Стратегия использования синонимичных кодонов в кодирующих последовательностях вируса клещевого энцефалита

Обложка
  • Авторы: Тюлько Ж.С.1, Якименко В.В.2
  • Учреждения:
    1. ГБОУ ВПО «Омский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации
    2. Лаборатория арбовирусных инфекций отдела природно-очаговых вирусных инфекций ФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора
  • Выпуск: Том 60, № 6 (2015)
  • Страницы: 32-37
  • Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
  • Дата подачи: 12.07.2020
  • Дата принятия к публикации: 12.07.2020
  • Дата публикации: 28.12.2015
  • URL: https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/377
  • ID: 377

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ) представлен тремя основными генотипами, имеющими широкое географическое распространение, и несколькими генотипами с локальным распространением. В представленной работе анализируются закономерности использования кодонов основными генотипами ВКЭ, т.е. изучается стратегия кодирования белков. С этой целью для полноразмерных кодирующих последовательностей ВКЭ определяли показатели относительного использования синонимичных кодонов, которые в дальнейшем изучали методами дискриминантного анализа. В результате был сделан вывод об имеющихся различиях в стратегиях кодирования различных генотипов ВКЭ.

Об авторах

Ж. С. Тюлько

ГБОУ ВПО «Омский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации

Автор, ответственный за переписку.
Email: tjs@omsk-osma.ru

Тюлько Жанна Сергеевна, канд. биол. наук, доцент каф. физики, математики, медицинской информатики

644043, г. Омск

Россия

В. В. Якименко

Лаборатория арбовирусных инфекций отдела природно-очаговых вирусных инфекций ФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора

Email: fake@neicon.ru
644080, г. Омск Россия

Список литературы

  1. Вотяков В.И., Злобин В.И., Мишаева Н.П. Клещевые энцефалиты Евразии. Новосибирск: Наука; 2002.
  2. Козлова И.В., Верхозина М.М., Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Ткачев С.Е., Карань Л.С. и др. Комплексная характеристика оригинальной группы штаммов вируса клещевого энцефалита, изолированных с территории Восточной Сибири. Сибирский медицинский журнал (Иркутск). 2012; 111 (4): 80–5.
  3. Карганова Г.Г. Хозяин-специфические детерминанты в геноме вируса клещевого энцефалита. В кн.: Фундаментальные и прикладные аспекты изучения паразитических членистоногих в XXI в: материалы международной конференции. СПб.; 2013: 71–3.
  4. Леонова Г.Н. Клещевой энцефалит в Приморском крае. Владивосток: Дальнаука; 1997.
  5. Погодина В.В., Карань Л.С., Колясникова Н.М., Левина Л.С., Герасимов С.Г., Маленко Г.В. и др. Сибирский подтип вируса клещевого энцефалита, доминирующий на территории России. Распространение и патогенность. Медицинская вирусология. 2013; 27 (1): 36.
  6. Лукашев В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ. М.: БИНОМ; 2009.
  7. Wong E.Н.М., Smith D.K., Rabadan R., Peiris M., Poon L.L.M. Codon usage bias and the evolution of influenza A viruses. Codon Usage Biases of Influenza Virus. BMC Evol. Biol. 2010; 10: 253. Available at: http://www.biomedcentral.com/1471-2148/10/253.
  8. Belalov I.S., Lukashev A.N. Causes and Implications of Codon Usage Bias in RNA Viruses. PLoS One. 2013; 8 (2). Available at: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0056642.
  9. Qian W., Yang J.R., Pearson N.M., Maclean C., Zhang J. Balanced Codon Usage Optimizes Eukaryotic Translational Efficiency. PLoS Genet. 2012; 8 (3). Available at: http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.1002603.
  10. Schubert A.M., Putonti C. Evolution of the sequence composition of Flaviviruses. Infect. Genet. Evol. 2010; 10 (1): 129–36.
  11. Perriere G., Thioulouse J. Use and misuse of correspondence analysis in codon usage studies. Nucleic Acids Research. 2002; 30 (20): 4548–55.
  12. Shah P., Gilchrist M.A. Explaining complex codon usage patterns with selection for translational efficiency, mutation bias, and genetic drift. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 2011; 108 (25): 10 231–6.
  13. Su M.W., Lin H.M., Yuan H.S., Chu W.C. Categorizing host-dependent RNA viruses by principal component analysis of their codon usage preferences. J. Comput. Biol. 2009; 16 (11): 1539–47.
  14. Plotkin J.B., Robins H., Levine A.J. Tissue-specific codon usage and the expression of human genes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004; 101: 12 588–91.
  15. Tello M., Saavedra J.M., Spencer E. Analysis of the use of codon pairs in the HE gene of the ISA virus shows a correlation between bias in HPR codon-pair use and mortality rates caused by the virus. Virol. J. 2013; 10. Available at: http://www.virologyj.com/content/10/1/180.
  16. Frias D., Monteiro-Cunha J.P., Mota-Miranda A.C., Fonseca V.S., Oliveira T., Galvao-Castro B. et al. Human Retrovirus codon Usage from tRnA point of View: Therapeutic Insights. Bioinform. Biol. Insights. 2013; 7: 335–45.
  17. Grantham R., Gautier C., Gouy M., Mercier R., Pave A. Codon catalog usage and the genome hypothesis. Nucleic Acids Res. 1980; 8 (1): 49–62.
  18. Cardinale D.J., DeRosa K., Duffy S. Base composition and translational selection are insufficient to explain codon usage bias in plant viruses. Viruses. 2013; 5 (1): 162–81.
  19. Sharp P.M., Tuohy T.M., Mosurski K.R. Codon usage in yeast: cluster analysis clearly differentiates highly and lowly expressed genes. Nucleic Acids Res. 1986; 14 (13): 5125–43.
  20. Бутвиловский А.В., Бутвиловский В.Э., Черноус Е.А. Изучение стратегии кодирования белков. Медицинский журнал. 2009; 2 (28): 29–33.
  21. Халафян А.А. Учебник STATISTIСA 6. Статистический анализ данных. М.: Бином; 2007.
  22. Орлов А.И. Прикладная статистика: учебник. М.: Экзамен; 2006.
  23. Демина Т.В. Вопросы генотипирования и анализ генетической вариабельности вируса клещевого энцефалита: Дисс. … д-ра биол. наук. Иркутск; 2012.
  24. Стародуб З.Ф., Рачков А.Э. Избирательность трансляции матричных рнк эукариот. Биополимеры и клетка. 1986; 2 (4): 167–78.
  25. Dittmar K.A., Goodenbour J.M., Pan T. Tissue-Specific Differences in Human Transfer RNA Expression. PLoS Genetics. 2006; 2 (12). Available at: http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.0020221.
  26. Nougairede A., Fabritus L., Aubry F., Gould E.A., Holmes E.C., Lamballerie X. Random codon re-encoding induces stable reduction of replicative fitness of Chikungunya virus in primate and mosquito cells. PLOS Pathog. 2013; 9 (2). Available at: http://www.plospathogens.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.ppat.1003172
  27. Тюлько Ж.С., Якименко В.В. Вариабельность нуклеотидных последовательностей геномов вируса клещевого энцефалита, связанная с их структурой. Сибирский медицинский журнал (Иркутск). 2012; 111 (4): 27–30.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Тюлько Ж.С., Якименко В.В., 2015

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах