Филодинамическая характеристика российской популяции ротавируса А (Reoviridae: Sedoreovirinae: Rotavirus) на основе гена VP6

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Ротавирусы вида А являются одной из лидирующих причин острого гастроэнтерита у детей первых лет жизни. В настоящее время ротавирусная инфекция относится к управляемым инфекционным процессам. Наиболее представленным протеином ротавириона является белок VP6.

Материал и методы. В качестве материала для исследования были использованы 262 нуклеотидные последовательности гена VP6 ротавируса вида А, изолированного на территории России. Филогенетический анализ и расчет филодинамических характеристик были осуществлены с использованием пакета про- грамм BEAST v.1.10.4. Выведение и анализ аминокислотных последовательностей проводили в программе MEGAX.

Результаты. На территории Российской Федерации показана циркуляция ротавирусов 3 сублиний генотипа I1 и 3 – генотипа I2. Установлен уровень накопления мутаций, который оказался схожим для генотипов I1 и I2 и составил 7,732E-4 и 1,008Е-3 нуклеотидов/сайт/год соответственно. Показано, что эффективные размеры ротавирусной популяции гена VP6 I1 и I2 генотипов стабильны и с начала 2000‑х гг. имеют тенденцию к снижению. Сравнительный анализ аминокислотной последовательности в области сайтов внутриклеточной нейтрализации А (231–260 а.о.) и В (265–292 а.о.) позволил выявить у ряда российских штаммов генотипа I1 мутацию в позиции V252I, а у части из них (I1 и I2 генотипов) – мутацию I281V, не связанные с принадлежностью штаммов к внутритиповым сублиниям. Анализ 3 Т‑клеточных эпитопов выявил 4 ассоциированных с принадлежностью к одной из геногрупп аминокислотных различия (в позициях 305, 315, 342 и 348 а.о.).

Заключение. На основе филодинамических характеристик и аминокислотного состава антигенных детерминант сделан вывод о высокой консервативности протеина VP6.

Полный текст

Введение

Ротавирусы вида А (семейство Reoviridae, подсе­мейство Sedoreovirinae, род Rotavirus) являются одной из основных причин острого гастроэнтерита у детей первых лет жизни [1]. Ротавирус А (РВА) выступает этиологическим фактором гастроэнтеритов в 43% слу­чаев у детей до 5 лет, находящихся на стационарном лечении в России. В структуре амбулаторных обраще­ний ротавирусный гастроэнтерит составляет 31%, до­стигая в некоторых регионах нашей страны 75% [2]. В Российской Федерации сезонность ротавирусной инфекции (РВИ) описывается как зимне-весенняя [3].

В настоящее время в мире широко применяют­ся 2 ротавирусные вакцины: моновалентная челове­ческая живая аттенуированная вакцина жидкая для профилактики ротавирусной инфекции (RV1), осно­ванная на штамме ротавируса человека с генотипом G1P[8], и вакцина для профилактики ротавирусной инфекции пентавалентная живая (RV5), несущая в своём составе реассортантные штаммы ротавируса быка и ротавирусов человека с генотипами G1, G2, G3, G4 и P[8] [4][5]. Преквалификацию ВОЗ прошли вакцинные препараты Rotavac® (G9P[11]) и Rotasil® (G1, G2, G3, G4, G9), которые скоро будут доступны на мировом рынке [6][7]. На территории РФ зареги­стрирована только RV5, рекомендованная к примене­нию в соответствии с эпидемическими показаниями.

Ген VP6 имеет размер 1,6 т.п.н., кодирует груп­повой и субгрупповой антигены. VP6 был первым белком, использованным для классификации рота­вирусов на основе его серологической перекрёстной реактивности и генетической изменчивости. Внутри ротавирусов вида А с помощью моноклональных ан­тител выделяют 4 субгруппы (SGI, SGII, SG I + II и SG не-I, не-II) [8][9]. В настоящее время на основе генетического разнообразия VP6 различают 9 групп A-I ротавируса, которые в последнее время приоб­рели статус видов. От людей изолированы виды А, B, C и H, хотя, безусловно, первый из них являет­ся наиболее важным в мире с эпидемической точки зрения [10][11]. Выявленные на основе анализа ну­клеотидной последовательности различия, превы­шающие 19%, позволяют говорить о разных геноти­пах VP6 ротавируса вида А. На сегодняшний день известно 26 генотипов VP6 РВА (I1-I26), изолиро­ванных от человека и животных. Несмотря на гено­типовое многообразие ротавирусов, эпидемически значимые варианты относятся к 2 геногруппам: 1-я - это Wa-подобные ротавирусы, 2-я - DS-1-подобные. В составе вакцины RV1, содержащей Wa-подобный штамм 89-12 ротавируса человека, белок VP6 отно­сится к 1-й геногруппе (генотип I1). Вакцинный пре­парат RV5 (основан на DS-1-подобном штамме WC3 бычьего ротавируса) содержит VP6 2-й геногруппы (генотип I2).

После перенесённой РВИ обнаруживают высокие титры антител против протеина VP6. В его структу­ре выявлено несколько B- и Т-клеточных антигенных эпитопов. Исследования антигенных свойств этого белка показали, что субгрупповые эпитопы являются конформационными и доступны лишь на поверхности тримера, но не на мономерной единице белковой моле­кулы. Установлено, что одиночная мутация в положе­ниях 172 или 305 и 296-299 влияет на связывание ан­тител субгруппы I (SGI) [12]. Двойная аминокислотная замена в положениях 305-306 и одиночная аминокис­лотная мутация в положении 315 влияют на процесс связывания антител, распознающих эпитоп субгруппы II (SGII) [12][13]. В работе Aiyegbo M.S. с соавт. бы­ли предложены 2 предполагаемых антигенных эпито­па для внутриклеточных антител, расположенных на VP6: A (231-260 а.о.) и B (265-292 а.о.). Этой группой исследователей показано, что иммуноглобулины клас­са IgA человека, связываясь внутри клетки с субвирус- ной двухслойной частицей, блокируют транскрипцию ротавируса [14].

Программное обеспечение BEAST, разработанное на основе байесовского эволюционного анализа с ин­теграцией цепи Маркова (Markov chain Monte Carlo, MCMC), позволяет оценивать филогенетические де­ревья, построенные на основе генетических данных с метками времени [15]. Такой подход помогает оце­нить эволюционные процессы в популяции, если в ней произошли доступные для измерений изменения меж­ду отборами проб. Эффективный размер популяции (Ne) - один из важнейших параметров популяционной генетики, который переводит размер реальной популя­ции в размер идеализированной, демонстрирующей ту же скорость изменения генетического разнообразия, что и реальная [16]. В нашей работе на основе гена VP6 ротавирусов, изолированных на территории России, проведена оценка филодинамических параметров, та­ких как скорость накопления мутаций, время циркуля­ции ближайшего общего предка, скорость изменений эффективного размера популяции с течением време­ни. Кроме этого, на исследованной выборке выполнен сравнительный анализ аминокислотного состава в об­ласти В- и Т-клеточных эпитопов вакцинных штаммов в составе RV1 и RV5, а также штаммов дикого типа, изолированных на территории России.

Материал и методы

Формирование выборки. Для изучения разнообра­зия аллелей гена VP6 исследуемых ротавирусов были проанализированы доступные в базе данных GenBank нуклеотидные последовательности размером, покры­вающим более 80% открытой рамки считывания. В вы­борку вошли нуклеотидные последовательности гена VP6вакцинных штаммов (RV1 и RV5), а также 262 по­следовательности VP6 ротавирусов, доступных в базе GenBank и изолированных после 2010 г. на территории России в Нижнем Новгороде (23), Новосибирске (203), Омске (29), Смоленске (4), Ханты-Мансийске (3). В исследуемой выборке 206 последовательностей ге­на VP6 принадлежали генотипу I1 и 56 - генотипу I2. Последовательности гена других генотипов РВА, изо­лированных на территории РФ, не были представле­ны в указанной базе данных.

Филодинамический анализ. Обработку и вырав­нивание последовательностей нуклеотидов и выве­дение аминокислотных последовательностей осу­ществляли с применением программного обеспе­чения MEGAX [17]. В связи с тем что различные генотипы могут обладать разными филодинамиче­скими характеристиками, анализ временн0го сигна­ла, оценка скорости накопления мутаций и особен­ности популяционной динамики оценивались от­дельно для последовательностей генотипов I1 и I2. С целью построения филогенетических деревьев ML (Maximum Likelihood, максимального правдо­подобия) была подобрана оптимальная модель для исследуемых выборок - T92+G+I. При первичной оценке временн0го сигнала на основе филогенетиче­ского дерева ML использовали программу TempEst v1.5.3 [18]. Оба набора данных показали положи­тельную корреляцию между генетической дистан­цией и датой отбора, что делает их подходящими для дальнейшего байесовского филогенетического анализа. Кроме этого, анализ показал необходимость применения «расслабленных» молекулярных часов для исследуемых выборок. Филогенетический ана­лиз проведен с помощью пакета программ BEAST v.1.10.4 и библиотеки BEAGLE v3.1.0 [15][19]. Про­цесс замещения нуклеотидов оценивали с помощью модели Хасегава-Кишино-Яно (Hasegawa-Kishino-Yano, HKY). Расчёт динамики демографических показателей выполнен на основе модели SkyGrid [20]. Скорость эволюции измеряли на базе нестро­гих (свободных) логнормальных часов. Для дости­жения значений эффективного размера выборки (ESS)>>200 длина MCmC составила 80 млн шагов. Визуализация и обработка филогенетических де­ревьев осуществлена в программе FigTree v.1.4.3. Визуализацию популяционной динамики и анализа выходных MCMC-файлов оценивали при помощи программы Tracer v1.7.1 [21].

Анализ антигенных эпитопов. Поиск В- и Т-клеточных эпитопов осуществляли с использованием ба­зы данных IEDB (international epitope database; https://www.iedb.org/home_v3.php). В исследование входили эпитопы, установленные на изолированных от чело­века ротавирусах вида А.

Результаты

Филогенетический анализ. Для оценки кластери­зации российских штаммов и их взаимоотношений со штаммами в составе вакцин RV5 и RV1 на основе общей выборки, включавшей генотипы I1 и I2, было сконструировано филогенетическое дерево, представ­ленное на рис. 1. Вакцинный штамм RV1 кластеризу­ется отдельно от ротавирусов дикого типа российско­го происхождения. Апостериорная вероятность узла с ближайшими «российскими» вариантами, вошед­шими в малочисленную группу I1-2, составила 0,42, что не позволяет достоверно говорить о родстве этих штаммов. Аллель I1-1 объединяет большинство штаммов, изолированных в разных регионах РФ на протяжении 2010-2018 гг. К линии I1-2 принадлежат штаммы с генотипами G4P[8] и G1P[8], изолирован­ные в Новосибирске в 2010 г. В группу I1-3 вошли ротавирусы с генотипом G4P[6], также выделенные в Новосибирске (2010-2016 гг.)

 

Рис. 1. Байесово филогенетическое дерево MCC, построенное на основе нуклеотидных последовательностей гена VP6 российских образцов ротави­русов дикого типа и вакцинных штаммов RV5 и RV1.

Примечание. MCC - филогенетическое дерево с максимальной надёжностью клайдов.

Fig. 1. Bayesian MCC phylogenetic tree based on the nucleotide sequences of the VP6 gene of Russian wild-type rotavirus samples’ strains and vaccine strains RV5 and RV1.

Note. MCC - maximum clade credibility phylogenetic tree.

 

Ротавирусы 2-й геногруппы представлены на филогенетическом дереве 3 кластерами (с апосте­риорной вероятностью 0,99) I2-1-I2-3. Вакцинные штаммы RV5 относятся к сублинии I2-2, также как и 2 выделенные в 2010 г. новосибирских изолята. Большинство «российских» РВА 2-й геногруппы по гену VP6 принадлежат аллелю I2-1. Сублиния I2-3 представлена штаммами с генотипом G3P[9], изолированными в Нижнем Новгороде, Омске и Новосибирске в 2010-16 гг.

Уровень мутаций и tMRCA. Уровень на­копления мутаций у «российских» штаммов с генотипом I1 был несколько ниже, чем у I2 - 7,732E-4 и 1,008Е-3 соответственно (табл. 1). Для каждой линии внутри генотипа уровень мутаций варьировал незначительно.

 

Таблица 1. Уровень мутаций и время циркуляции ближайшего общего предка, рассчитанные на основе байесовской филогенети­ческой реконструкции

Table 1. Mutation rate and time of the most recent common ancestor calculated based on Bayesian phylogenetic reconstruction

Примечание. HPD - интервал высшей апостериорной плотности.

Note. HPD - highest posterior density interval. 

Время циркуляции ближайшего общего предка (time to the most recent common ancestor, tMRCA) датируется 1983 г. для кластера I1-1, включающего большинство РВА российского происхождения группы I1, 1973 г. для I1-2 (куда входил штамм в составе вакцины RV1) и 1951 г. – для штаммов аллеля I1-3. Линия I2-1, которая включает большинство «российских» РВА 2‑й геногруппы, имеет tMRCA в 1992 г.; линия I2-2, включающая вакцинный штамм RV5, – от 1967 г. Аллель I2-3 имеет ближайшего общего предка, датируемого 1910 г. (табл. 1).

Эффективный размер популяции. Графи­ки демографической истории, реконструиро­ванные на основе нуклеотидных последова­тельностей гена VP6 ротавирусов россий­ского происхождения при помощи модели SkyGrid и байесовского анализа, не позво­ляют выявить различия между штаммами, принадлежащими 1-й и 2-й геногруппам (рис. 2). Обе популяции характеризуются долговременными стабильными показателя­ми. Ротавирусы с генотипом I1 имели тен­денцию к незначительному росту Ne, а затем на уровне 2000 г. произошло снижение этого значения. Аналогично РВА с генотипом I2 показали небольшое снижение эффективно­го размера популяции после этой же временной отметки.

 

Рис. 2. Демографическая история гена VP6 генотипов Il и I2. По оси x отложено время в календарных годах. По оси у показан эффективный размер популяции вируса (Ne), представляющий количество геномов, эффективно способствующих возникновению новых инфекций. Линия в центре отображает медианные значения в рамках 95% интервала заданной плотности.

Fig. 2. Demographic history of the Il and I2 VP6 gene. The x-axis shows time in calendar years. The у-axis shows the effective population size of the virus (Ne), representing the number of genomes that are effective for the development of new infections. The line in the center represents median values within 95% of the target density range.

 

В-клеточные антигенные эпитопы белка VP6. Вакцина RV1 основана на атте­нуированном штамме ротавируса человека с генотипом G1P[8]. Ген VP6 имеет генотип I1 и относится к 1-й геногруппе. RV5 явля­ется реассортантной пентавалентной вак­циной на основе штаммов ротавируса быка и ротавирусов человека. VP6 в ней относит­ся к бычьему ротавирусу генотипа I2. Эпитоп А образован 30 аминокислотны­ми остатками (231-260 а.о.). Аминокислотный со­став в этом регионе у вакцин RV1 и RV5 отличается на 1 аминокислоту в позиции F248Y (рис. 3). Дикие штаммы, изолированные на территории России, от­личаются от вакцинных единичными мутациями у отдельных штаммов. В позиции 252 ряд российских образцов (169 из 180 последовательностей), относя­щихся к 1-й геногруппе, несёт замену V252I. У 2-й геногруппы в этой позиции находится валин (Val), так же как у RV1 и RV5. Данная аминокислотная мутация не связана с принадлежностью к определённой линии или кластеру на филогенетическом дереве.

 

Рис. 3. Аминокислотный состав антигенных эпитопов А (231-260 а.о.) и В (265-292 а.о.) белка VP6, выделенных на территории России ротавирусов дикого типа и штаммов в составе вакцин RV5 и RV1.

Fig. 3. Amino acid composition of antigenic epitopes A (231-260 aa) and B (265-292 aa) of VP6 protein of Russian wild-type rotavirus strains and strains in the RV5 and RV1 vaccines.

 

Эпитоп В состоит из 28 аминокислотных остатков (265-292 а.о.). У вакцин RV1 и RV5 состав аминокислот различается в позиции S291L; у обеих в позиции 281 на­ходится изолейцин (Ile), однако у диких штаммов обеих геногрупп наблюдается замена на валин (Val) (38 изолятов генотипа Il и 26 изолятов I2), также не связанная с филогенетической характеристикой штаммов.

Таким образом, в ходе анализа аминокислотной по­следовательности VP6 в области предполагаемых ан­тигенных эпитопов A и B показана высокая консерва­тивность аминокислотного состава как у вакцинных штаммов, так и у штаммов РВА, изолированных на территории России, несмотря на их принадлежность к разным геногруппам.

На исследуемой выборке образцов продемонстри­рованы аминокислотные различия в позициях, специ­фичных в отношении антител субгрупп I и II: M172A, N305A, Q315E, соответствующие принадлежности к 1-й или 2-й геногруппе. Участки 296-299 и 306 а.о., отвечающие за связывание специфических субгупповых антител, были консервативны у всех рассмотрен­ных изолятов.

Анализ Т-клеточных эпитопов. Исследование линейных эпитопов на выборке штаммов РВА, изо­лированных на территории России, позволило выя­вить лишь единичные мутации штаммов дикого типа по сравнению с вакцинными. Аминокислотные разли­чия в позициях N305A, Q315E, L342M, A348S корре­лируют с принадлежностью к 1-й и 2-й геногруппам соответственно. В позиции L291S вакцинный штамм RV1 несёт лейцин (Leu), тогда как штаммы RV5 и рос­сийские образцы имеют серин (Ser). В целом данные участки высококонсервативны, и точечных мутаций у штаммов российского происхождения нами обнару­жено не было (рис. 4).

