Genetic diversity of human caliciviruses detected in schoolchildren with gastroenteritis in Nizhni Novgorod


Cite item

Full Text

Abstract

A total of 2312 children admitted to the Nizhni Novgorod infectious disease hospitals for diagnosed acute gastroenteritis were examined using the RT-PCR. The detection rate of human caliciviruses was found to be 6.5% (range 1.2 to11.2%). The population of calicivuruses presented with noroviruses genogroups I (16%) and II (81%), and sapoviruses (3%). Noroviruses genogroup II included genotypes GII.2 and GII.4 with a preponderance of the variant CII.4-2006b. The detected sapoviruses were clustered with sapoviruses GI.1, GI.2, and GII.1 by phylogenetic analysis.

References

  1. Вирусология. Методы / Под ред. Б. Мейхи. - М., 1988. - С. 35-36.
  2. Мухина А. А., Шипулин Г. А., Боковой А. Г. и др. Первый опыт изучения калицивирусной инфекции у детей в Москве // Вопр. вирусол. - 2002.- № 6. - С. 33-37.
  3. Подколзин А. Т., Мухина А. А., Шипулин Г. Г. и др. Изучение этиологии острых кишечных инфекций у детей, госпитализированных в инфекционные отделения стационаров Москвы // Инфекц. бол. - 2004. - Т. 2, № 4. - С. 85-91.
  4. Ротавирусный гастроэнтерит. Противоэпидемические мероприятия / Новикова Н. А., Епифанова Н. В., Романова Т. В. и др. - Н. Новгород, 1999.
  5. Сироткин А. К., Сергеева Н. В., Тихомирова О. В. и др. Этиология вирусных гастроэнтеритов у детей в Санкт-Петербурге в 2001-2003 гг. // Материалы науч. конф. "Идеи Пастера в борьбе с инфекциями". Санкт-Петербург, 4-5 сентября 2003 г. - СПб., 2003. - С. 117-118.
  6. Bull R., Tu E., McIver С. et al. Emergence of a new norovirus genotype II.4 variant associated with global outbreaks of Gastroenteritis // J. Clin. Microbiol. - 2006. - P. 327-333.
  7. Burroughs J. N., Brown F. Presence of a covalently linked protein on calicivirus RNA // J. Gen. Virol. - 1978. - Vol. 4. - P. 443-446.
  8. Clarke I. N., Lambden P. R. Organization and expression of calicivirus genes // J. Infect. Dis. - 2000. - Vol. 181. - P. 309- 316.
  9. de Wit M. A., Koopmans M. P., Kortbeek L. M. et al. Sensor, a population-based cohort study on gastroenteritis in the Netherlands: incidence and etiology // Am. J. Epidemiol. - 2001. - Vol. 154, N 7. - P. 666-674.
  10. Guntapong R., Hansman G. S., Oka T. et al. Norovirus and Sapovirus infections in Thailand // Jpn J. Infect. Dis. - 2004. - Vol. 57, N 6. - P. 276-278.
  11. Hansman G. S., Takeda N., Uka T. et al. Intergenogroup recombination in sapoviruses // Emerg. Infect. Dis. - 2005. - Col. 11. - P. 1916-1920.
  12. Jiang X., Huang P., Zhong W. et al. Design and evaluation of a primer pair that detects both Norwalk- and Sapporo-like caliciviruses by RT-PCR // J. Virol. Meth. - 1999. - Vol. 83. - P. 143-154.
  13. Kageyama Т., Kojima S., Shinohara M. et al. Broadly reactive and highly sensitive assay for Norwalk-like viruses based on Real-Time. Quantitative Reverse Transcription-PCR. // J. Clin. Microbiol. - 2003. - Vol. 41, N 4. - P. 1548-1557.
  14. Kojima S., Kageyama Т., Fukushi S. et al. Genogroup-specific PCR primers for detection of Norwalk-like viruses // J. Virol. Meth. - 2002. - Vol. 100. - P. 107-114.
  15. Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment // Briefings in Bioinformatics. - 2004. - Vol. 5. - P. 150 -163.
  16. Monica В., Ramani S., Banerjee I. et al. Human caliciviruses in symptomatic infections in children in Vellore, South India // J. Med. Virol. - 2007. - Vol. 79, N 5. - P. 544-551.
  17. Phan T. G., Kaneshi K., Ueda Y. et al. Genetic heterogeneity, evolution, and recombination in noroviruses // J. Med. Virol. - 2007. - Vol. 79, N 9. - P. 1388-1400.
  18. Tu E., Bull R., Greening G. et al. Epidemics of gastroenteritis during 2006 were associated with the spread of norovirus GII.4 variants 2006a and 2006b // Clin. Infect. Dis. - 2008. - Vol. 46. - P. 413-420.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2009 Lukovnikova L.B., Yepifanova N.V., Novikov D.V., Novikova N.A.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies