Характеристика структуры области 5'-LTR ВИЧ-1 подтипа A, распространенного на территории России


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Проведен анализ нуклеотидных последовательностей области 5'-LTR провирусной ДНК 45 образцов варианта IDU-A подтипа A ВИЧ-1, выделенных в России от серопозитивных лиц. Показано, что структура 5'-LTR проявляет высокую консервативность в пределах подтипа A. Варианты вируса, несущие измененную структуру шпильки TAR, не получили дальнейшего распространения. Обнаружена характерная для российских образцов подтипа A вставка в 12 п. н. в области MFNLP, имеющая дополнительный сайт связывания для фактора RBF-2, способного влиять на репликативные способности вируса. Наиболее вариабельными участками оказались сайт Sp1 (II) и AP3-подобный сайт, связывающий NF-AT-фактор.

Ключевые слова

Список литературы

  1. Бобкова М. Р. Иммунитет и ВИЧ-инфекция (популярные лекции). - М., 2006.
  2. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование: Пер. с англ. - М., 1984.
  3. Суханова А. Л., Казеннова Е. В., Рудинский Н. И. Генетическая изменчивость области, кодирующей протеазу, у изолятов ВИЧ-1 подтипа А и рекомбинантов CRF03_AB на территории СНГ // Вопр. вирусол. - 2004. - № 6. - С. 4-9.
  4. Baba M., Okamoto M., Takeuchi H. Inhibition of human immunodeficiency virus type 1 replication in acutely and chronically infected cells by EM2487, a novel substance produced by a Streptomyces species // Antimicrob. Agents Chemother. - 1999. - Vol. 43, N 10. - P. 2350-2355.
  5. Bannwarth S., Gatignol A. HIV-1 TAR RNA: The target of molecular interaction between the virus and its host // Curr. HIV Res. - 2005. - Vol. 3. - P. 61-71.
  6. Barbeau B., Robichaud G. A., Fortin J.-F., Tremblay M. J. Negative regulation of the NFAT1 factor by CD45: implication in HIV-1 long terminal repeat activation // J. Immunol. - 2001. - Vol. 167. - P. 2700-2713.
  7. Bobkov A. F., Kazennova E. V., Selimova L. M. et al. Temporal trends in the HIV-1 epidemic in Russia: predominance of subtype A // J. Med. Virol. - 2004. - Vol. 74, N 2. - P. 191-196.
  8. Estable M. C., Bell B., Merzouki A. et al. Human immunodeficiency virus type 1ong terminal repeat variants from 42 patients representing all stages of infection display a wide range of sequence polymorphism and transcription activity // J. Virol. - 1996. - Vol. 70, N 6. - P. 4053-4062.
  9. Estable M. C. In search of a function for the most frequent naturallly-occurring length polymorphism (MFNLP) of the HIV-1 LTR: Retaining functional coupling, of Nef and RBF-2, at RBEIII? // Int. J. Biol. Sci. - 2007. - Vol. 3, N 5. - P. 318-327.
  10. Hamy F., Felder E. R., Heizmann G. et al. An inhibitor of the Tat/TAR RNA interaction that effectively suppresses HIV-1 replication // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1997. - Vol. 94. - P. 3548-3553.
  11. Jeeninga R. E., Hoogenkamp M., Armand-Ugon M. et al. Functional differences between the long terminal repeat transcriptional promoters of human immunodeficiency virus type 1 subtypes A through G // J. Virol. - 2000. - Vol. 74, N 8. - P. 3740-3751.
  12. Krebs F. C., Hogan T. H., Quiterio S. et al. Lentiviral LTR-directed expression, sequence variation, and disease pathogenesis // HIV Database Rev. - 2001. - Vol. 87545. - P. 29-70.
  13. Mancebo H. S. Y., Lee G., Flygare J. et al. P-TEFb kinase is required for HIV Tat transcriptional activation in vivo and in vitro // Genes Dev. - 1997. - Vol. 11, N 20. - P. 2633-2644.
  14. Manninen A., Huotari P., Hiipakka M. et al. Activation of NFAT-dependent gene expression by Nef: conservation among divergent Nef alleles, dependence on SH3 binding and membrane association, and cooperation with protein kinase C- // J. Virol. - 2001. - Vol. 75, N 6. - P. 3034-3037.
  15. Naghavi M. H., Schwartz S., Sцnnerborg A., Vahlne A. Long terminal repeat promoter/enhancer activity of different subtypes of HIV type 1 // AIDS Res. Hum. Retrovirus. - 1999. - Vol. 15, N 14. - P. 1293-1303.
  16. Naghavi M. H., Estable M. C., Schwartz S. et al. Upstream stimulating factor affects human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) long terminal repeat-directed transcription in a cell-specific manner, independently of the HIV-1 subtype and the core-negative regulatory element // J. Gen. Virol. - 2001. - Vol. 82. - P. 547-559.
  17. Pereira L. A., Bentley K., Peeters A. et al. A compilation of cellular transcription factor interactions with the HIV-1 LTR promoter // Nucl. Acids Res. - 2000. - Vol. 28, N 3. - P. 663-668.
  18. Ramirez de Arellano E., Soriano V., Holguhn A. Genetic analysis of regulatory, promoter, and TAR regions of LTR sequences belonging to HIV type 1 non-B subtypes // AIDS Res. Hum. Retrovirus. - 2005. - Vol. 21, N 11. - P. 949-954.
  19. Ramirez de Arellano E., Soriano V., Alcami J., Holguin A. New findings on transcription regulation across different HIV-1 subtypes // AIDS Rev. - 2006. - Vol. 8. - P. 9-16.
  20. Reynolds L., Ullman C., Moore M. et al. Repression of the4 HIV-1 5' LTR promoter and inhibition of HIV-1 replication by using engineered zinc-finger transcription factors // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2003. - Vol. 100, N 4. - P. 1615-1620.
  21. Richter S., Ping Y.-H., Rana T. M. TAR RNA loop: A scaffold for the assembly of a regulatory switch in HIV replication // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2002. - Vol. 99, N 12. - P. 7928-7933.
  22. Rodriguez M., Shen C., Ratner D. et al. Genetic and functional characterization of the LTR of HIV-1 subtypes A and C circulating in India // AIDS Res. Hum. Retrovirus. - 2007. - Vol. 23, N 11. - P. 1428-1433.
  23. Ross E. K., Buckler-White A. J., Rabson A. B. et al. Contribution of NF-kB and Sp1 binding motifs to the replicative capacity of human immunodeficiency virus type 1: distinct patterns of viral growth are determined by T-cell types // J. Virol. - 1991. - Vol. 65, N 8. - P. 4350-4358.
  24. Van Lint C., Ann Amella C., Emiliani S. et al. Transcription factor binding sites downstream of the human immunodeficiency virus type 1 transcription start site are important for virus infectivity // J. Virol. - 1997. - Vol. 71, N 8. - P. 6113-6127.
  25. Van Opijnen T., Jeeninga R. E., Boerlijst M. C. et al. Human immunodeficiency virus type 1 subtypes have a distinct long terminal repeat that determines the replication rate in a Host-Cell-Specific manner // J. Virol. - 2004. - Vol. 78, N 7. - P. 3675-3683.
  26. Van Opijnen T., Kamoschinski J., Jeeninga R. E., Berkhout B. The human immunodeficiency virus type 1 promoter contains a CATA box instead of a TATA Box for optimal transcription and replication // J. Virol. - 2004. - Vol. 78, N 13. - P. 6883-6890.
  27. Varin A., Manna S. K., Quivy V. et al. Exogenous Nef protein activates NF-kB, AP-1 and c-Jun N-terminal kinase and stimulates HIV transcription in promonocytic cells // J. Biol. Chem. - 2003. - Vol. 278, N 4. - P. 2219-2227.
  28. Verhoef K., Tijms M., Berkhout B. Optimal Tat-mediated activation of the HIV-1 LTR promoter requires a full-length TAR RNA hairpin // Nucl. Acids Res. - 1997. - Vol. 25, N 3. - P. 496-502.
  29. Verhoef K., Sanders R. W., Fontaine V. et al. Evolution of the human immunodeficiency virus type 1 long terminal repeat promoter by conversion of an NF-kB enhancer into a GABP binding site // J. Virol. - 1999. - Vol. 73, N 2. - P. 1331-1340.
  30. Zhang L., Huang Y., Yuan H. et al. Genotypic and phenotypic characterization of long terminal repeat sequences from long-term survivors of human immunodeficiency virus type 1 infection // J. Vrol. - 1997. - Vol. 71, N 7. - P. 5608-5613.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Лаповок И.А., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., Lapovok I.A., Kazennova E.V., Bobkova M.R., 2009

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах