Видовая идентификация ортопоксвирусов на олигонуклеотидных микрочипах


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Описан метод идентификации видов ортопоксвирусов, патогенных для человека и животных. Метод основан на гибридизации флюоресцентно меченной амплифицированной ДНК образца с олигонуклеотидами, иммобилизованными на микрочипе. В качестве мишени для идентификации использовали видоспецифичные участки внутри гена crmB, кодирующего вирусный аналог рецептора фактора некроза опухолей, одного из важных генов, определяющих патогенность данного рода ортопоксвирусов. Процедура идентификации занимает около 6 ч и не требует дорогостоящего оборудования (может быть использован портативный флюоресцентный микроскоп).

Список литературы

  1. Маренникова С. С., Щелкунов С. Н. Патогенные для человека ортопоквирусы. - М., 1998.
  2. Bavykin S. G., Akowski J. P., Zakhariev V. M. et al. Portable system for microbial sample preparation and oligonucleotide microarray analysis // Appl. Environ. Microbiol. - 2001. - Vol. 67. - P. 922-928.
  3. Cunnion К. М. Tumor necrosis factor receptors encoded by poxviruses // Mol. Genet. Metab. - 1999. - Vol. 67. - P. 278- 282.
  4. Drobyshev A., Mologina N., Shick V. et al. Sequence analysis by hybridization with oligonucleotide microchip: identification of beta-thalassemia mutations // Gene. - 1997. - Vol. 188. - P. 45-52.
  5. Esposito J., Condit R., Obijeski J. The preparation of orthopoxvirus DNA // J. Virol. Meth. - 1981.-Vol. 2. - P. 175-179.
  6. Fenner F. The biological characters of several strain of vaccinia, cowpox, and rabbitpox viruses // Virology. - 1958. - Vol. 5. - P. 502-509.
  7. Fotin A., Drobyshev A., Proudnikov D. et al. Parallel thermodynamic anallysis of duplexes on oligodeoxy ribonucleotide microchips // Nucl. Acids Res. - 1998. -Vol. 6. - P. 1515-1521.
  8. Ibrahim M. S., Esposito J. J., Juhrling P. В., Lofts R. S. The potential of 5'-nuclease PCR for detecting a single-base polymorphism in orthopoxvirus // Mol. Cell. Probes. - 1997. - Vol. 11. - P. 143-147.
  9. Loparev V. N., Massung R. F., Esposito J. J., Meyer H. Detection and differentiation of old world orthopoxviruses: restriction fragment lengh polymorphism of the crmB gene region // J. Clin. Microbiol. - 2001. - Vol. 39. - P. 94-100.
  10. Marennikova S. S., Nagieva F. G., Matsevich G. R. et al. Monoclonal antibodies to monkeypox virus: preparation and application // Acta Virol. - 1988. - Vo. 32. - P. 19-26.
  11. Meyer H., Pfeffer M., Rziha H. J. Sequence alterations within and downstream of the A-type inclusion protein genes allow differentiation of orthopoxvirus species by polymerase chain reaction // J. Gen. Virol. - 1994. - Vol. 75. - P. 1975-1981.
  12. Mikhalovich V., Lapa S., Gryadunov D. et al. Identification of Mycobacterium tuberculosis strains resistant to rifampin by hybridization, PCR, and ligase detection reaction on oligonucleotide microchips // J. Clin. Microbiol. - 2001. - Vol. 39. - P. 2531-2540.
  13. Mukinda V. В., Mweta G., Kilundu M. et al. Re-emergence of human monkeypox in Zaire in 1996. Monkeypox Epidemiologic Working Group // Lancet. - 1997. - Vol. 349. - P. 1449-1450.
  14. Praudnikov D., Timofeev E., Mirzabekov A. D. Immobilization of DN in polyacrylamide gel for the manufacture of DNA and DNA-oligonucleotide microchips // Anal. Biochem. - 1998. -Vol.259.- P. 34-41.
  15. Resenchuk S. M., Blinov V. M. Alignment Service: creation and processing of alignment sequences of unlimited length // Cornput. Appl. Biosci. - 1995. - Vol. 11. - P. 7-11.
  16. Shchelkunov S. N., Resenchuk S. M., Totmenin A. V. etal. Comparison of the genetic maps of variola and vaccinia viruses // FEBS Lett. - 1993. - Vol. 327. - P. 321-324.
  17. Shchelkunov S. N., Safronov P. F., Totmenin A. V. et al. The genomic sequence analysis of the left and right species-specific terminal region of a cowpox vims strain reveals unique sequences and a cluster of intact ORFs for immunomodulatory and host range proteins // Virology. - 1998. - Vol. 243. - P. 432-460.
  18. Shchelkunov S. N., Totmenin A. V., Loparev V. N. et al. Alasrtim smallpox variola minor virus genome DNA sequences // Ibid. - 2000. - Vol. 266. - P. 361-386.
  19. Shchelkunov S. N., Totmenin A. V., Babkin I. V. et al. Human monkepox and smallpox viruses: genomic comparison // FEBS Lett. - 2001. - Vol. 509. - P. 66-70.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Михеев М.В., Лапа С.А., Щелкунов С.Н., Чикова А.К., Михаилович В.М., Соболев А.Ю., Бабкин И.В., Грядунов Д.А., Булавкина М.А., Гуськов А.А., Сокунова Е.Б., Кочнева Г.В., Блинов В.М., Сандахчиев Л.С., Заседателев А.С., Мирзабеков А.Д., 2003

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах