Ревизия картографических знаков некоторых арбовирусов в связи с новыми данными по их таксономии

Полный текст

Картографирование - эффективный подход к анализу результатов экологовирусологических мониторинга природно-территориальных комплексов [1-10]. Наглядность такого способа представления данных существенно зависит от корректности выбора системы картографических знаков [11-15]. В работе [5] отечественными специалистами была впервые применена иероглифическая система картографических знаков для обозначения вирусов. Каждый такой знак содержит три информационных уровня: 1. семейство; 2. антигенная группа; 3. вирус. В табл. 1 представлены идентификаторы уровня семейства для наиболее распространённых семейств царства Virae на территории Северной Евразии. Перекрестие в нижней части идентификатора соответствует точке сбора полевого материала. Таблица 1. Картографические знаки для обозначения таксонов уровня семейства вирусов. Семейство Описание семейства Вид Bunyaviridae [16] ♦ Flaviviridae [17] ▲ Orthomyxoviridae [18] ■ Picornaviridae [19] ♦ Poxviridae [20] m Reoviridae [21] ш Togaviridae [22] T Картографический знак вирусов может включать только уровень семейства - например, в тех случаях, когда проведена лишь первичная идентификация вирусного штамма с помощью электронной микроскопии, или же анализируется распространение на некоторой территории всех вирусов, принадлежащих данному семейству, без дифференцировки по более мелким таксономическим группам. 55 Таблица 2. Картографические знаки для обозначения таксонов уровня группы вирусов. і и и О CLH Ка )тографический знак вводился ранее или вводится впервые название группы изображение введенні ранее (см. [1, 5, 6]) Крымской-Конго геморрагической лихорадки (CCHFV - Crimean-Congo hemorrhagic fever virus) ¥ 75 .§ è Сахалин (SAKV - Sakhalin virus) ? новая группа в результате уточнения таксономического статуса вируса Иссык-Куль -см. [26, 30] Иссык-Куль (ISKV - Issyk-Kul virus) ¥ новая группа в результате уточнения таксономического статуса вируса Арташат -см. [30, 39] Арташат (ARTSV - Artashat virus) ¥ Bunyaviridae новая группа в результате уточнения таксономического статуса вируса Тамды -см. [30, 37] Тамды (TAMV - Tamdy virus) ¥ 75 а І г і о введены ранее (см. [1, 5, 6]) Буньямвера (BUNV - Bunyamwera virus) ¥ Калифорнийского энцефалита (CEV - California encephalitis virus) ¥ новая группа (возможно - и новый род)в результате уточнения таксономического статуса вируса Хурдун - см. [24, 30]) Хурдун (KHURV - Khurdun virus) T 75 а > о :§ Д Си, введён ранее (см. [1, 5, 6]) Укуниеми (UUKV - Uukuniemi virus) ¥ новая группа в результате уточнения таксономического статуса вирусов Бханджа и Раздан - см. [25, 30] Бханджа (BHAV - Bhanja virus) ¥ Клещевого энцефалита (TBEV - tick-borne encephalitis virus) X 'ТЗ •g ■> ■> Д Д 75 а > ■> д д введены ранее (см. [1, 5, 6]) Тюлений (TYUV - Tyuleniy virus) X Японского энцефалита (JEV - Japanese encephalitis virus) X ранее не вводился, как малоиспользуемый; вводится в связи с уточнением таксономического положения вируса Сокулук - см. [30, 33]. Летучих мышей Энтеббе (EnTv - Entebbe bat virus) X Orthomyxoviridae 1 о "ti с/5 as я ^ н ранее не вводился, как малоиспользуемый; вводится в связи с уточнением таксономического положения вируса Баткен - см. [30, 36]. Дхори (DHOV - Dhori virus) ¥ сЗ ’й* С/5 6-§ СЗ =s > СУ ранее не вводился, как малоиспользуемый; вводится в связи с уточнением таксономического положения вируса Тюлёк - см. [30, 38] Кваранфил (QRFV - Quaranfil virus) ¥ 1) сЗ 'ТЗ :з ä а о о д 75 а > _о 'в сЗ и ранее не вводился, как малоиспользуемый; вводится в связи с уточнением таксономического положения вирусов Сихотэ-Алинь и лихорадки долины Сырдарьи - см. [30] Энцефаломиокардита (EMCV - encephalomyocarditis virus) T 'ТЗ :S > о 1) Р4 75 £ О введён ранее (см. [1, 5, 6]) Кемерово (KEMV - Kemerovo virus) ¥ D •3 •g ■> сЗ ОХ) о Н 75 ■а < введены ранее (см. [1, 5, 6]) Западного энцефаломиелита лошадей (WEEV - Western equine encephalomyelitis virus) ¥ Леса Семлики (SFV - Semliki Forest virus) ¥ 56 Таблица 3. Картографические знаки для арбовирусов, таксономическое положение которых было уточнено в 2012-2014 гг. [24-39]. Сем. Род Группа Вирус Картографический знак краткая историография изображение Bunyaviridae ьп а 2 0 ■Ь 1 Иссык-Куль Иссык-Куль (ISKV - Issyk-Kul virus) новый знак Сахалин Сахалин (SAKV - Sakhalin virus) впервые использованы в [5], затем - в [1, 6]. * Парамушир (PRMSV - Paramushir virus) ? Рукутама (RUKV - Rukutama virus) Арташат Арташат (ARTSV - Artashat virus) новый знак * Тамды Тамды (TAMV - Tamdy virus) новый знак ? '2 !г <5 а о •§ s< О Хурдун Хурдун (KHURV - Khurdun virus) новый знак t Ьп а ■Ь 2 о •с *5: Бханджа Бханджа (BHAV - Bhanja virus) новый знак Раздан (RAZV - Razdan virus) новый знак Укуниеми Гиссар (GSSRV - Gissar virus) новый знак ? Залив Терпения (ZTV - Zaliv Terpeniya virus) впервые использован в [5], затем -в [1, 6] ? Командоры (KOMV - Komandory virus) новый знак Хасан (KHAV - Khasan virus) новый знак; в [5] - в группе Сахалин ; в [1, 6] не использовался ? •S •§ к Flavivirus Клещевого энцефалита Алма-Арасан (AARV - Alma-Arasan virus) новый знак Летучих мышей Энтеббе Сокулук (SOKV - Sokuluk virus) в [5] отсутствует; вводится в [1, 6] % Тюлений Тюлений (TYUV - Tyuleniy virus) впервые использованы в [5], затем - в [1, 6] 1ÿ Кама (KAMV - Kama virus) Orthomyxoviridae ьп а ■Ь 2 о §? s Дхори Баткен (BKNV - Batken virus) новый знак; в [5] использован общий знак для «Баткен-Дхори» в группе Тогото ; в [1, 6] отсутствует Ï Ьп а 2 '5> а 5^ а s О) Кваранфил Тюлёк (TLKV - Tyulek virus) новый знак * 57 Picornaviridae ьп а 2 о б Энцефало миокардита Сихотэ-Алинь (SAV - Sikhote-Alin virus) в [5] - без указания группы; впервые вводится в [6]; используется в [1] т Лихорадки долины Сырдарьи (SDVFV - Syr-Darya Valley fever virus) в [5] не используется; впервые вводится в [6]; используется в [1] т :§ •S 2 о Orbivirus Кемерово Охотский (OKHV - Okhotskiy virus) впервые использован в [5], затем -в [1, 6] ЇГ Анива (ANIV - Aniva virus) * Баку (BAKV - Baku virus) в [5] не используется; впервые вводится в [6]; используется в [1] Вад-Медани (WMDV - Wad-Medany virus) * :§ •S 2 £ Alphavirus Западного энцефаломиелита лошадей Кызылагач (KYZV - Kyzylagach virus) используется знак для синонимичного вируса Синдбис . ^ В связи с изменением таксономического статуса вируса Хасан [27, 30], ранее использованный в [5] символ ▼ исключается из употребления в качестве картографического знака для этого вируса. В связи с уточнением таксономического статуса вирусов Баткен и Дхори [30, 36], ранее использованный в [5] для группы LBJ Тогото символ ■ теперь используется для группы Дхори (табл. 2). Подобно любым картографическим знакам [11], идентификаторы, представленные в табл. 1, имеют смысл лишь при правильном расположении картографического материала по линии север-юг в направлении сверху-вниз. В противном случае, семейства могут быть спутаны, так как, например, Bunyaviridae и Orthobunyaviridae изоморфны при повороте на 90°, Poxviridae и Reoviridae - на 180°, Flaviviridae и Togaviridae - на 180°. Кроме того, Bunyaviridae и Picornaviridae представляют собой ромбы, различаясь лишь значениями внутренних углов, что следует учитывать при различных видах картографического анаморфирования [13] (т.е. сначала проводить анаморфирование основного картографического слоя, и лишь затем накладывать смысловой слой неизменённых картографических знаков вирусов). По возможности идентификаторы уровня семейства окрашиваются в красный цвет, уровня группы - в синий, уровня вида - в зелёный (см. табл. 2-3), что облегчает их распознавание; однако это условие не является обязательным - знаки хорошо читаются и в чёрно-белом варианте, так как основное значение имеет форма идентификатора (что создаёт дополнительное удобство при копировании картографического материала). В связи с появлением в последнее десятилетие метагеномного подхода к секвенированию неизвестных нуклеотидных последовательностей [23], появилась возможность уточнить классификацию вирусов, изолированных ранее, когда молекулярно-генетические 58 методы ещё не достигли современного уровня совершенства. В частности, исследования в этом направлении проводятся под руководством академика РАН Д.К. Львова на базе Государственной Коллекции вирусов Российской Федерации при ФГБУ «НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского» Минздрава России. Первые же полученные данные [24-39] позволили в ряде случаев впервые установить, в ряде случаев - переопределить таксономическое положение некоторых арбовирусов, изолированных в рамках Программы по биобезопасности и изучения биоразнообразия в различных экосистемах Северной Евразии (1969-1986 гг.) [1-10]. Это потребовало ввести новые и провести ревизию существующих (см. в [5, 6]) картографических знаков. Результаты представлены в табл. 2 и табл. 3. C применением указанных знаков при составлении тематических карт можно ознакомиться в [1, 6].

Список литературы

Дополнительные файлы