 

Рис. 4. Аминокислотные последовательности линейных эпитопов белка VP6 вакцинных штаммов RV1, RV5 и выделенных на территории России РВА дикого типа.

Fig. 4. Amino acid sequences of protein VP6 linear epitopes of vaccine strains RV1, RV5 and Russian wild-type RVA strains.

 

Обсуждение

Высококонсервативный белок внутреннего капси- да вириона VP6 является как антигенным протеином, так и иммуногеном [13][22][23][24][25]. Его нативная кон­формация в экспрессированном и очищенном виде представляет собой олигомер. Дальнейшая сборка тримерных молекул в морфологические структуры происходит самопроизвольно; для этого не требуются взаимодействия с другими вирусными белками или субвирусными структурами [26]. Самоорганизую­щийся VP6, индуцирующий иммунный ответ, всё ча­ще рассматривается в качестве потенциального вак­цинного кандидата [27].

В настоящее время отсутствуют отечественные вак­цины против РВИ. Производство живых вакцинных препаратов - трудоёмкий, длительный и дорогостоя­щий процесс с повышенными требованиями к достав­ке готового препарата до пациента. Другая важная проблема их использования - безопасность у детей с иммунодефицитами в связи с возможным развити­ем вакцин-ассоциированного гастроэнтерита, а также риск такого осложнения, как инвагинация кишечни­ка. Одна из новых парадигм заключается в создании нереплицирующихся вакцин, в том числе на основе белка VP6. В связи с этим ряд исследовательских групп как в нашей стране, так и за рубежом работают над созданием рекомбинантных конструкций [28][29][30].

В настоящей работе впервые дана молекулярно-ге­нетическая характеристика «российских» и вакцин­ных штаммов ротавируса вида А на основе гена VP6. Для того чтобы оценить эволюционные взаимоотно­шения между «российскими» ротавирусами дикого типа и штаммами в составе вакцин RV1 и RV5, мы ре­конструировали филогенетические деревья с исполь­зованием байесовской статистики. Проведённый филогенетический анализ на основе нуклеотидных последовательностей гена VP6 «российских» РВА позволил продемонстрировать наличие трех субли­ний внутри генотипа I1 (I1-1—I1-3) и 3 - внутри ге­нотипа I2 (I2-1-I2-3). Установлено, что большинство «российских» РВА несут аллели I1-1 и I2-1 гена VP6.

Ранее рядом авторов были получены данные, опи­сывающие скорость накопления мутаций для разных генов ротавируса вида А. Полученные результаты могут варьировать в некоторых пределах, поскольку большое влияние на них оказывают размер выборки и её состав. В нашем исследовании скорость накопле­ния мутаций «российских» РВА генотипа Il (7,732E- 4) незначительно отличалась от этого показателя для I2 (1,008Е-3).

Эффективный размер популяции (Ne) - абстракт­ная величина, позволяющая измерить размер изуча­емой конкретной популяции на основе генетическо­го разнообразия в рамках идеализированной модели и реконструировать прошлую популяционную дина­мику [31]. Этот параметр предоставляет возможность количественной оценки генетического разнообразия и его временных колебаний на основе исследуемых геномных данных. Анализ эффективного размера по­пуляции может быть использован для ретроспектив­ного установления даты начала эпидемии, а также мониторинга эффективности действий служб и при­нятых мер по противодействию распространению инфекции [32][33]. В нашей работе на основе нуклео­тидных последовательностей гена VP6 «российских» ротавирусов показано уменьшение величины Ne для популяции РВА после 2000-х гг., что свидетельству­ет о снижении генетического разнообразия VP6. Эти данные подтверждаются филогенетическим анали­зом: большинство «российских» ротавирусов дикого типа, изолированных в период 2010-2018 гг., несут аллели I1-1 и I2-1. В кластеры I1-2, I1-3, I2-2, I2-3 входили вакцинные штаммы и не получившие ши­рокого распространения немногочисленные изоляты. В условиях низкого охвата вакцинацией снижение Ne может быть связано в том числе с цикличностью эпи­демического процесса, определяемого естественным снижением активности циркуляции доминирующего типа, что было показано ранее на примере нижего­родской популяции РВА [34].

Многочисленные работы посвящены сравнитель­ному анализу области нейтрализующих эпитопов белков VP7 и VP4 у РВА, изолированных на раз­ных территориях, и вакцинных штаммов RV1 и RV5 [35][36][37]. Однако подобные исследования не прово­дятся в отношении белка VP6, в связи с чем мы про­вели сравнение аминокислотного состава области антигенных эпитопов белка VP6 штаммов в составе RV1 и RV5 и ротавирусов, изолированных на терри­тории РФ после 2010 г. Анализ аминокислотного состава в области антигенных эпитопов VP6 ука­зывает на высокую консервативность антигенных детерминант у вакцинных штаммов и штаммов дикого типа, изолированных на территории РФ, не­смотря на разницу во времени их выделения. Вы­сокая консервативность показана у ротавирусов, относящихся к 1-й и 2-й геногруппам, которые до­минируют среди изолированных от человека РВА. Выявленные аминокислотные различия у белка VP6, по всей вероятности, связаны с генотиповой принадлежностью штамма и не затрагивают его иммунологические свойства. Это наблюдение, с од­ной стороны, делает протеин VP6 удобной моделью для разработки вакцин; в то же время значимость его в формировании стойкого протективного имму­нитета окончательно не установлена.

Заключение

Таким образом, на основе анализа филодинамиче­ских характеристик нуклеотидных последовательно­стей гена VP6, изучения выведенных последователь­ностей аминокислот в области антигенных эпитопов продемонстрирована высокая консервативность бел­ка внутреннего капсида вириона, что потенциально делает его перспективной моделью для разработки универсальной ротавирусной вакцины.

×

Об авторах

О. В. Морозова

ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: olga.morozova.bsc@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-8058-8187

научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций

603950, Нижний Новгород

Россия

Т. А. Сашина

ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора

Email: tatyana.sashina@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-3203-7863

старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций

603950, Нижний Новгород

Россия

Н. А. Новикова

ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора

Email: tatyana.sashina@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-3710-6648

старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций

603950, Нижний Новгород

Россия

Список литературы

  1. Tate J.E., Burton A.H., Boschi-Pinto C., Steele A.D., Duque J., Parashar U.D. 2008 estimate of worldwide rotavirus-associated mortality in children younger than 5 years before the introduction of universal rotavirus vaccination programmes: a systematic review and meta-analysis. Lancet Infect. Dis. 2012; 12(2): 136–41. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(11)70253-5.
  2. Баранов А.А., Намазова-Баранова Л.С., Таточенко В.К., Вишнёва Е.А., Федосеенко М.В., Селимзянова Л.Р. и др. Ротавирусная инфекция у детей – нерешённая проблема. Обзор рекомендаций по вакцинопрофилактике. Педиатрическая фармакология. 2017; 14(4): 248–57. https://doi.org/10.15690/pf.v14i4.1756.
  3. Mirzayeva R., Cortese M.M., Mosina L., Biellik R., Lobanov A., Chernyshova L., et al. Rotavirus burden among children in the newly independent states of the former union of soviet socialist republics: literature review and first-year results from the rotavirus surveillance network. J. Infect. Dis. 2009; 200 (Suppl. 2): S203–14. https://doi.org/10.1086/605041.
  4. Ward R.L., Bernstein D.I. Rotarix: A rotavirus vaccine for the world. Clin. Infect. Dis. 2009; 48(2): 222–8. https://doi.org/10.1086/595702.
  5. Ciarlet M., Schödel F. Development of a rotavirus vaccine: Clinical safety, immunogenicity, and efficacy of the pentavalent rotavirus vaccine, RotaTeq. Vaccine. 2009; 27(Suppl. 6): G72–81. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2009.09.107.
  6. Glass R.I., Bhan M.K., Ray P., Bahl R., Parashar U.D., Greenberg H., et al. Development of candidate rotavirus vaccines derived from neonatal strains in India. J. Infect. Dis. 2005; 192(Suppl. 1): S30–5. https://doi.org/10.1086/431498.
  7. Naik S.P., Zade J.K., Sabale R.N., Pisal S.S., Menon R., Bankar S.G., et al. Stability of heat stable, live attenuated Rotavirus vaccine (ROTASIIL®). Vaccine. 2017; 35(22): 2962–9. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2017.04.025.
  8. Greenberg H.B., Flores J., Kalica A.R., Wyatt R.G., Jones R. Gene coding assignments for growth restriction, neutralization and subgroup specificities of the W and DS-1 strains of human rotavirus. J. Gen. Virol. 1983; 64 (Pt. 2): 313–20. https://doi.org/10.1099/0022-1317-64-2-313.
  9. Iturriza Gómara M., Wong C., Blome S., Desselberger U., Gray J. Molecular characterization of VP6 genes of human rotavirus isolates: correlation of genogroups with subgroups and evidence of independent segregation. J. Virol. 2002; 76(13): 6596–601. https://doi.org/10.1128/jvi.76.13.6596-6601.2002.
  10. Estes M.K., Greenberg H.B. Rotaviruses. In: Knipe D.M., Howley P.M., eds. Fields Virology. Philadelphia: Williams & Wilkins; 2013:1347–401.
  11. Nagashima S., Kobayashi N., Ishino M., Alam M.M., Ahmed M.U., Paul S.K., et al. Whole genomic characterization of a human rotavirus strain B219 belonging to a novel group of the genus Rotavirus. J. Med. Virol. 2008; 80(11): 2023–33. https://doi.org/10.1002/jmv.21286.
  12. López S., Espinosa R., Greenberg H.B., Arias C.F. Mapping the subgroup epitopes of rotavirus protein VP6. Virology. 1994; 204(1):153–62. https://doi.org/10.1006/viro.1994.1519.
  13. Tang B., Gilbert J.M., Matsui S.M., Greenberg H.B. Comparison of the rotavirus gene 6 from different species by sequence analysis and localization of subgroup-specific epitopes using site-directed mutagenesis. Virology. 1997; 237(1): 89–96. https://doi.org/10.1006/viro.1997.8762.
  14. Aiyegbo M.S., Sapparapu G., Spiller B.W., Eli I.M., Williams D.R., Kim R., et al. Human rotavirus VP6-specific antibodies mediate intracellular neutralization by binding to a quaternary structure in the transcriptional pore. PLoS One. 2013; 9(8): 1–15. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0061101.
  15. Suchard M.A., Lemey P., Baele G., Ayres D.L., Drummond A.J., Rambaut A. Bayesian phylogenetic and phylodynamic data integration using BEAST 1.10. Virus Evol. 2018; 4(1): vey016. https://doi.org/10.1093/ve/vey016.
  16. Husemann M., Zachos F.E., Paxton R.J., Habel J.C. Effective population size in ecology and evolution. Heredity. 2016; 117(4): 191–2. https://doi.org/10.1038/hdy.2016.75.
  17. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 2018; 35(6): 1547–9. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096.
  18. Rambaut A., Lam T.T., Max Carvalho L., Pybus O.G. Exploring the temporal structure of heterochronous sequences using TempEst (formerly Path-O-Gen). Virus Evol. 2016; 2(1): vew007. https://doi.org/10.1093/ve/vew007.
  19. Ayres D.L., Cummings M.P., Baele G., Darling A.E., Lewis P.O., Swofford D.L., et al. BEAGLE 3: improved performance, scaling and usability for a high-performance computing library for statistical phylogenetics. Syst. Biol. 2019; 68(6): 1052–61. https://doi.org/10.1093/sysbio/syz020.
  20. Hill V., Baele G. Bayesian estimation of past population dynamics in BEAST 1.10 using the Skygrid coalescent model. Mol. Biol. Evol. 2019; 36(11): 2620–8. https://doi.org/10.1093/molbev/msz172.
  21. Rambaut A., Drummond A.J., Xie D., Baele G., Suchard M.A. Posterior summarization in Bayesian phylogenetics using Tracer 1.7. Syst. Biol. 2018; 67(5): 901–4. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy03.
  22. Svensson L., Sheshberadaran H., Vene S., Norrby E., Grandien M., Wadell G. Serum antibody responses to individual viral polypeptides in human rotavirus infections. J. Gen. Virol. 1987; 68(Pt. 3): 643–51. https://doi.org/10.1099/0022-1317-68-3-643.
  23. Svensson L., Sheshberadaran H., Vesikari T., Norrby E., Wadell G. Immune response to rotavirus polypeptides after vaccination with heterologous rotavirus vaccines (RIT 4237, RRV‑1). J. Gen. Virol. 1987; 68(Pt. 7): 1993–9. https://doi.org/10.1099/0022-1317-68-7-1993.
  24. Ishida S., Feng N., Tang B., Gilbert J.M., Greenberg H.B. Quantification of systemic and local immune responses to individual rotavirus proteins during rotavirus infection in mice. J. Clin. Microbiol. 1996; 34(7): 1694–700. https://doi.org/10.1128/JCM.34.7.1694-1700.1996.
  25. Colomina J., Gil M.T., Codoñer P., Buesa J. Viral proteins VP2, VP6, and NSP2 are strongly precipitated by serum and fecal antibodies from children with rotavirus symptomatic infection. J. Med. Virol. 1998; 56(1): 58–65. https://doi.org/10.1002/(sici)1096-9071(199809)56:1<58::aid-jmv10>3.0.co;2-s.
  26. Estes M.K., Cohen J. Rotavirus gene structure and function. Microbiol. Rev. 1989; 53(4): 410–49.
  27. Afchangi A., Jalilvand S., Mohajel N., Marashi S.M., Shoja Z. Rotavirus VP6 as a potential vaccine candidate. Rev. Med. Virol. 2019; 29(2): e2027. https://doi.org/10.1002/rmv.2027.
  28. Духовлинов И.В., Богомолова Е.Г., Фёдорова Е.А., Симбирцев А.С. Исследование протективной активности кандидатной вакцины против ротавирусной инфекции на основе рекомбинантного белка FliCVP6VP8. Медицинская иммунология. 2016; 18(5): 417–24. https://doi.org/10.15789/1563-0625-2016-5-417-424.
  29. Choi A.H., McNeal M.M., Basu M., Flint J.A., Stone S.C., Clements J.D., et al. Intranasal or oral immunization of inbred and outbred mice with murine or human rotavirus VP6 proteins protects against viral shedding after challenge with murine rotaviruses. Vaccine. 2002; 20(27-28): 3310–21. https://doi.org/10.1016/s0264-410x(02)00315-8.
  30. McNeal M.M., Basu M., Bean J.A., Clements J.D., Lycke N.Y., Ramne A., et al. Intrarectal immunization of mice with VP6 and either LT(R192G) or CTA1-DD as adjuvant protects against fecal rotavirus shedding after EDIM challenge. Vaccine. 2007; 25(33):6224–31. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2007.05.065.
  31. Gill M.S., Lemey P., Faria N.R., Rambaut A., Shapiro B., Suchard M.A. Improving Bayesian population dynamics inference: a coalescent- based model for multiple loci. Mol. Biol. Evol. 2013; 30(3):713–24. https://doi.org/10.1093/molbev/mss265.
  32. Faria N.R., Suchard M.A., Abecasis A., Sousa J.D., Ndembi N., Camacho R.J., et al. Phylodynamics of the HIV-1 CRF02_AG clade in Cameroon. Infect. Genet. Evol. 2012; 12(2): 453–60. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2011.04.028.
  33. Rambaut A., Pybus O.G., Nelson M.I., Viboud C., Taubenberger J.K., Holmes E.C. The genomic and epidemiological dynamics of human influenza A virus. Nature. 2008; 453(7195): 615–9. https://doi.org/10.1038/nature06945
  34. Новикова Н.А., Епифанова Н.В., Фёдорова О.Ф. Цикличность эпидемического процесса ротавирусного гастроэнтерита и ее причины. В кн.: Материалы научной конференции «Новые технологии в профилактике, диагностике, эпиднадзоре и лечении инфекционных заболеваний». Н. Новгород; 2004: 74–7.
  35. Zeller M., Patton J.T., Heylen E., De Coster S., Ciarlet M., Van Ranst M., et al. Genetic analyses reveal differences in the VP7 and VP4 antigenic epitopes between human rotaviruses circulating in Belgium and rotaviruses in Rotarix and RotaTeq. J. Clin. Microbiol. 2012; 50(3): 966–76. https://doi.org/10.1128/JCM.05590-11.
  36. Morozova O.V., Sashina T.A., Fomina S.G., Novikova N.A. Comparative characteristics of the VP7 and VP4 antigenic epitopes of the rotaviruses circulating in Russia (Nizhniy Novgorod) and the Rotarix and RotaTeq vaccines. Arch. Virol. 2015; 160(7): 1693–703. https://doi.org/10.1007/s00705-015-2439-6.
  37. Motamedi-Rad M., Farahmand M., Arashkia A., Jalilvand S., Shoja Z. VP7 and VP4 genotypes of rotaviruses cocirculating in Iran, 2015 to 2017: Comparison with cogent sequences of Rotarix and RotaTeq vaccine strains before their use for universal mass vaccination. J. Med. Virol. 2020; 92(8): 1110–23. https://doi.org/10.1002/jmv.25642

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Морозова О.В., Сашина Т.А., Новикова Н.А., 2021

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах