Том 69, № 3 (2024)
- Год: 2024
- Дата публикации: 05.07.2024
- Статей: 10
- URL: https://virusjour.crie.ru/jour/issue/view/134
Весь выпуск
ОБЗОРЫ
Сравнительный анализ критериев классификации ряда групп патогенных ДНК- и РНК-содержащих вирусов на основе геномных данных
Аннотация
В обзоре рассмотрено обоснование критериев идентификации таксономической принадлежности некоторых групп патогенных ДНК- и РНК-содержащих вирусов на основе результатов секвенирования генома. Проанализированы данные секвенирования геномной нуклеиновой кислоты вирусов, геном которых представлен двухцепочечной ДНК (на примере ортопоксвирусов), одноцепочечной «плюс» РНК (на примере альфавирусов и флавивирусов), одноцепочечной несегментированной «минус» РНК (на примере филовирусов), одноцепочечной сегментированной «минус» РНК (на примере аренавирусов и флебовирусов). Для каждой группы вирусов установлены уровни генетической изменчивости, определяющие отнесение сравниваемых вирусов к таксонам разных порядков.
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Иммунная реактивность двух биологических моделей на прививку инактивированной вакциной QazVac против коронавирусной инфекции COVID-19
Аннотация
Введение. Специфическая профилактика ряда инфекционных болезней введена в календарь медицинских прививок. Производство иммунопрофилактических препаратов в целях установления стандартных свойств, в том числе по безопасности и специфической эффективности, требует строгого соблюдения регламента изготовления, а достоверность полученных результатов – проведения контроля указанных параметров. Специфическую эффективность вакцинных препаратов стандартизируют по показателям стимуляции гуморальных факторов иммунитета, формируемых в организме привитых модельных биологических объектов.
Цель работы. Определение иммунной реактивности белых мышей на прививку вакциной QazVac для установления возможности их использования в качестве биологической модели в оценке иммуногенности вакцины вместо сирийских хомяков.
Материалы и методы. Оценку иммунной реактивности модельных животных проводили по количеству сероконверсивности, скорости и динамике титров антител на вирус SARS-CoV-2, формируемых в организме после прививки испытуемой вакциной.
Результаты. Результаты исследований показали, что испытуемые биологические модели обладают примерно одинаковой иммунной реактивностью на введение вакцины QazVac, подтверждающим свидетельством которой являлись уровень и динамика титров антител. При анализе кратности увеличения титров антител в сравнении с таковыми контрольных животных, сирийские хомяки обладают сравнительно большей реактивностью. Но белые мыши, свободные от патогенной микрофлоры (СПФ), стандартны по интактности от антител на вирус SARS-CoV-2.
Заключение. Полученные данные свидетельствует о том, что иммунная реактивность белых мышей на введение вакцины QazVac по скорости и динамике формирования вируснейтрализующих антител является практически равнозначной иммунной реактивности сирийских хомяков. В организме белых мышей категории СПФ до прививки вакциной, в отличие от сирийских хомяков, не содержатся факторы гуморального иммунитета, специфичные к вирусу SARS-CoV-2.
Эффективность схем АРТ первой линии на основе TDF у ВИЧ-инфицированных пациентов с предсуществующей мутацией A62V в обратной транскриптазе
Аннотация
Введение. A62V в обратной транскриптазе была идентифицирована как мутация, коррелирующая с вирусологической неудачей у пациентов, получавших терапию первой линии, включая тенофовир (TDF) или тенофовир алафенамид (TAF). A62V представляет собой типично полиморфную мутацию суб-субтипа А6 ВИЧ-1, который является наиболее распространенным вариантом вируса в России.
Материалы и методы. По результатам запроса к общеевропейской базе данных EuResist (EIDB) были сформированы две эквивалентные группы пациентов: 1-я группа ‒ пациенты с A62V на исходном уровне, получавшие TDF или TAF в терапии первой линии; 2-я группа ‒ пациенты без A62V на исходном уровне, получавшие TDF или TAF в терапии первой линии. В каждую группу входило по 23 пациента.
Результаты. Статистической разницы между двумя группами по вирусологической эффективности через 4, 12 и 24 нед после начала антиретровирусной терапии (АРТ) и по частоте вирусологических неудач не выявлено.
Заключение. Проведенное исследование имело некоторые ограничения, в связи с чем роль A62V в эффективности АРТ первой линии на основе TDF нуждается в уточнении и заслуживает дальнейшего изучения.
Пространственно-временной кластерный анализ циркуляции вируса африканской чумы свиней (Asfarviridae: Asfivirus) в Калининградской области на основе трех генетических маркеров
Аннотация
Введение. Стремительное распространение африканской чумы свиней (АЧС) в Калининградской области обусловливает необходимость использования методов молекулярной эпизоотологии для определения динамики и вектора распространения инфекции в данном субъекте России.
Цель работы – установить характер однонуклеотидного полиморфизма генов K145R, O174L, MGF 505-5R у изолятов вируса АЧС, выделенных в Калининградской области, и изучить циркуляцию возбудителя в странах Восточной Европы методом субгенотипирования и пространственно-временного кластерного анализа.
Материалы и методы. В качестве образцов биологического материала использовали пробы крови от живых и органов от павших домашних свиней и диких кабанов, отобранные в Калининградской области в 2017–2022 гг. Выделение вируса АЧС и идентификацию изолятов проводили в первичной культуре клеток костного мозга свиньи. Подготовку ампликонов целевых маркерных областей генома выполняли методом ПЦР с электрофоретической детекций и последующей экстракцией фрагментов из агарозного геля. Секвенирование осуществляли по методу Сэнгера.
Результаты. Установлена циркуляция на территории субъекта-эксклава Российской Федерации вируса АЧС, принадлежащего двум генетическим кластерам: эпизоотическому (K145R-III, MGF 505-5R-II, O174L-I – 94,3% от изученных изолятов) и спорадическому (K145R-II, MGF 505-5R-II, O174L-I – 5,7%).
Заключение. Необходимо совершенствование молекулярно-эпизоотологического мониторинга генетических вариантов вируса АЧС в странах евро-азиатского континента на основе маркерных фрагментов генома внутри генотипа II, что позволит проводить наиболее детальный анализ распространения АЧС.
Выявление коронавирусов (Coronaviridae) у рукокрылых на территории Северного Кавказа и юга Западной Сибири
Аннотация
Введение. Рукокрылые являются природным резервуаром коронавирусов (Coronaviridae), вызвавших за последнее десятилетие три вспышки заболевания людей: SARS, MERS и COVID-19, или SARS-2.
Цель работы – исследование многообразия коронавирусов среди рукокрылых, населяющих предгорные и горные районы республик Дагестан, Алтай и Кемеровской области.
Материалы и методы. Образцы ротовых смывов и фекалии рукокрылых исследовали на присутствие РНК коронавирусов с помощью полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР).
Результаты. Показано, что большие подковоносы (Rhinolophus ferrumequinum), обитающие в Республике Дагестан, являются носителями двух разных коронавирусов. Один из двух коронавирусов входит в состав подрода Sarbecovius рода Betacoronavirus, включающего возбудителей SARS и COVID-19. Второй коронавирус отнесен к подроду Decacovirus рода Alphacoronavirus и наиболее близок вирусам, выявленным среди Rhinolophus spp. из европейских и ближневосточных стран. В Республике Алтай и Кемеровской области у гладконосых летучих мышей, ночницы Иконникова (Myotis ikonnikovi) и восточной ночницы (Myotis petax), обнаружены коронавирусы, входящие в род Alphacoronavirus, подрод Pedacovirus. Вирус от M. ikonnikovi из Республики Алтай близок вирусам из Японии и Кореи, а также вирусам от Myotis spp. из европейских стран. Вирус из Кемеровской области от M. petax группируется с коронавирусами от Myotis spp. из азиатских стран и значительно отличается от коронавирусов, ранее обнаруженных в том же природном носителе.
Электролиты, цинк и витамин D3 у пациентов с COVID-19 с сердечно-сосудистыми осложнениями
Аннотация
Введение. COVID-19 тесно связан с сердечно-сосудистыми заболеваниями, общими механизмами которых являются прямое повреждение миокарда и системное воспаление. Ранее существовавшие или вызванные инфекцией сердечно-сосудистые заболевания ухудшают исходы для пациентов с COVID-19.
Материалы и методы. В образцах сыворотки крови пациентов проводили количественное определение электролитов (Na+, K+, Ca++, Zn) с помощью биохимического анализатора и витамина D3 с помощью устройства ichroma ii.
Результаты. В исследовании приняли участие 142 пациента с диагнозом COVID-19, включая 35 критических случаев, 53 тяжелых случая, 54 среднетяжелых случая, а также 50 человек в контрольной группе. Возрастная группа с наибольшей распространенностью инфекции составила 50‒69 лет, а наименьшая распространенность наблюдалась среди лиц моложе 30 лет. Исследование выявило значительное снижение уровней кальция, калия, натрия, цинка и витамина D3 среди пациентов с COVID-19 по сравнению с контрольной группой. Уровни цинка и витамина D3 продемонстрировали значительную корреляцию с полом: у мужчин наблюдалось снижение уровня цинка, а у женщин ‒ более низкий уровень витамина D3. Концентрация кальция, натрия и цинка имела отрицательную корреляцию с возрастом, при этом у пожилых пациентов наблюдалась самая низкая концентрация. У пациентов с COVID-19 с хроническими заболеваниями сердца и высоким кровяным давлением наблюдались самые низкие уровни этих маркеров. Тяжесть заболевания также оказывала пагубное влияние на уровень электролитов, цинка и витамина D3, при этом в критических случаях COVID-19 наблюдались самые низкие уровни. Такие осложнения, как сердечная недостаточность, были связаны с более низким уровнем калия, натрия и цинка.
Вывод. Исследование выявило значительную связь между COVID-19 и снижением уровней электролитов, цинка и витамина D3. Было обнаружено, что пол и возраст коррелируют с этими маркерами. У пациентов с хроническими сердечно-сосудистыми заболеваниями и высоким кровяным давлением наблюдались самые низкие уровни этих маркеров. Тяжесть заболевания COVID-19 также была связана с более низким уровнем электролитов, цинка и витамина D3. Такие осложнения, как сердечная недостаточность, были связаны со снижением уровней калия, натрия и цинка.
Обнаружение и генотипирование вируса герпеса человека 8-го типа молекулярными методами у доноров крови в Конго
Аннотация
Введение. Вирус герпеса человека 8-го типа (HHV-8) мало изучен в Конго, несмотря на его распространенность в Африке. Среди здоровых людей HHV-8 не всегда приводит к опасной для жизни инфекции; однако у лиц с ослабленным иммунитетом он может приводить к более тяжелому течению заболевания. Распределение генотипов HHV-8 варьирует в зависимости от этнической принадлежности и географического региона.
Методы. Проспективное поперечное исследование включало 265 образцов от здоровых доноров крови из Национального центра переливания крови в Браззавиле, средний возраст которых составлял 35 лет, с предельными значениями от 18 до 60 лет. После выделения ДНК из образцов была проведена гнездовая ПЦР для выявления HHV-8 с последующим генотипированием методом амплификации с генотип-специфичными праймерами.
Результаты. ДНК HHV-8 была выявлена в 4,9% образцов. Все образцы ДНК HHV-8, которые были подвергнуты генотипированию путем амплификации с генотип-специфичными праймерами, принадлежали к двум основным генотипам: A и B. Генотип A был выявлен в 5 (1,9%) образцах, а генотип B ‒ в 2 (0,7%) образцах, что подтвердило встречаемость обоих генотипов. Остальные образцы вирусной ДНК, не идентифицированные как принадлежащие основным генотипам, были классифицированы как «неопределенные» и включали 6 (2,3%) образцов.
Заключение. Полученные результаты свидетельствуют о том, что Конго является областью, где инфекция HHV-8 является эндемичной.
В ПОМОЩЬ ВИРУСОЛОГУ
Система иммуноферментного анализа для серологической диагностики геморрагической лихорадки с почечным синдромом на основе инактивированного очищенного вируса Пуумала (Hantaviridae: Orthohantavirus)
Аннотация
Введение. Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом (ГЛПС) является наиболее распространенным зоонозным вирусным заболеванием человека на территории Российской Федерации. Более 98% заболеваемости ГЛПС вызвано ортохантавирусом Пуумала (ПУУ). Для лабораторной диагностики ГЛПС, в частности серодиагностики клинических случаев, требуются эффективные (высокочувствительные, специфичные, максимально объективные и быстрые в исполнении) серологические тесты, разработка которых является важнейшим элементом контроля данного вирусного заболевания.
Цель исследования. Конструирование системы иммуноферментного анализа (ИФА) для определения специфических антител с использованием стандартного антигена в виде высокоочищенного инактивированного вируса ПУУ в качестве иммуносорбента.
Материалы и методы. Получение препаратов высокоочищенного антигена вируса ПУУ, конструирование системы ИФА для определения специфических антител, отработка параметров системы ИФА, параллельное титрование сывороток крови больных ГЛПС методом флуоресцирующих антител (МФА) и новым вариантом ИФА.
Результаты и обсуждение. Впервые в лабораторной практике исследования ГЛПС была сконструирована система ИФА на основе очищенного инактивированного вируса ПУУ (целевой компонент экспериментальной вакцины против ГЛПС) в качестве стандартного антигена при прямой сорбции на твердую фазу (иммунопанель). Параллельное титрование 50 образцов сывороток крови больных ГЛПС методами МФА и разработанного варианта ИФА показало высокую чувствительность и специфичность данного варианта ИФА, отмечены 100% совпадение результатов тестов (на уровне положительный/отрицательный результат) и значительный уровень корреляции величин титров специфических антител двух тестов.
Заключение. Разработанный вариант ИФА для определения антител к вирусу ПУУ на основе очищенного инактивированного вируса ПУУ – целевого компонента вакцинного препарата против ГЛПС в качестве иммуносорбента – может быть эффективно использован для серодиагностики ГЛПС и массовых серо-эпидемиологических исследований.