Распределение потенциальных шпилечных структур в геноме ретровирусов крупного рогатого скота


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Определены инвертированные повторы, которые могут образовывать шпилечные (в геномной РНК) и крестообразные структуры (в провирусной ДНК) вирусов лейкоза (ВЛ) и иммунодефицита (ВИ) крупного рогатого скота (КРС). Созданы карты локализации шпилек (которые являются одной из цепей сигнальных механизмов функционирования генома) на геноме вирусов. Показано, что ретровирусы КРС - ВЛ КРС и ВИ КРС, имеющие длину геномов около 8,5 тыс. п. н., характеризуются различным количественным и качественным составом шпилечных структур. В геноме ВЛ КРС найдено 7 шпилек с энергией (-DG) свыше 10 ккал/моль, в геноме ВИ КРС - 18. Кроме того, в геноме ВИ КРС локализованы 3 термодинамически стабильные (т. е. детектируемые на модельных системах в экспериментах in vitro) шпильки (размер петли которых не превышает 6 нуклеотидов), 2 из которых являются совершенными. Однако в геноме ВЛ КРС термодинамически стабильные шпильки не обнаружены.

Список литературы

  1. Бродский Л. И., Драчев А. Л., Татузов Р. Л., Чумаков К. М. Пакет прикладных программ для анализа последовательностей биополимеров: GeneBee // Биополимеры и клетка. - 1991. - Т. 7, № 1. - С. 10-14.
  2. Зенгер В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот. - М., 1987.
  3. Лиманская О. Ю., Лиманский А. П. Визуализация элонгационных комплексов Т7 РНК-полимеразы с помощью атомно-силовой микроскопии // Молекул. биол. - 2008. - Т. 42, № 3. - С. 533-542.
  4. Лиманский А. П. Визуализация крестообразной структуры суперспиральной ДНК посредством атомно-силовой микроскопии // Биофизика. - 2000. - Т. 45, № 6. - С. 1039-1043.
  5. Лиманский А. П., Лиманская О. Ю., Волянский Ю. Л. Компьютерный анализ инвертированных повторов в геноме микобактерий туберкулеза // Журн. микробиол. - 2004. - № 5. - С. 48-52.
  6. Chatberg M. D., Englund P. T. The effect of template secondary structure on vaccinia DNA polymerase // J. Biol. Chem. - 1979. - Vol. 254. - P. 7820-7826.
  7. Gillet N., Florins A., Boxus M. Mechanisms of leukemogenesis induced by bovine leukemia virus: prospects for novel anti-retroviral therapies in human // Retrovirology. - 2007. - Vol. 4, N 18. - P. 1-32.
  8. Gonda M., Luther D., Fong S., Tobin J. Bovine immunodeficiency virus: molecular biology and virus-host interactions // Virus Res. - 1994. - Vol. 32, N 2. - P. 155-181.
  9. Kaguni L. S., Clayton D. A. Template-directed pausing in in vitro DNA synthesis by DNA polymerase a from Drosophila metanogaster embryos // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1982. - Vol. 79, N 4. - P. 983-987.
  10. Kang S., Ohshima K., Shimizu M. et al. Pausing of DNA synthesis in vitro at specific loci in CTG and CGG triplet repeats from human hereditary disease genes // J. Biol. Chem. - 1995. -Vol. 270, N 45. - P. 27014-27021.
  11. Kirn E., Peng H., Esparza F. et al. Cruciform-extruding regulatory element controls cell-specific activity of the tyrosine hydroxylase gene promoter // Nucl. Acids Res. - 1998. - Vol. 26, N 7. - P. 1793-1800.
  12. Komissarova N., Kashlev M. Transcriptional arrest: Escherichia coli RNA polymerase translocates backward, leaving the 3' end of the RNA intact and extruded // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1997. - Vol. 94, N 5. - P. 1755-1760.
  13. Palecek E. Local supercoil-stahilized DNA structures // Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. - 1991. - Vol. 26, N 2. - P. 151-226.
  14. Panayotatos N., Fontaine A. A native cruciform DNA structure probed in bacteria by recombinant T7 endonuclease // J. Biol. Chem. - 1987. - Vol. 262, N 23. - P. 11364-11368.
  15. Panyutin I., Klishko V., Lyamichev V. Kinetics of cruciform formation and stability of cruciform structure in superhelical DNA // J. Biomol. Struct. Dyn. - 1984. - Vol. 1, N 4. - P. 1311-1324.
  16. pGEMEX-l and pGEMEX-2 vectors // Techn. Bull., Promega. - 2000. - N 253. - P. 1-13.
  17. Santangelo T., Roberts J. Forward translocation is the natural pathway of RNA release at an intrinsic terminator // Mol. Cell. - 2004. - Vol. 14, N 1. - P. 117-126.
  18. Sherman L. A., Getter M. L. Studies of the mechanism of enzymatic DNA elongation by Escherichia coli DNA polymerase II // J. Mol. Biol. - 1976. - Vol. 103. - P. 61-76.
  19. Voineagu I., Narayanan V., Lobachev K., Mirkin S. Replication stalling at unstable inverted repeats: interplay between DNA hairpins and fork stabilizing proteins // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2008. - Vol. 105, N 29. - P. 9936-9941.
  20. Weaver D. T., DePamphilis M. L. Specific sequences in native DNA that arrest synthesis by DNA polymerase alpha // J. Biol. Chem. - 1982. - Vol. 257, N 4. - P. 2075-2086.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Лиманская О.Ю., Лиманский А.П., Limanskaya O.Y., Limansky A.P., 2009

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах