Том 68, № 1 (2023)

Введение. Kindia tick virus (KITV) – недавно обнаруженный сегментированный неклассифицированный флавиподобный вирус семейства Flaviviridae, переносимый клещами и предположительно патогенный для человека.

Цель работы – поиск структурных мотивов вирусных полипептидов и моделирование пространственной структуры вирусных белков NS3 и NS5 многокомпонентного флавиподобного KITV.

Материалы и методы. Использованы полногеномные последовательности KITV, вирусов Зика, денге, японского энцефалита, Западного Нила и жёлтой лихорадки из базы данных GenBank. Биоинформатический анализ выполнен с помощью пакета программ AlphaFold2, RCSB PDB, UCSF Chimera, NCBI BLAST, MOTIF Search, Protomenal, Unipro UGENE, ESPript.

Результаты. Установлено, что структурные белки VP1–VP3 KITV не имеют аналогов с известными в настоящее время вирусными белками. Получены пространственные модели неструктурных белков NS3 и NS5 KITV, обладающие высоким уровнем топологического сходства с белками вирусов клещевого энцефалита и денге. У NS5 KITV обнаружены характерные для флавивирусов домены метилтрансферазы и РНК-зависимой РНК-полимеразы. Последний представлен субдоменами пальцев, ладони и большого пальца, а также типичными структурными мотивами A, B, C, D, E, F. Идентифицированы хеликазный домен и основные структурные мотивы I, Ia, II, III, IV, IVa, V, VI в NS3 KITV. Домена протеазы, типичного для NS3 флавивирусов, обнаружено не было. В аминокислотных последовательностях NS3 и NS5 KITV обнаружены высококонсервативные последовательности протяжённостью 3–7 аминокислот, характерные для KITV и флавивирусов. Картировано восемь аминокислотных замен, характерных для KITV/2018/1 и KITV/2018/2, пять из них локализованы в альфа-спиралях, три – в свободных петлях неструктурных белков.

Заключение. Полученные результаты свидетельствуют о структурном и функциональном сходстве белков NS3 и NS5 сегментированного флавиподобного KITV с флавивирусами, что подтверждает их возможную эволюционную взаимосвязь и таксономическое единство.

Введение. До настоящего времени исследования, направленные на прямой поиск вирусов группы герпеса (ВГГ) в материале опухоли и средах глаза, не проводились.

Цель работы – установить частоту выявления ДНК ВГГ в биоматериале глаз, крови и провести оценку специфического гуморального иммунитета к возбудителям герпесвирусных инфекций у пациентов с увеальной меланомой (УМ).

Материалы и методы. Обследованы 38 пациентов с опухолями увеального тракта на наличие ДНК Herpes simplex virus (HSV-1, HSV-2), Cytomegalovirus (CMV), Varicella Zoster virus (VZV), virus Epstein–Barr (EBV), Human herpesvirus (HHV) 6 и HHV-8 в материале опухоли, стекловидного тела (СТ), влаги передней камеры (ВПК) и плазмы крови (ПК) методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ); пробы сыворотки крови исследованы методом иммуноферментного анализа (ИФА) на IgG-, IgM-антитела к ВГГ.

Результаты. ДНК EBV присутствовала в ткани опухоли в 20,6% случаев, в СТ – 4,2%, в ПК – 2,7%, во ВПК – не обнаружена. IgG-антитела к HSV-1, HSV-2 и CMV обнаружены в 97,3% случаев, VZV – 94,6%, HHV-6 – 32,4%, HHV-8 не выявлены. Реактивация хронической инфекции HSV-1, HSV-2 выявлена у 20 обследуемых (55,6%), CMV – у 14 (38,9%). Маркеры хронического инфицирования EBV обнаружены у всех пациентов, атипичной реактивации – в двух случаях (5,4%).

Заключение. Полученные данные позволяют говорить об участии EBV в развитии опухолей увеального тракта и необходимости дальнейшего углублённого исследования данной проблемы.

Введение. На территории России были выявлены четыре вида лиссавирусов (род Lyssavirus), представители трёх из них являлись причиной гибели людей.

Цель – охарактеризовать случаи гибели людей после контактов с рукокрылыми на территории Дальнего Востока в 2018–2021 гг. и типировать выделенные патогены.

Материалы и методы. Лиссавирусную инфекцию подтверждали в образцах секционного материала от людей, погибших в Амурской области в 2019 г. и в Приморском крае в 2019 и 2021 гг. Диагностику поводили методом флуоресцирующих антител, Real-time ПЦР, используя диагностикумы отечественного производства. Вирусы выделены в биопробе. Последовательности нуклеопротеина анализировали на уровне 1-го пассажа. Анализ филогенетических отношений и построение дендрограмм выполняли в программе MEGA7.

Результаты. Было установлено, что вирусы, вызвавшие гибель людей в Амурской области и Приморском крае, более чем на 90% идентичны лиссавирусам Иркут (вид Lyssavirus irkut), выявленным на территории России и Китая, и образуют с ними отдельный монофилетический кластер со 100%-й бутстреп-поддержкой.

Заключение. На территории России актуален мониторинг популяций летучих мышей на заражённость лиссавирусами. Секционный материал людей, погибших от энцефаломиелита неустановленной этиологии в пределах 10–15 дней от начала болезни, необходимо исследовать на лиссавирусную инфекцию. Требуется разработка ПЦР-тест-систем, включающих родоспецифичные праймеры. Применение молекулярно-биологических методов является перспективным в плане развития диагностики бешенства для совершенствования эпидемиологического надзора и повышения эффективности системы биологической защиты населения Российской Федерации.

Введение. Белок p24 вируса иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1) играет важную роль в жизненном цикле вируса, а также является объектом для диагностических тестов и разработки новых антиретровирусных препаратов и терапевтических вакцин. Наиболее изученным вариантом ВИЧ-1 в мире является субтип В. В России наиболее распространённым вариантом является суб-субтип А6, отмечается появление и распространение новых рекомбинатных форм (CRF63_02A6 и CRF03_A6B) наряду с сохранением циркуляции субтипа G и рекомбинантной формы CRF02_AG. Детального изучения белка p24 у этих вариантов пока не проводилось.

Цель работы. Изучение особенностей белка p24 у вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России, и оценка вероятности наличия предсуществующих мутаций лекарственной устойчивости к ленакапавиру – первому антиретровирусному препарату в классе ингибиторов капсида.

Материалы и методы. Материалом для работы послужили нуклеотидные последовательности ВИЧ-1, полученные из международной базы данных Los Alamos, а также клинические образцы от ВИЧ-инфицированных пациентов.

Результаты и обсуждение. Определены особенности p24 у вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России. Мутации V86A, H87Q, I91F являются характеристическими заменами для А6. Показано, что наличие предсуществующих мутаций устойчивости к ленакапавиру маловероятно.

Заключение. Особенности в белке p24 у вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в России, позволяют отличить их от других вариантов и различить между собой. Прогноз применения ленакапавира у пациентов в России в целом благоприятный. Полученные результаты могут быть учтены в будущем при разработке и применении антиретровирусных препаратов и терапевтических вакцин.