Методы ПЦР в реальном времени для идентификации патогенных для человека вирусов натуральной оспы и оспы обезьян


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Предложен набор специфичных олигонуклеотидных праймеров и гибридизационных зондов для родовой идентификации ортопоксвирусов (ОПВ) и дифференциации таких патогенных для человека ОПВ, как вирусы натуральной оспы и оспы обезьян, с помощью TaqMan ПЦР в реальном времени. Для проведения ПЦР в реальном времени использовали следующие пары флюорофор-тушитель: для родоспецифичного зонда - TAMRA-BHQ2, для видоспецифичных зондов (вирус натуральной оспы, вирус оспы обезьян, вирус оспы мышей) - FAM-BHQ1. Аналитическая специфичность набора апробирована на примере 38 штаммов 6 видов ОПВ и составила 100%.

Список литературы

  1. Маренникова С. С., Щелкунов С. Н. Патогенные для человека ортопоксвирусы. - М., 1998.
  2. Михеев М. В., Фещенко М. В., Щелкунов С. Н. Филогенетический анализ гена хемокинсвязывающего белка ортопоксвирусов // Молекул. генетика. - 2004. - № 1. - С. 29-36.
  3. Рябинин В. А., Шундрин Л. А., Костина Е. В. и др. // Молекул. генетика. - 2006. - № 4. - С. 43-49.
  4. Breman J. G. Monkeypox: an emerging infection for humans? // Emerging infections 4 / Eds W. M. Scheld et al. - 2000. - P. 45-67.
  5. Breman J. G., Henderson D. A. Current concepts: diagnosis and management of smallpox // N. Engl. J. Med. - 2002. - Vol. 346. - P. 1300-1308.
  6. Carletti F., Di Caro A., Calcaterra S. et al. Rapid, differential diagnosis of orthopox- and herpesviruses based upon real-time PCR product melting temperature and restriction enzyme analysis of amplicons // J. Virol. Meth. - 2005. - Vol. 129, N 1. - P. 97-100.
  7. Douglass N. J., Richardson M., Dumbell K. R. Evidence for recent genetic variation in monkeypox viruses // J. Gen. Virol. - 1994. - Vol. 75. - P. 1303-1309.
  8. Ibrahim M. S., Esposito J. J., Jahrling P. B. et al. The potential of 5' nuclease PCR for detecting a single-base polymorphism in orthopoxvirus // Mol. Cell. Prob. - 1997. - Vol. 11. -P. 143-147.
  9. Ibrahim M. S., Kulesh D. A., Saleh S. S et al. Real-time PCR assay to detect smallpox virus // J. Clin. Microbiol. - 2003. - Vol. 41, N 8. - P. 3835-3839.
  10. Lewis-Jones S. Zoonotic poxvirus infections in humans // Curr. Opin. Infect. Dis. - 2004. - Vol. 17, N 2. - P. 81-89.
  11. Li Y., Olson V. A., Laue T. et al. Detection of monkeypox virus with real-time PCR assays // J. Clin. Virol. - 2006. - Vol. 36. - P. 194-203.
  12. Likos A. M., Sammons S. A., Olson V. A. et al. A tale of two clades: monkeypox viruses // J. Gen. Virol. - 2005. - Vol. 86. - P. 2661-2672.
  13. Nitsche A., Ellerbrok H., Pauli G. Detection of orthopoxvirus DNA by real-time PCR and identification of variola virus DNA by melting analysis // J. Clin. Microbiol. - 2004. - Vol. 42, N 3. - P. 1207-1213.
  14. Olson V. A., Laue Т., Laker M. T. et al. Real-time PCR system for detection of orthopoxviruses and simultaneous identification of smallpox virus // J. Clin. Microbiol. - 2004. - Vol. 42, N 5. - P. 1940-1946.
  15. Panning M., Asper M., Kramme S. et al. Rapid detection and differentiation of human pathogenic orthopox viruses by a fluorescence resonance energy transfer real-time PCR assay // Clin. Chem. - 2004. - Vol. 50, N 4. - P. 702-708.
  16. Ryabinin V. A., Shundrin L. A., Kostina E. V. et al. Microarray assay for detection and discrimination of Orthopoxvirus species // J. Med. Virol. - 2006. - Vol. 78, N 10. - P. 1325-1340.
  17. Shchelkunov S. N., Marennikova S. S., Moyer R. W. Orthopoxviruses pathogenic for humans. - New York, 2005.
  18. Spencer R. C., Lightfoot N. F. Preparedness and response to bioterrorism // J. Infect. 2001. - Vol. 43. - P. 104-110.
  19. Stephenson J. Monkeypox outbreak a reminder of emerging infections vulnerabilities // J. A. M. A. - 2003. - Vol. 290, N 1. - P. 23-24.
  20. Virus Taxonomy: The Classification and Nomenclature of Viruses // The Seventh report of the International committee on taxonomy of viruses. VII Report of the ICTV/ Eds M. H. V. Regenmortel et al. - San Diego, 2000.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Костина Е.В., Гаврилова Е.В., Рябинин В.А., Щелкунов С.H., Синяков А.Н., 2009

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах