Генотипирование вирусов варицелла-зостер, выделенных на территории Монголии


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Проведено генотипирование 50 образцов ВЗВ, выделенных от больных с ВЗВ-инфекцией, проходивших лечение в Центре инфекционных заболеваний (Улан-Батор, Монголия). Использовали метод, основанный на амплификации специфических фрагментов ДНК генов ORF21, ORF22 и ORF50 с последующим секвенированием и определением в этих фрагментах статуса характеристических точечных мутаций. Результаты показали, что собранные образцы принадлежали к генотипам J (62%), Ml (18%), E1(12%), Е2 (4%) и М2 (4%). Кроме этого, проведен анализ полиморфных участков генов ORF62, затрагивающих сайты рестрикции SmaI и MspI, а также ORF38 и ORF54, затрагивающих сайты рестрикции PstI и Bgl соответственно. Все образцы имели генотип Sma- Msp-. Все образцы с генотипом Е были Pst+ Bgl-, все образцы с генотипами M1 и М2 - Pst+ Bgl+. Из 31 образца с генотипом J 29 имели маркеры Pst+ Bgl+, а 2 были Pst- Bgl+. Генотипирование позволило определить спектр генотипов ВЗВ, циркулирующих на территории Монголии, а также документировать отсутствие у них мутаций, характерных для вакцинного штамма.

Список литературы

  1. Arvin A. M. Varicella-zoster virus: overview and clinical manifestations // Semin. Dermatol. 1996. - Vol. 15, N 2. - Suppl. - P. 4-7.
  2. LaRussa P. et al. Viral strain identification in varicella vaccinees with disseminated rashes // Pediatr. Infect. Dis. J. - 2000. - Vol. 19, N 11. - P. 1037-1039.
  3. LaRussa P. S., Gershon A. A. Biologic and geographic differences between vaccine and clinical varicella-zoster virus isolates // Arch. Virol. - 2001. - Vol. 17. - Suppl. - P. 41-48.
  4. Liu J. et al. Genotyping of clinical varicella-zoster virus isolates collected in China // J. Clin. Microbiol. - 2009. - Vol. 47, N 5. - P. 1418-1423.
  5. Loparev V. N. et al. Improved identification and differentiation of varicella-zoster virus (VZV) wild-type strains and an attenuated varicella vaccine strain using a VZV open reading frame 62-based PCR // J. Clin. Microbiol. - 2000. - Vol. 38, N 9. - P. 3156-3160.
  6. Loparev V. N. et al. Global identification of three major genotypes of varicella-zoster virus: longitudinal clustering and strategies for genotyping // J. Virol. 2004. - Vol. 78, N 15. - P. 8349-8358.
  7. Loparev. V. N. et al. Identification of five major and two minor genotypes of varicella-zoster virus strains: a practical two-amplicon approach used to genotype clinical isolates in Australia and New Zealand // J. Virol. - 2007. - Vol. 81, N 23. - P. 12758-12765.
  8. Loparev V. N. et al. Distribution of varicella-zoster virus (VZV) wild-type genotypes in northern and southern Europe: evidence for high conservation of circulating genotypes // Virology. - 2009. - Vol. 383, N 2. - P. 216-225.
  9. Norberg P. et al. Complete-genome phylogenetic approach to varicella-zoster virus evolution: genetic divergence and evidence for recombination // J. Virol. - 2006. - Vol. 80, N 19. - P. 9569-9576.
  10. Peters G. A. et al. A full-genome phylogenetic analysis of varicella-zoster virus reveals a novel origin of replication-based genotyping scheme and evidence of recombination between major circulating clades // J. Virol. - 2006. - Vol. 80, N 19. - P. 9850-9860.
  11. Sergeev N. et al. New mosaic subgenotype of varicella-zoster virus in the USA: VZV detection and genotyping by oligonucleotide-microarray // J. Virol. Meth. - 2006. - Vol. 136, N 1- 2. - Р. 8-16.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Энхсайхан Д., Лопарев В.Н., Bostik V., Туул Р., Дармаа Б., Демкин В.В., Нямдаваа П., Enkhsaikhan D., Loparev V.N., Bostik V., Tuul R., Darmaa B., Demkin V.V., Nyamdawaa P., 2010

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.