Изучение кодирующих последовательностей вариабельных районов генома вируса натуральной оспы


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Выполнен поиск потенциальных ОРТ в концевых вариабельных протяженных районах генома ВНО. Проведен детальный структурно-функциональный анализ этих рамок и их сравнение как между собой, так и с гомологичными ОРТ различных ортопоксвирусов. Выявлены наиболее консервативные и гетерогенные среди изученных ОРТ 70 штаммов ВНО. У штаммов Helder и Mary Российской коллекции впервые открыта уникальная для ВНО ОРТ длиной 111 а. к. Кроме того, только у штамма Helder ОРТ D14L распадается на две отдельные рамки трансляции. Обнаружен ряд неточностей в современных базах данных для ОРТ ВНО. Установлено, что доминирующим типом селекции для анализируемых ОРТ является стабилизирующий отбор. Определено, что ОРТ C3L ВНО находится под адаптивной селекцией в отличие от ортологов, представленных в геноме других поксвирусов. Данный факт свидетельствует о важной роли этого гена при адаптации ВНО к человеку.

Список литературы

  1. Бабкин И. В., Непомнящих Т. С., Максютов Р. А. и др. Сравнительный анализ концевых вариабельных районов генома вируса натуральной оспы // Молекул. биол. -2008. - Т. 42. - С. 612-624.
  2. Бабкин И. В., Щелкунов С. Н. Молекулярная эволюция поксвирусов // Генетика. - 2008. - Т. 44, № 8. - С. 1029- 1044.
  3. Бабкина И. Н., Бабкин И. В., Ли Ю. и др. Филогенетическое сравнение геномов различных штаммов вируса натуральной оспы // Докл. РАН. - 2004. - Т. 398. - С. 316- 319.
  4. Львов Д. К., Зверев В. В., Гинцбург А. Л. и др. Натуральная оспа - дремлющий вулкан // Вопр. вирусол. - 2008. - № 4. - С. 4-8.
  5. Fischer S. F., Ludwig H., Rolzapfel J. et al. Modified vaccinia virus Ankara protein F1L is a novel BH3-domain-binding protein and acts together with the early viral protein E3L to block virus-associated apoptosis // Cell Death Differ. - 2006. - Vol. 13. - P. 109-118.
  6. Garcia M. A., Meurs E. F., Esteban M. The dsRNA protein kinase PKR: Virus and cell control // Biochimie. - 2007. - Vol. 89. - P. 799-811.
  7. Goebel S. J., Johnson G. P., Perkus M. E. et al. The complete DNA sequence of vaccinia virus // Virology. - 1990. - Vol. 179. - P. 247-266.
  8. Hall T. A. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT // Nucl. Acids. Symp. Ser. - 1999. - Vol. 41. - P. 95-98.
  9. Kawagishi-Kobayashi M., Silverman J. B., Ung T. L., Dever T. E. Regulation of the protein kinase PKR by the vaccinia virus pseudosubstrate inhibitor K3L is dependent on residues conserved between the K3L protein and the PKR substrate elF2alpha // Mol. Cell. Biol. - 1997. - Vol. 17. - P. 4146- 4158.
  10. Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment // Brief. Bioinform. - 2004. - Vol. 5. - P. 150-163.
  11. Langland J. O., Jacobs B. L. The role of the PKR-inhibitory genes, E3L and K3L, in determining vaccinia virus host range // Virology. - 2002. - Vol. 299. - P. 133-141.
  12. Li W. H., Graur D. Fundamentals of molecular evolution. - Sunderland, 1991.
  13. Postigo A., Cross J. R., Downward J., Way M. Interaction of FIL with the BR3 domain of Bak is responsible for inhibiting vaccinia-induced apoptosis // Cell Death Differ. - 2006. - Vol. 13. - P. 1651-1662.
  14. Shchelkunov S. N., Marennikova S. S., Moyer R. W. Orthopoxviruses pathogenic for humans. - Berlin et al., 2005.
  15. Stewart T. L., Wasilenko S. T., Barry M. Vaccinia virus FIL protein is a tail-anchored protein that functions at the mitochondria to inhibit apoptosis // J. Virol. -2005. - Vol. 79. - P. 1084- 1098.
  16. Thompson J. D., Gibson T. J., Plewniak F. et al. The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools // Nucl. Acids Res. - 1997. - Vol. 24. - P. 4876-4882.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Бабкин И.В., Бабкина И.Н., Babkin I.V., Babkina I.N., 2010

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах