecovirus в группу SARS-related human coronavirus, куда входят и многочисленные штаммы, изолированные от летучих мышей (SARS related Rhinolophus bat coronavirus RF1 и др.) (см. табл. 1, рис. 2).

Обсуждение

Анализ данных по филогенетике возбудителей ТОРС (SARS), БВРС (MERS) и COVID-19 позволяет расценивать возникшую в декабре 2019 г. в Ухане коронавирусную инфекцию как вариант ТОРС со сравнимыми показателями вирулентности, развития эпидемической ситуации и особенностями клинических проявлений. Генетическая близость вируса COVID-19 с SARS-подобными вирусами летучих мышей (SARS-related human coronavirus и SARS-related Rhinolophus bat coronavirus RF1), изолированными от нескольких видов рода Rhinolophus, позволяет предположить их основную роль в сохранении вирусных популяций в природных очагах. Другие позвоночные, имеющие непосредственные экологические связи с летучими мышами (циветты, змеи и др., поедающие летучих мышей), служат в качестве промежуточных хозяев. В случае их использования в пищевых целях они могут стать источниками заражения людей.

С представителями отряда рукокрылых (Chiroptera; подотряд летучих мышей Microchiroptera) тесно связаны коронавирусы рода Betacoronavirus (SARSCoV, COVID-19 из подрода Sarbecovirus, MERS-CoV из подрода Merbecovirus), а также ряд представителей рода Alphacoronavirus (подрода Colacovirus, Decacovirus, Minunacovirus, Myotacovirus, Nyctacovirus, Rhinacovirus) (см. табл. 1). Наряду с отсутствием острых клинических проявлений инфекции это свидетельствует о древних (возможно, с эпох палеоцена – эоцена, 60–70 млн лет назад) тесных экологических связях летучих мышей и вирусов подсемейства Orthocoronavirinae. Такая связь установлена с нетопырями (Pipistrellus) у MERS-rеlated вирусов (Merbecovirus), а у SARS-related и COVID-19 – с подковоносами (Rhinolophidae, Rhinolophus). Принятые в Российской Федерации меры по профилактике завоза вируса, безусловно, важны. Вместе с тем они не могут полностью предотвратить случаи заноса вируса инфицированными людьми, во время инкубационного периода, или имеющими стёртые и инаппарантные формы заболевания. Задача осложняется и тем, что события разворачиваются на фоне сезонной эпидемии гриппа с одновременной циркуляцией вирусов гриппа А (H1N1)pdm09, H3N2) и В, вызывающих в том числе и тяжёлые формы заболевания с летальным исходом, а также 8 других респираторных вирусов, включая сезонный коронавирус (Alphacoronavirus) (см. табл. 2).

Таблица 2. ПЦР-диагностика в базовых лабораториях с 1 ноября 2019 г. по 31 января 2020 г.
Table 2. PCR-diagnostic of influenza and ARVI in Collaborative Centers (01.11.2019-31.01.2020)

В 2002–2019 гг. в мире зарегистрировано по крайней мере 7 эпидемических ситуаций (в основном в КНР), связанных с зоонозными коронавирусами (Coronaviridae, Betacoronavirus) и вирусами гриппа (Orthomyxoviridae, Influenza A virus). Число заболевших превысило 100 тыс., летальность варьировала от 2 до 50% (табл. 3), отмечена угроза возникновения пандемий [45]. Очевидно, что подобные ситуации будут возникать и в обозримом будущем [46][47][48][49]. Это требует объединения международных действий для комплексной разработки специалистами (эпидемиологами, экологами, вирусологами, клиницистами, организаторами здравоохранения) планов в целях минимизации последствий возникновения новых и вновь возвращающихся (emerging-reemerging) инфекций.

Таблица 3. Сравнительные показатели заболеваемости и смертности людей от зоонозных вирусов, принадлежащих семействам Coronaviridae (Betacoronavirus) и Orthomyxoviridae (Influenza A virus), в 2002–2019 гг.
Table 3. Morbidity and mortality of humans associated with zoonotic viruses (Coronaviridae (Betacoronavirus), and Orthomyxoviridae (Influenza A virus)) in 2002–2019

×

About the authors

D. K. Lvov

D.I. Ivanovsky Institute of Virology of National Research Centre for Epidemiology and Microbiology named after the honorary academician N.F. Gamaleya

Author for correspondence.
Email: dk_lvov@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-8176-6582

Dmitry K. Lvov, Doctor of Medical Sciences, Professor, Academician of RAS, Head of the Department of Ecology of Viruses, Head of Ecology and Epidemiology of Influenza Center.

Moscow, 123098

Россия

S. V. Alkhovsky

D.I. Ivanovsky Institute of Virology of National Research Centre for Epidemiology and Microbiology named after the honorary academician N.F. Gamaleya

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-6913-5841
Moscow, 123098 Россия

L. V. Kolobukhina

D.I. Ivanovsky Institute of Virology of National Research Centre for Epidemiology and Microbiology named after the honorary academician N.F. Gamaleya

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-5775-3343
Moscow, 123098 Россия

E. I. Burtseva

D.I. Ivanovsky Institute of Virology of National Research Centre for Epidemiology and Microbiology named after the honorary academician N.F. Gamaleya

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0003-2518-6801
Moscow, 123098 Россия

References

  1. de Groot R.J., Baker S.C., Baric R., Enjuanes L., Gorbalenya A.E., Holmes K.V., et al. Family Coronaviridae. In: King A.M., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J., eds. Virus Taxonomy: Classification and Nomenclature of Viruses. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. London: Elsevier; 2012: 806-28.
  2. Львов Д.К., Щелканов М.Ю. Коронавирусы (Coronaviridae). В кн.: Львов Д.К., ред. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. М.: МИА; 2013: 211-8.
  3. Perlman S., Gallagher T., Snijder E.J. Nidoviruses. Washington: ASM press; 2008.
  4. Woo P.C., Lau S.K., Huang Y., Yuen K.Y. Coronavirus diversity, phylogeny and interspecies jumping. Exp. Biol. Med. (Maywood). 2009; 234(10): 1117-27. doi: 10.3181/0903-MR-94
  5. Cowley J.A., Dimmock C.M., Spann K.M., Walker P.J. Gill-associated virus of Penaeus monodon prawns: an invertebrate virus with ORF1a and ORF1b genes related to arteri– and coronaviruses. J. Gen. Virol. 2000; 81(Pt. 6): 1473-84. doi: 10.1099/0022-1317-81-6-1473
  6. Decaro N., Buonavoglia C. An update on canine coronaviruses: viral evolution and pathobiology. Vet. Microbiol. 2008; 132(3-4): 221-34. doi: 10.1016/j.vetmic.2008.06.007
  7. Cavanagh D. Coronaviruses in poultry and other birds. Avian Pathol. 2005; 34(6): 439-48. doi: 10.1080/03079450500367682
  8. Chu D.K., Leung C.Y., Gilbert M., Joyner P.H., Ng E.M., Tse T.M., et al. Avian coronavirus in wild aquatic birds. J. Virol. 2011; 85(23): 12815-20. doi: 10.1128/JVI.05838-11
  9. Traavik T., Mehl R., Kjeldsberg E. “Runde” viurs, a coronaviruslike agent associated with seabirds and ticks. Arch. Virol. 1977; 55(1-2): 25-38. http://doi.org/10.1007/bf01314476
  10. Gagneur A., Vallet S., Talbot P.J., Legrand-Quillien M.C., Picard B., Payan C., et al. Outbreaks of human coronavirus in a pediatric and neonatal intensive care unit. Eur. J. Pediatr. 2008; 167(12): 1427-34. http://doi.org/10.1007/s00431-008-0687-0
  11. Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусная инфекция, тяжелый острый респираторный синдром. В кн.: Львов Д.К., ред. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. М.: МИА; 2013: 588-92.
  12. Xu J., Hu J., Wang J., Han Y., Hu Y., Wen J., et al. Genome organization of the SARS-CoV. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2003; 1(3): 226-35. http://doi.org/10.1016/s1672-0229(03)01028-3
  13. Li W., Shi Z., Yu M., Ren W., Smith C., Epstein J.H., et al. Bats are natural reservoirs of SARS-like coronaviruses. Science. 2005; 310(5748): 676-9. http://doi.org/10.1126/science.1118391
  14. Woo P.C., Lau S.K., Lam C.S., Lau C.C., Tsang A.K., Lau J.H., et al. Discovery of seven novel Mammalian and avian coronaviruses in the genus deltacoronavirus supports bat coronaviruses as the gene source of alphacoronavirus and betacoronavirus and avian coronaviruses as the gene source of gammacoronavirus and deltacoronavirus. J. Virol. 2012; 86(7): 3995-4008. http://doi.org/10.1128/JVI.06540-11
  15. Guan Y., Zheng B.J., He Y.Q., Liu X.L., Zhuang Z.X., Cheung C.L., et al. Isolation and characterization of viruses related to the SARS coronavirus from animals in southern China. Science. 2003; 302(5643): 276-8. http://doi.org/10.1126/science.1087139
  16. Annan A., Baldwin H.J., Corman V.M., Klose S.M., Owusu M., Nkrumah E.E., et al. Human betacoronavirus 2c EMC/2012-related viruses in bats, Ghana and Europe. Emerg. Infect. Dis. 2013; 19(3): 456-9. http://doi.org/10.3201/eid1903.121503
  17. Balboni A., Battilani M., Prosperi S. The SARS-like coronaviruses: the role of bats and evolutionary relationships with SARS coronavirus. New Microbiol. 2012; 35(1): 1-16.
  18. Wang L.F., Shi Z., Zhang S., Field H., Daszak P., Eaton B.T. Review of bats and SARS. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12(12): 1834-40. http://doi.org/10.3201/eid1212.060401
  19. Dominguez S.R., O’Shea T.J., Oko L.M., Holmes K.V. Detection of group 1 coronaviruses in bats in North America. Emerg. Infect. Dis. 2007; 13(9): 1295-300. http://doi.org/10.3201/eid1309.070491
  20. Gloza-Rausch F., Ipsen A., Seebens A., Gottsche M., Panning M., Drexler J.F., et al. Detection and prevalence patterns of group I coronaviruses in bats, northern Germany. Emerg. Infect. Dis. 2008; 14(4): 626-31. http://doi.org/10.3201/eid1404.071439
  21. Lau S.K., Woo P.C., Li K.S., Huang Y., Tsoi H.W., Wong B.H., et al. Severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in Chinese horseshoe bats. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005; 102(39): 14040-5. http://doi.org/10.1073/pnas.0506735102
  22. Tong S., Conrardy C., Ruone S., Kuzmin I.V., Guo X., Tao Y., et al. Detection of novel SARS-like and other coronaviruses in bats from Kenya. Emerg. Infect. Dis. 2009; 15(3): 482-5. http://doi.org/10.3201/eid1503.081013
  23. Zhou P., Li H., Wang H., Wang L.F., Shi Z. Bat severe acute respiratory syndrome-like coronavirus ORF3b homologues display different interferon antagonist activities. J. Gen. Virol. 2012; 93(Pt. 2): 275-81. http://doi.org/10.1099/vir.0.033589-0
  24. Summary table of SARS cases by country, 1 November 2002 – 7 August 2003. Available at: https://www.who.int/csr/sars/country/2003_08_15/en/
  25. Покровский В.И., Малеев В.В., Киселев О.И. Коронавирус SARS – возбудитель атипичной пневмонии. Временые методические рекомендации. М.; 2003.
  26. Чучалин А.Г. Синдром острого повреждения легких. РМЖ. 2006; 14(22): 1582.
  27. Riley S., Fraser C., Donnelly C.A., Ghani A.C., Abu-Raddad L.J., Hedley A.J., et al. Transmission dynamics of the etiological agent of SARS in Hong Kong: impact of public health interventions. Science. 2003; 300(5627): 1961-6. http://doi.org/10.1126/science.1086478
  28. Lipsitch M., Cohen T., Cooper B., Robins J.M., Ma S., James L., et al. Transmission dynamics and control of severe acute respiratory syndrome. Science. 2003; 300(5627): 1966-70. http://doi.org/10.1126/science.1086616
  29. Wang J.T., Sheng W.H., Fang C.T., Chen Y.C., Wang J.L., Yu C.J., et al. Clinical manifestations, laboratory findings, and treatment outcomes of SARS patients. Emerg. Infect. Dis. 2004; 10(5): 818-24. http://doi.org/10.3201/eid1005.030640
  30. Drosten C., Gunther S., Preiser W., van der Werf S., Brodt H.R., Becker S., et al. Identification of a novel coronavirus in patients with severe acute respiratory syndrome. N. Engl. J. Med. 2003; 348(20): 1967-76. http://doi.org/10.1056/NEJMoa030747
  31. Tan E.L., Ooi E.E., Lin C.Y., Tan H.C., Ling A.E., Lim B., et al. Inhibition of SARS coronavirus infection in vitro with clinically approved antiviral drugs. Emerg. Infect. Dis. 2004; 10(4): 581-6. http://doi.org/10.3201/eid1004.030458
  32. Дерябин П.Г., Зарубаев В.В. К вопросу о коронавирусной инфекции и перспективах профилактики и лечения препаратами интерферона альфа-2в человеческого рекомбинантного. Инфекционные болезни. 2014; 12(3): 32-4.
  33. de Groot R.J., Baker S.C., Baric R.S., Brown C.S., Drosten C., Enjuanes L., et al. Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV): announcement of the Coronavirus Study Group. J. Virol. 2013; 87(14): 7790-2. http://doi.org/10.1128/JVI.01244-13
  34. Reusken C.B., Haagmans B.L., Muller M.A., Gutierrez C., Godeke G.J., Meyer B., et al. Middle East respiratory syndrome coronavirus neutralising serum antibodies in dromedary camels: a comparative serological study. Lancet Infect. Dis. 2013; 13(10): 859-66. http://doi.org/10.1016/S1473-3099(13)70164-6
  35. Perera R.A., Wang P., Gomaa M.R., El-Shesheny R., Kandeil A., Bagato O., et al. Seroepidemiology for MERS coronavirus using microneutralisation and pseudoparticle virus neutralisation assays reveal a high prevalence of antibody in dromedary camels in Egypt, June 2013. Euro Surveill. 2013; 18(36): pii20574. http://doi.org/10.2807/1560-7917.es2013.18.36.20574
  36. Стрелков П.П. Отряд Chiroptera, Blumenbach, 1779 – Рукокрылые. В кн.: Громов И.М., Баранова Г.И., ред. Каталог млекопитающих СССР. Плиоцен – современность. Ленинград: Наука; 1981: 31-53.
  37. Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV). Available at: https://www.who.int/internal-publications-detail/surveillance-case-definitions-for-human-infectionwithnovel-coronavirus-(ncov)
  38. Disease commodity package – Novel Coronavirus (nCoV). Available at: https://www.who.int/publications-detail/disease-commodity-package---novel-coronavirus-(ncov)
  39. WHO recommendations to reduce risk of transmission of emerging pathogens from animals to humans in live animal markets. Available at: https://www.who.int/health-topics/coronavirus/who-recommendations-to-reduce-risk-of-transmission-of-emerging-pathogens-from-animals-to-humans-in-live-animal-markets
  40. Laboratory testing for 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) in suspected human cases. Available at: https://www.who.int/publications-detail/laboratory-testing-for-2019-novel-coronavirus-insuspected-human-cases-20200117
  41. European surveillance for human infection with novel coronavirus (2019-nCoV). Available at: https://www.ecdc.europa.eu/en/european-surveillance-human-infection-novel-coronavirus-2019-ncov
  42. European Virus Archive – GLOBAL. Available at: https://www.european-virus-archive.com/
  43. Diagnostic detection of Wuhan coronavirus 2019 by realtime RTPCR. Available at: https://www.who.int/docs/defaultsource/coronaviruse/wuhan-virus-assay-v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf?sfvrsn=d381fc88_2
  44. Novel Coronavirus (2019-nCoV) situation reports (WHO). Available at: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports
  45. WHO, Western Pacific Region. Avian Influenza Weekly Update 2019. Available at: https://iris.wpro.who.int/handle/10665.1/14328
  46. Львов Д.К. Грипп и другие новые и возвращающиеся инфекции Северной Евразии: глобальные последствия. В кн.: Федеральный справочник здравоохранения России. Том 11. М.; 2010: 209-19.
  47. Львов Д.К., Борисевич С.В., Альховский С.В., Бурцева Е.И. Актуальные подходы анализа вирусных геномов в интересах биобезопасности. Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. 2019; 8(2): 96-101. http://doi.org/10.24411/2305-3496-2019-12012
  48. Lvov D.K., Shchelkanov M.Y., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic Viruses of Northern Eurasia. Taxonomy and Ecology. London: Academic Press, Elsevier; 2015.
  49. WHO. Coronavirus disease 2019 (COVID-19). Sitation report - 40 (29 February 2020).

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2020 Lvov D.K., Alkhovsky S.V., Kolobukhina L.V., Burtseva E.I.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies