Отправить статью по E-mail Разработка биологических микрочипов для выявления мутацийустойчивости ВИЧ-1 к ингибиторам протеазы и результаты ихприменения
- Выпуск: Том 49, № 6 (2004)
- Страницы: 10-16
- Раздел: Статьи
- URL: https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/11873
- ID: 11873
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Сконструирован оригинальный биочип для выявления 34 мутаций устойчивости ВИЧ-1 к ингибиторам протеазы.
Разработана технология, в основе которой лежит гибридизация флюоресцентно меченного амплифицированного
фрагмента гена pol провирусной ДНК ВИЧ-1 с набором специфических олигонуклеотидов,
иммобилизованных в трехмерных гелевых ячейках биологического микрочипа. С помощью биочипа
проанализировано 115 образцов провирусной ДНК ВИЧ-1 подтипа А, выделенных от нелеченых наркоманов
и их половых партнеров из 15 регионов стран бывшего СССР. Замена Вал/Иле в положении 77 протеазы
(V77I), известная как вторичная мутация устойчивости к нельфинавиру, обнаружена в 55 (47,8%) из 115 вариантов ВИЧ-1.
Первое ее появление обнаружено у пациента, зарегистрированного с диагнозом ВИЧ-инфекции в апреле 1997 г. в Твери,
где несущий ее вариант вызвал вспышку ВИЧ-инфекции. Показано, что к настоящему времени
вариант с заменой V77I доминирует в Москве, вызвал вспышки в Иркутске и Екатеринбурге,
а также распространился в отдельных районах Перми и Пермской области. В то же время ни в
одном из исследованных случаев ВИЧ-инфекции, диагностированных до 1998 г. на территории Молдавии,
Украины, Ростовской, Саратовской областей и Краснодарского края, вариант ВИЧ-1 с мутацией V77I не был
выявлен.
Разработана технология, в основе которой лежит гибридизация флюоресцентно меченного амплифицированного
фрагмента гена pol провирусной ДНК ВИЧ-1 с набором специфических олигонуклеотидов,
иммобилизованных в трехмерных гелевых ячейках биологического микрочипа. С помощью биочипа
проанализировано 115 образцов провирусной ДНК ВИЧ-1 подтипа А, выделенных от нелеченых наркоманов
и их половых партнеров из 15 регионов стран бывшего СССР. Замена Вал/Иле в положении 77 протеазы
(V77I), известная как вторичная мутация устойчивости к нельфинавиру, обнаружена в 55 (47,8%) из 115 вариантов ВИЧ-1.
Первое ее появление обнаружено у пациента, зарегистрированного с диагнозом ВИЧ-инфекции в апреле 1997 г. в Твери,
где несущий ее вариант вызвал вспышку ВИЧ-инфекции. Показано, что к настоящему времени
вариант с заменой V77I доминирует в Москве, вызвал вспышки в Иркутске и Екатеринбурге,
а также распространился в отдельных районах Перми и Пермской области. В то же время ни в
одном из исследованных случаев ВИЧ-инфекции, диагностированных до 1998 г. на территории Молдавии,
Украины, Ростовской, Саратовской областей и Краснодарского края, вариант ВИЧ-1 с мутацией V77I не был
выявлен.
Ключевые слова
Список литературы
- А. с. 2175972. Способ иммобилизации олигонуклеидов, содержащих непредельные группы, в полимерных гидрогелиях при формировании микрочипа // Мирзабеков А. Д.,Рубина А. Ю., Паньков С. В. и др. Бюл. изобр. - 2001. - №25.
- Бобков А. Ф., Казеннова Е. В., Бобкова М. Р. Молекулярно- генетическая характеристика ВИЧ-1 на территории России // Вестн. РАМН. - 2002. - № 8. - С. 40-42.
- ВИЧ-инфекция: клиника, диагностика и лечение / Покровский В. В., Ермак Т. Н., Беляева В. В., Юрин О. Г. - М., 2003. - С. 418-426.
- Михайлович В. М., Лапа С. А., Грядунов Д. А. и др. Использование методов гибридизации и ПЦР на специализированном ТБ-микрочипе для обнаружения рифампицинрезистентных штаммов Mycobacterium tuberculosis // Бюл. экспер. биол. - 2001. - Т. 131, № 1. - С. 112-117.
- Покровский В. В., Ладная Н. Н., Савченко А. Т. и др. Эпидемия ВИЧ-инфекции в России // Эпидемиол. и инфекц. бол. - 1998. - № 5. - С. 4-11.
- Рябов Г. С., Казеннова Е. В., Корепанова Л. Б. и др. Вспышка ВИЧ-инфекции в г. Лысьва Пермской области: гомозиготный генотип CCR5A32/CCR5A32 обеспечивает высокий уровень устойчивости при парентеральной передаче вируса // Вопр. вирусол. - 2002. - № 4. - С. 13-16.
- Суханова А. Л., Казеннова Е. В., Рудинский Н. И. и др. Генетическая изменчивость области, кодирующей протеазу, у изолятов ВИЧ-1 подтипа А и рекомбинантов CRF03_AB на территории СНГ // Вопр. вирусол. - 2004. - № 6. - С. 4.
- Ghys P. D., Saidel Т., Vu H. Т., Savchenko I. et al. Growing in silence: selected regions and countries with expanding HIV/ AIDS epidem. AIDS. - 2003. - Vol. 17 (18s). - P. S45-S50.
- Mikhailovich V., Lapa S., Gryadmov D. et al. Identification of rifampin-resistant Mycobacterium tuberculosis strains by hybridization, PCR, and ligase detection reaction on oligonucleotide microchips // J. Clin. Microbiol. - 2001. - Vol. 38. - P. 2531-2540.
Дополнительные файлы
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).