Молекулярно-генетическая характеристика многокомпонентного флавиподобного вируса Kindia tick virus (Flaviviridae), обнаруженного в иксодовых клещах на территории Гвинейской Республики

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Иксодовые клещи – переносчики возбудителей многих инфекционных болезней. Недавно при исследовании клещей Rhipicephalus geigyi, собранных с домашнего скота в Гвинейской Республике, обнаружен новый многокомпонентный флавиподобный РНК-содержащий вирус, получивший название Kindia tick virus (KITV), с необычным механизмом реализации генетической информации.

Цель работы – обнаружение и исследование генетического разнообразия KITV в иксодовых клещах, собранных на территории провинции Киндиа Гвинейской Республики.

Материалы и методы. В 2021 г. с крупного рогатого скота собрано 324 экземпляра клещей видов Amblyomma variegatum, Rh. geigyi, Rh. annulatus, Rh. decoloratus, Rh. senegalensis. Детекция вирусной РНК проводилась в индивидуальных образцах клещей методом ОТ-ПЦР с последующим определением нуклеотидной последовательности и проведением филогенетического анализа.

Результаты и обсуждение. Инфицированность KITV клещей вида Rh. geigyi составила 12,2%, Rh. annulatus – 4,4%, Rh. decoloratus – 3,3%. Однако генетический материал KITV в клещах Am. variegatum, являющихся одним из доминирующих видов в Западной Африке, выявлен не был. Для всех изолятов вируса определена частичная нуклеотидная последовательность каждого из четырёх вирусных сегментов (GenBank, OK345271–OK345306), филогенетический анализ которых показал высокий уровень их тождественности (98,5–99,8%) по каждому из четырёх сегментов вирусного генома с ранее обнаруженными в Гвинейской Республике. Полученные изоляты KITV наиболее генетически близки к Mogiana tick virus, который ранее был обнаружен в Южной Америке в клещах Rh. microplus, и существенно отличаются от других многокомпонентных вирусов, циркулирующих в странах Европы и Азии, в том числе и в Российской Федерации.

Заключение. Генетический материал KITV обнаружен в трёх видах иксодовых клещей, собранных с домашнего скота ряда префектур Гвинейской Республики. Уровень инфицированности клещей составил 3,3–12,2%. Актуальным остаётся продолжение исследований в данном направлении.

Полный текст

Введение

События последних десятилетий позволяют по-другому оценить проблему новых и вновь возникающих инфекционных болезней вирусной этиологии. Яркими примерами чрезвычайных ситуаций, характеризующими всю опасность таких инфекций, могут служить эпидемии птичьего гриппа типа H5N1 и лихорадки Зика, а также продолжающаяся пандемия новой коронавирусной инфекции COVID-19, вызванная вирусом SARS-CoV-2. Возникновение этих инфекционных заболеваний является результатом вторичной или межвидовой передачи вирусных агентов от их естественных хозяев к человеку [1].

В то же время рядом авторов показано, что различные вирусы, представляющие разные семейства, выстраивают взаимоотношения в схеме «вирус – хозяин» по определённым правилам. Так, представители семейства Flaviviridae демонстрируют разнообразные примеры таких взаимодействий [2–4]. Например, вирусы денге, Зика или желтой лихорадки передаются комарами, вирус клещевого энцефалита – клещами, а вирус гепатита С вообще не имеет членистоногих переносчиков.

В связи с этим определённый интерес представляет обнаружение новых флавиподобных вирусов, таких как Jingmen tick virus (JMTV), который впервые был изолирован из клещей вида Rhipicephalus microplus, собранных в китайской провинции Хубэй, и назван в соответствии с географическим местом открытия – регионом Jingmen [5]. Фактически одновременно похожий многокомпонентный флавивирус Guaico Culex virus (GCXV) был обнаружен в комарах рода Culex в Перу, Панаме и на острове Тринидад в Карибском море [5, 6].

В дополнение к эктопаразитам генетический материал вируса JMTV (RC27) также удалось определить в плазме крови приматов – красных колобусов (род Piliocolobus (Rochebrune, 1877)), обитающих в Уганде, а также в сыворотках крови крупного рогатого скота (КРС) и грызунов [5–8]. Предполагается, что JMTV вызвал вспышки лихорадочных заболеваний в Китае и Косово [7, 9, 10]. Это позволило говорить о способности данного вируса преодолевать межвидовые барьеры и эффективно реплицироваться как в эктопаразитах, так и в теплокровных животных.

Впоследствии в различных видах членистоногих и позвоночных были обнаружены другие многокомпонентные флавиподобные вирусы, имеющие устройство генома и механизм реализации генетической информации, схожий с JMTV. Так, Mogiana tick virus (MGTV) был выделен из слюнных желёз клеща Rh. microplus в Бразилии [11]. Чуть позднее на северо-востоке Китая была выявлена циркуляция ранее неизвестного вируса Alongshan (ALSV). Вскоре данный патоген был выделен из клещей Ixodes ricinus (Linnaeus, 1758) на юго-востоке Финляндии и в ряде регионов Российской Федерации [12, 13]. Многокомпонентные флавиподобные вирусы также были обнаружены на территории Турции в клещах Rh. sanguineus sensu lato (Latreille, 1806), Rh. turanicus (Pomerantsev, 1936), Rh. bursa (Canestrini & Fanzago, 1878), Hyalomma marginatum (Koch, 1844), Haemaphysalis inermis (Birula, 1895), Ha. parva (Neumann, 1897) [14]. Схожий многокомпонентный вирус был детектирован в крови больных Крымской-Конго геморрагической лихорадкой (KКГЛ) в Косово и на юге России [15].

Для организации генома всех флавиподобных вирусов характерно наличие сегментов и генов, кодирующих два ключевых неструктурных вирусных белка, схожих с белками представителей семейства Flaviviridae (NS3 и NS5). Многокомпонентные флавиподобные вирусы имеют в своей структуре от 4 (характерно для большинства вирусов, изолированных из клещей, летучих мышей, обезьян и человека) до 5 (встречается у вирусов, выделенных из комаров) сегментов, которые ограничены с 5’- и 3’-концов нетранслируемыми регионами, а также полиаденилированы (рис. 1). Сегмент 1 кодирует неструктурный NS5-like белок, имеющий гомологию с белком NS5 (РНК-зависимая РНК-полимераза) классических представителей семейства Flaviviridae. Сегмент 3 кодирует неструктурный белок, имеющий высокую степень гомологии с флавивирусным белком NS3. Белок NS3 наряду с NS5 играет центральную роль в репликации вируса и является одним из наиболее изученных неструктурных белков. N-концевой домен NS3 обладает протеазной активностью, которая необходима для процессинга полипротеина, а C-концевой домен выполняет функцию геликазы и участвует в кэпировании и синтезе вирусной РНК. На сегодняшний день хорошо изучена структура белка NS3 у большинства несегментированных флавивирусов, и их анализ показывает высокую гомологию не только в строении, но также в механизмах гидролиза аденозинтрифосфата, распознавания и раскручивания РНК [16]. Структурные белки VP1, VP2 VP3 закодированы во втором и четвертом фрагменте и не имеют известных гомологов среди как флавивирусов, так и других известных на сегодняшний день вирусов. Сегмент 2 кодирует предполагаемый гликопротеин VP1. Белки VP2 (предполагаемый капсидный белок) и VP3 (предполагаемый вирусный мембранный белок) закодированы в сегменте 4 и имеют частично перекрывающиеся рамки трансляции [14]. Также рядом авторов проведены немногочисленные серологические исследования на основе структурных белков VP1 и VP2 с целью изучения циркуляции специфичных антител в сыворотках овец и КРС, являющихся прокормителями членистоногих переносчиков [17], или у пациентов с укусом клеща в анамнезе [12].

 

Рис. 1. Схема строения генома многокомпонентных флавиподобных вирусов на примере KITV.

Fig. 1. Scheme of the structure of the genome of multicomponent flavi-like viruses on the example of KITV.

 

В настоящее время доказана патогенность многокомпонентных флавиподобных вирусов для сельскохозяйственных животных и человека. Однако эти сведения носят фрагментарный и ограниченный характер. Не исключена вероятность того, что их роль в инфекционной патологии может быть более значимой, чем принято считать. Установление факта того, что многокомпонентные флавиподобные вирусы достаточно широко распространены и обнаружены на территории Азии, Европы, Африки и Америки, также диктует необходимость в продолжении изучения этой группы патогенов.

Имеется предположение, что флавивирусы, переносимые клещами, произошли на Африканском континенте из Кадам-подобного вируса (KADV) около 28,5 тыс. лет назад. В дальнейшем они распространились по территории Европы, Азии и Америки. Вполне вероятно, что африканские многокомпонентные флавивирусы, такие как Kindia tick virus (KITV), – наиболее вероятные кандидаты в предшественники современных представителей данной группы патогенов [18].

Ранее на территории Гвинейской Республики при проведении метагеномных исследований из суспензий клещей вида Rh. geigyi, собранных с КРС на территории провинции Киндиа, впервые был изолирован многокомпонентный флавиподобный вирус, получивший предварительное название Kindia tick virus [15, 19]. Было показано, что наибольшую степень гомологии KITV имел с MGTV, выделенным из клещей Rh. microplus в Южной Америке.

Уровень различия нуклеотидных/аминокислотных последовательностей KITV с другими представителями сегментированных флавиподобных вирусов составил 7–28/3,1–21,8% (для сегмента 1); 7,7–20,6/3,4–20,3% (для сегмента 2); 2,3–29,3/1,3–20,8% (для сегмента 3) и 0,4–22/0,2–15% (для сегмента 4).

Целью данной работы был дальнейший поиск и молекулярно-генетическая характеристика многокомпонентных флавиподобных вирусов в иксодовых клещах, собранных на территории Гвинейской Республики.

Материалы и методы

Исследования были проведены на базе лаборатории Российско-гвинейского центра эпидемиологии и профилактики инфекционных болезней, который расположен на территории Исследовательского института прикладной биологии в г. Киндиа, Гвинейская Республика [20].

Сбор клещей проводился в период с апреля по май 2021 г. при осмотре взрослых особей сельскохозяйственных животных, находящихся на свободном выпасе на территории префектур Койя, Дюбрека, Форекария, Киндиа, Телимеле провинции Киндия (рис. 2). Предварительно полученный и обработанный материал был протестирован методами полимеразной цепной реакции (ПЦР) и ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) с использованием наборов реагентов российского производства для выявления маркеров возбудителей: РНК вируса ККГЛ «АмплиСенс CCHFV-FL»; РНК вируса клещевого энцефалита, ДНК Borrelia burgdorferi sl, Ehrlichia chaffeensis/E. muris и ДНК Anaplasma phagocytophilum «АмплиСенс TBEV, B. burgdorferi sl, A. phagocytophilum, E. chaffeensis/E. muris-FL»; ДНК Coxiella burnetii «АмплиСенс Coxiella burnetii-FL», ДНК риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки Rickettsia spp. «Набор реагентов АмплиСенс Rickettsia spp. SFG-FL» (ФБУН «ЦНИИЭ», Россия), а также ДНК Francisella tularensis «Ген Francisella tularensis-РГФ» (ФКУЗ «РосНИПЧИ «Микроб», Россия). Для последующих исследований были выбраны пробы, в которых присутствие вышеупомянутых патогенов не было обнаружено.

 

Рис. 2. Территории префектуры Киндиа (Гвинейская Республика), где были собраны пробы для исследований. Места сбора клещей обозначены звездочками.

Fig. 2. Territories of Kindia Prefecture (Republic of Guinea) where samples were collected for research. Tick collection sites are marked with asterisks.

 

Всего для исследования было собрано, сформировано и проанализировано 324 индивидуальные пробы клещей, относящихся к видам Am. variegatum, Rh. geigyi, Rh. annulatus, Rh. decoloratus и Rh. senegalensis. Эктопаразитов дважды отмывали 70% этанолом для удаления внешних загрязнений и наружной микрофлоры, после чего хранили при температуре –20 °C до проведения дальнейших исследований. Видовую принадлежность клещей устанавливали по морфологическим характеристикам согласно определителю [21] с использованием бинокуляра с увеличением ×56 с последующей таксономической верификацией нуклеотидной последовательности фрагмента гена рибосомальной РНК.

Обработку исследуемых проб проводили с помощью лабораторного гомогенизатора TissueLyser II (QIAGEN, Германия) в 500 мкл стерильного фосфатно-солевого буфера. Вирусную РНК выделяли из 100 мкл клещевой суспензии методом фенол-хлороформной экстракции с использованием реагента ExtractRNA™ Reagent («Евроген», Россия). кДНК получали в реакции обратной транскрипции с помощью коммерческого набора «РЕВЕРТА-L» («АмплиСенс», Россия) согласно инструкциям производителей.

Скрининг исследуемых образцов на наличие генетического материала KITV осуществляли методом ПЦР с парой праймеров KITV1_bF/KITV1_bR, комплементарных сегменту 1 (NS5-подобный ген, сегмент 1) (табл. 1). Для положительных образцов были получены ампликоны, частично перекрывающие все 4 сегмента генома KITV. Реакцию амплификации ставили в 25 мкл реакционной смеси, содержащей 12,5 мкл двукратной ПЦР-смеси («БиоЛабМикс», Россия), 0,2 мкМ каждого из праймеров и 1,5 мкл кДНК. Праймеры, используемые в данной работе, и ожидаемая длина ампликонов представлены в табл. 1. ОТ-ПЦР проводили в амплификаторе T100 (Bio-Rad, США) согласно следующей программе амплификации: активация полимеразы при температуре 95 °C – 5 мин; далее 38 последовательных циклов: денатурация при 95 °C – 15 с, отжиг праймеров при 57 °C – 20 с, элонгация при 72 °C – 45 с, финальная элонгация при 72 °C – 5 мин. Продукты реакции учитывали методом электрофореза в 2% агарозном геле, содержащем бромистый этидий в концентрации 2 мкг/мл.

 

Таблица 1. Последовательности олигонуклеотидных праймеров, используемых в работе

Table 1. Oligonucleotide primer used in the work

Ген-мишень

Target gene

Праймер

Primer

Структура праймера

Primer sequence

Температура отжига, °C

T annealing, °C

Длина ампликона, п.н.

Amplicon length, bp

Internal transcribed spacer 2

Boophits 2F

GCCGTCGACTCGTTTTGA

57

825

Boophits 2R

TCCGAACAGTTGCGTGATAAA

Сегмент 1

KITV

Segment 1

KITV1_aF

TGAAGAACGTCAAGCCCTGG

58

602

KITV1_aR

GCTGACCCACGAACCTGTTT

KITV1_bF

AAAGAAGGGCTCTGAGGGC

58

607

KITV1_bR

CTTATACAGGCCCTGTCCCG

KITV1_cF

GAAGTGCGGATGGAGCGTAG

58

619

KITV1_cR

ACCTGTGGGAGCAGAAGGAT

Сегмент 2

KITV

Segment 2

KITV2_aF

AACTTTGGGAGTGACCAGGG

58

617

KITV2_aR

GATAAGGCCGTCAGAGCGAG

KITV2_bF

CAGGGACGAGACATTGCCAA

58

555

KITV2_bR

CCGTGGAGTAGTGGACCGTA

Сегмент 3

KITV

Segment 3

KITV3_aF

AATTGGAGAGGCAGAGGGGA

58

609

KITV3_aR

GACCTTGTTGGACCAGGTCA

KITV3_bF

GGCAACTCATGACCTGGTCC

58

558

KITV3_bR

AGGACCACTGTGGCGTAGT

Сегмент 4

KITV

Segment 4

KITV4_aF

CCCTACCAGGCCTGATACGA

58

615

KITV4_aR

TAGTAGCGGGCCAGGTTGTA

KITV4_bF

GCGGAGAGAGAGAAAACGCA

58

617

KITV4_bR

ACAGGTTCACGAACACAGCC

 

Нуклеотидные последовательности полученных ПЦР-фрагментов определяли с помощью набора реактивов ABI PRISM® BigDye™ Terminator v3.1 (ThermoFisher Scientific, США) с последующим анализом на секвенаторе ABI PRISM 3130 (Applied Biosystems, США). Полученные хроматограммы изучали с помощью программы SeqMan (DNAstar, США).

Филогенетический анализ проводили с помощью пакета программ MEGA Х методом максимального правдоподобия с использованием трёхпараметрической модели эволюции Тамуры Т92 [22]. Показатель статистической надёжности узлов филогенетического дерева рассчитывался с помощью бутстреп-анализа для 1000 случайных реплик.

Частичные нуклеотидные последовательности сегментов изолятов KITV, выявленных в данной работе, были депонированы в международную базу данных GenBank под номерами OK345271– OK345279 – для сегмента 1, OK345280–OK345288 – для сегмента 2, OK345289–OK345297 – для сегмента 3, OK345298–OK345306 – для сегмента 4.

Авторы подтверждают соблюдение институциональных и национальных стандартов по использованию лабораторных животных в соответствии с CONSENSUS AUTHOR GUIDELINES FOR ANIMAL USE (IAVES 23 JULY 2010).

Результаты и обсуждение

В настоящем исследовании РНК KITV была обнаружена в 9 пробах. В последующем для всех изолятов определены частичные нуклеотидные последовательности каждого из сегментов: 1-й – 1609 пар нуклеотидов (п.н.), 2-й – 980 п.н., 3-й – 1114 п.н. и 4-й – 1116 п.н. Также в работе показано, что различия нуклеотидных и аминокислотных последовательностей KITV, по сравнению с другими представителями сегментированных флавиподобных вирусов, составили: для сегмента 1 – от 7 до 28% и от 3,1 до 21,8%; для сегмента 2 – от 7,7 до 20,6% и от 3,4 до 20,3%; для сегмента 3 – от 2,3 до 29,3% и от 1,3 до 20,8% и для сегмента 4 – от 0,4 до 22% и от 0,2 до 15% соответственно (табл. 2).

 

Таблица 2. Выявление РНК KITV среди разных видов иксодовых клещей методом ОТ-ПЦР

Table 2. Detection of KITV RNA among different species of ticks by RT-PCR

Вид клеща

Species of ticks

Количество экземпляров (из них положительных)

Number of samples (of which positive)

Встречаемость KITV

Prevalence of KITV

Am. variegatum

197 (0)

0% (95% CI 0–1,9)

Rh. geigyi

49 (6)

12,2% (95% CI 5,7–24,2)

Rh. annulatus

45 (2)

4,4% (95% CI 1,2–14,8)

Rh. decoloratus

30 (1)

3,3% (95% CI 0,7–16,1)

Rh. senegalensis

3 (0)

0% (95% CI 0–46,2)

Всего

Total

324 (9)

2,8% (95% CI 1,5–5,1)

 

Уровень гомологии нуклеотидных последовательностей, выделенных в 2021 г. для сегмента 1, составил 98,5–100%; для сегмента 2 – 99,6–100%; для сегментов 3 и 4 – 99,5–100%. При сравнении с изолятом KITV/2017/1, полученным в 2017 г., этот показатель был 98,7–99,2%, по сравнению с другими многокомпонентными флавиподобными вирусами колебался от 72 до 90% для фрагмента 1; от 60 до 90% – для фрагмента 2; от 73 до 90% – для фрагмента 3 и от 61 до 90% – для фрагмента 4.

На рис. 3 показано, что все последовательности, выделенные в 2021 г., кластеризуются в одну группу вместе с изолятом KITV/2017/1 [18]. Обращает на себя внимание тот факт, что филогенетические деревья выявленных изолятов KITV и других многокомпонентных вирусов, построенные по каждому из сегментов, имеют практически одинаковую топологию. В 2021 г. KITV был обнаружен в трёх видах иксодовых клещей, но последовательности были весьма консервативны, и существенных отличий, связанных с таксономической разницей эктопаразитов, выявлено не было.

 

Рис. 3. Филогенетический анализ изолятов KITV из индивидуальных иксодовых клещей для всех четырёх сегментов генома.

Fig. 3. Phylogenetic analysis of KITV isolates from individual ixodid ticks for all four genome segments.

 

Рядом авторов показано, что многокомпонентные флавиподобные вирусы подразделяются как минимум на три субклады [23]. Вирус KITV и его выявленные в ходе исследования изоляты при проведении анализа по каждому из четырёх сегментов генома однозначно кластеризуются в субкладу А, куда также относятся MGTV (Бразилия), JMTV (Китай, Азия) и вариант JMTV/primate/Uganda (Африка). Субклада В включает изоляты JMTV с Антильских островов и варианты JMTV/human/Kosovo (MH133313–MH133316), выделенные от больных КГЛ. Субклада С объединяет изоляты JMTV из Франции (MN095527–MN095530) и вирус Alongshan, обнаруженный у домашних животных и человека в Китае и позднее выявленный в Европе и России.

Можно предположить, что для вирусов с многокомпонентным геномом характерны события перегруппировки/рекомбинации, которые могут вносить вклад в их генетическую изменчивость. Однако имеющиеся данные говорят о том, что геном JMTV чрезвычайно стабилен среди позвоночных и беспозвоночных, что позволяет предположить, что вирус уже хорошо адаптирован к обоим хозяевам. Нуклеотидные последовательности различных сегментов представителей этой группы показывают высокую степень гомологии среди географически удалённых вирусов, циркулирующих в Европе, Азии, Африке и Южной Америке. Геномный анализ не позволяет определить очевидные мутации, которые могли бы отразить адаптацию вируса к позвоночному или беспозвоночному хозяину. Возможно, такую консервативность геномов можно связать с распространением одного и того же вируса в различных ареалах. Для более полного понимания такого широкого распространения вируса необходимо исследовать роль перелётных птиц, грызунов и, возможно, летучих мышей.

Заключение

В настоящем исследовании показано, что Kindia tick virus является первым сегментированным флавиподобным вирусом, обнаруженным на территории Западной Африки. Генетический материал KITV получен при исследовании иксодовых клещей видов Rh. geigyi, Rh. annulatus и Rh. decoloratus, собранных с домашнего скота, уровень инфицированности составил 3,3–12,2%. Филогенетический анализ четырёх фрагментов KITV показал высокий уровень их гомологии (98,5–100%) с ранее обнаруженными изолятами, выделенными в Гвинейской Республике в 2017 г., и позволил кластеризовать их в субкладу А JMTV-подобных вирусов.

Таким образом, полученные результаты позволяют сделать вывод о необходимости проведения дальнейших исследований по изучению циркуляции KITV на территории Западной Африки, выявлению видов носителей/переносчиков и определению степени патогенности для человека и животных.

Участие авторов: Карташов М.Ю. – концепция и дизайн исследования, проведение лабораторных исследований, статистическая обработка данных, написание текста статьи; Гладышева А.В. – сбор и обработка материала, написание текста статьи; Найденова Е.В. – сбор и обработка материала, написание и редактирование текста статьи; Захаров К.С. – проведение лабораторных исследований, подготовка иллюстраций; Швалов А.Н. – сбор и обработка материала, статистическая обработка данных; Кривошеина Е.И. – проведение лабораторных исследований; Сеничкина А.М. – проведение лабораторных исследований; Ба М.Б. – сбор и доставка проб биологического материала; Терновой В.А. – руководство исследованиями; Бумбали С. – руководство сбором и доставкой материала; Локтев В.Б. – общее руководство.

Финансирование. Исследования проводились в рамках Распоряжения Правительства Российской Федерации от 14.11.2020 № 2985-р о российско-гвинейском научно-техническом сотрудничестве в области эпидемиологии, профилактики и мониторинга бактериальных и вирусных инфекций в Гвинейской Республике.

Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Этическое утверждение. Авторы подтверждают соблюдение институциональных и национальных стандартов по использованию лабораторных животных в соответствии с CONSENSUS AUTHOR GUIDELINES FOR ANIMAL USE (IAVES 23 JULY 2010).

×

Об авторах

Михаил Юрьевич Карташов

ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: mikkartash@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7857-6822

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник отдела флавивирусных инфекций

Россия, 630559, Новосибирская область, п.г.т. Кольцово

Анастасия Викторовна Гладышева

ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: mikkartash@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7396-3954

младший научный сотрудник ФБУН отдела флавивирусных инфекций

Россия, 630559, Новосибирская область, п.г.т. Кольцово

Екатерина Владимировна Найденова

ФКУН «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: katim2003@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6474-3696

кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник отдела диагностики инфекционных болезней

Россия, 410005, Саратов

Кирилл Сергеевич Захаров

ФКУН «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: mikkartash@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-4726-309X

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник отдела эпидемиологии

Россия, 410005, Саратов

Александр Николаевич Швалов

ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: mikkartash@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-6890-1575

кандидат физико-математических наук, старший научный сотрудник

Россия, 630559, Новосибирская область, п.г.т. Кольцово

Екатерина Ильинична Кривошеина

ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: katr962@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-5181-0415

младший научный сотрудник отдела флавивирусных инфекций

Россия, 630559, Новосибирская область, п.г.т. Кольцово

Айслу Мухамятовна Сеничкина

ФКУН «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: mikkartash@yandex.ru

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник отдела диагностики инфекционных болезней

Россия, 410005, Саратов

Мамаду Б. Ба

Исследовательский институт прикладной биологии Гвинеи

Email: mikkartash@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-4565-269X

аспирант

Гвинея, Киндиа

Владимир Александрович Терновой

ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Email: tern@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0003-1275-171X

кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник отдела флавивирусных инфекций

Россия, 630559, Новосибирская область, п.г.т. Кольцово

Санаба Бумбали

Исследовательский институт прикладной биологии Гвинеи

Email: drboumbaly@yahoo.fr
ORCID iD: 0000-0002-4506-6033

кандидат биологических наук, заместитель директора

Гвинея, Киндиа

Валерий Борисович Локтев

ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)

Автор, ответственный за переписку.
Email: loktev@vector.nsc.ru
ORCID iD: 0000-0002-0229-321X

доктор биологических наук, заведующий отделом флавивирусных инфекций

Россия, 630559, Новосибирская область, п.г.т. Кольцово

Список литературы

  1. Karesh W.B., Dobson A., Lloyd-Smith J.O., Lubroth J., Dixon M.A., Bennett M., et al. Ecology of zoonoses: natural and unnatural histories. Lancet. 2012; 380(9857): 1936–45. https://doi.org/10.1016/s0140-6736(12)61678-x
  2. Gaunt M.W., Sall A.A., Lamballerie X., Falconar A.K.I., Dzhivanian T.I., Gould E.A. Phylogenetic relationships of flaviviruses correlate with their epidemiology, disease association and biogeography. J. Gen. Virol. 2001; 82(Pt. 8): 1867–76. https://doi.org/10.1099/0022-1317-82-8-1867
  3. Kitchen A., Shackelton L.A., Holmes E.C. Family level phylogenies reveal modes of macroevolution in RNA viruses. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2011; 108(1): 238–43. https://doi.org/10.1073/pnas.1011090108
  4. Blitvich B.J., Firth A.E. Insect-specific flaviviruses: a systematic review of their discovery, host range, mode of transmission, superinfection exclusion potential and genomic organization. Viruses. 2015; 7(4): 1927–59. https://doi.org/10.3390/v7041927
  5. Qin X.C., Shi M., Tian J.H., Lin X.D., Gao D.Y., He J.R., et al. A tick-borne segmented RNA virus contains genome segments derived from unsegmented viral ancestors. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2014; 111(18): 6744–9. https://doi.org/10.1073/pnas.1324194111
  6. Ladner J.T., Wiley M.R., Beitzel B., Auguste A.J., Dupuis A.P. 2nd, Lindquist M.E., et al. A multicomponent animal virus isolated from mosquitoes. Cell Host Microbe. 2016; 20(3): 357–67. https://doi.org/10.1016/j.chom.2016.07.011
  7. Emmerich P., Jakupi X., von Possel R., Berisha L., Halili B., Günther S., et al. Viral metagenomics, genetic and evolutionary characteristics of Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus in humans, Kosovo. Infect. Genet. Evol. 2018; 65: 6–11. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2018.07.010
  8. Yu Z.M., Chen J.T., Qin J., Guo J.J., Li K., Xu Q.Y., et al. Identification and characterization of Jingmen tick virus in rodents from Xinjiang, China. Infect. Genet. Evol. 2020; 84: 104411. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104411
  9. Jia N., Liu H.B., Ni X.B., Bell-Sakyi L., Zheng Y.C., Song J.L., et al. Emergence of human infection with Jingmen tick virus in China: A retrospective study. EBioMedicine. 2019; 43: 317–24. https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2019.04.004
  10. Wang Z.D., Wang B., Wei F., Han S.Z., Zhang L., Yang Z.T., et al. A New Segmented Virus Associated with Human Febrile Illness in China. N. Engl. J. Med. 2019; 380(22): 2116–25. https://doi.org/10.1056/nejmoa1805068
  11. Maruyama S.R., Castro-Jorge L.A., Ribeiro J.M., Gardinassi L.G., Garcia G.R., Brandão L.G., et al. Characterisation of divergent flavivirus NS3 and NS5 protein sequences detected in Rhipicephalus microplus ticks from Brazil. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. 2014; 109(1): 38–50. https://doi.org/10.1590/0074-0276130166
  12. Kuivanen S., Levanov L., Kareinen L., Sironen T., Jääskeläinen A.J., Plyusnin I., et al. Detection of novel tick-borne pathogen, Alongshan virus, in Ixodes Ricinus ticks, south-eastern Finland, 2019. Euro Surveill. 2019; 24(27): 1900394. https://doi.org/10.2807/1560-7917.es.2019.24.27.1900394
  13. Kholodilov I.S., Litov A.G., Klimentov A.S., Belova O.A., Polienko A.E., Nikitin N.A., et al. Isolation and characterisation of Alongshan virus in Russia. Viruses. 2020; 12(4): 362. https://doi.org/10.3390/v12040362
  14. Dinçer E., Hacıoğlu S., Kar S., Emanet N., Brinkmann A., Nitsche A., et al. Survey and characterization of Jingmen tick virus variants. Viruses. 2019; 11(11): 1071. https://doi.org/10.3390/v11111071
  15. Терновой В.А., Гладышева А.В., Семенцова А.О., Зайковская А.В., Волынкина А.С., Котенев Е.С. и др. Обнаружение РНК нового многокомпонентного вируса у больных Крымской-Конго геморрагической лихорадкой на юге России. Вестник Российской академии медицинских наук. 2020; (2): 116–21. https://doi.org/10.15690/vramn1192
  16. Gao X., Zhu K., Wojdyla J.A., Chen P., Qin B., Li Z., et al. Crystal structure of the NS3-like helicase from Alongshan virus. IUCrJ. 2020; 7(Pt 3): 375–82. https://doi.org/10.1107/s2052252520003632
  17. Wang Z.D., Wang W., Wang N.N., Qiu K., Zhang X., Tana G., et al. Prevalence of the emerging novel Alongshan virus infection in sheep and cattle in Inner Mongolia, northeastern China. Parasit. Vectors. 2019; 12(1): 450. https://doi.org/10.1186/s13071-019-3707-1
  18. Henderson B.E., Tukei P.M., McCrae A.W., Ssenkubuge Y., Mugo W.N. Virus isolations from Ixodid ticks in Uganda. II. Kadam virus – a new member of arbovirus group B isolated from Rhipicephalus pravus Dontiz. East Afr. Med. J. 1970; 47(5): 273–6.
  19. Ternovoi V.A., Protopopova E.V., Shvalov A.N., Kartashov M.Yu., Bayandin R.B., Tregubchak T.V., et al. Complete coding genome sequence for a novel multicomponent Kindia tick virus detected from ticks collected in Guinea. bioRxiv. 2020. Preprint. https://doi.org/10.1101/2020.04.11.036723
  20. Найденова Е.В., Лопатин А.А., Сафронов В.А., Коломоец Е.В., Левковский А.Е., Силла А.Л. и др. Обеспечение биологической безопасности при проведении противоэпидемических мероприятий в период ликвидации эпидемии лихорадки Эбола в Гвинейской Республике. Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. 2018; 7(3): 102–8. https://doi.org/10.24411/2305-3496-2018-13015
  21. Walker A.R., Bouattour A., Camicas J.L., Agustin Estrada-Peña A., Horak I., Latif A.A., et al. Ticks of Domestic Animals in Africa: A Guide to Identification of Species. Edinburgh: Bioscience Reports; 2003.
  22. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 2018; 35(6): 1547–9. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
  23. Temmam S., Bigot T., Chrétien D., Gondard M., Pérot P., Pommelet V., et al. Insights into the host range, genetic diversity, and geographical distribution of Jingmenviruses. mSphere. 2019; 4(6): e00645-19. https://doi.org/10.1128/msphere.00645-19

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. 1. Схема строения генома многокомпонентных флавиподобных вирусов на примере KITV.

Скачать (118KB)
3. Рис. 2. Территории префектуры Киндиа (Гвинейская Республика), где были собраны пробы для исследований. Места сбора клещей обозначены звездочками.

Скачать (341KB)
4. Рис. 3. Филогенетический анализ изолятов KITV из индивидуальных иксодовых клещей для всех четырёх сегментов генома.

Скачать (205KB)

© Карташов М.Ю., Гладышева А.В., Найденова Е.В., Захаров К.С., Швалов А.Н., Кривошеина Е.И., Сеничкина А.М., Ба М.Б., Терновой В.А., Бумбали С., Локтев В.Б., 2022

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах