Отправить статью по E-mail Анализ изменчивости области V3 gpl20 у отдельных пациентовв когорте ВИЧ-инфицированных, имеющих единый источникзаражения
- Выпуск: Том 49, № 4 (2004)
- Страницы: 15-20
- Раздел: Статьи
- URL: https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/11854
- ID: 11854
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Проведено секвенирование участков генома ВИЧ-1, кодирующих область V3 др120 в материалах, собранных
от лиц, входящих в когорту инфицированных в ходе Ростовско-Элистинской вспышки и имеющих единственный источник заражения. Образцы были получены от 5 пациентов в 1992 и 2001 гг. В общей сложности
было проанализировано 27 последовательностей 1992 г. и 35 - 2001 г., от 2 до 8 для каждого пациента.
Установлено, что уровень изменчивости нуклеотидных последовательностей области V3 у отдельных пациентов в 1992 г. составлял 2,2% и возрос до 4,2% в образцах 2001 г. (р < 0,07).
Определены отношения количества синонимичных нуклеотидных замен к количеству несинонимичных
для области V3 др120. Среднее значение этого отношения для последовательностей области V3 др120
ВИЧ-1 в образцах 1992 г. составило 0,12, а в образцах 2001 г. - 0,23.
Получены данные, подтверждающие сделанные ранее при популяционном анализе предположения о направленности эволюции В-эпитопа V3 др120, которое выражается в замене исходной структуры LG в позициях 14 и 15, через промежуточные этапы, представленные структурами IG и FG, на структуру FA.
от лиц, входящих в когорту инфицированных в ходе Ростовско-Элистинской вспышки и имеющих единственный источник заражения. Образцы были получены от 5 пациентов в 1992 и 2001 гг. В общей сложности
было проанализировано 27 последовательностей 1992 г. и 35 - 2001 г., от 2 до 8 для каждого пациента.
Установлено, что уровень изменчивости нуклеотидных последовательностей области V3 у отдельных пациентов в 1992 г. составлял 2,2% и возрос до 4,2% в образцах 2001 г. (р < 0,07).
Определены отношения количества синонимичных нуклеотидных замен к количеству несинонимичных
для области V3 др120. Среднее значение этого отношения для последовательностей области V3 др120
ВИЧ-1 в образцах 1992 г. составило 0,12, а в образцах 2001 г. - 0,23.
Получены данные, подтверждающие сделанные ранее при популяционном анализе предположения о направленности эволюции В-эпитопа V3 др120, которое выражается в замене исходной структуры LG в позициях 14 и 15, через промежуточные этапы, представленные структурами IG и FG, на структуру FA.
Ключевые слова
Список литературы
- Покровский Э. В. Классификация ВИЧ-инфекции. М., 1989.
- Ромашкин П. А., Саухат С. Р., Шемшура А. Б. и др. Ретроспективный анализ популяционной изменчивости области V3 gpt20 в когорте ВИЧ-инфицированных, имеющих единый источник заражения // Вопр. вирусол. - 2003. - № 4. - С. 20-26.
- Семилетов Ю. А., Ржанинова А. А., Гараев М. М. Синтез и сравнительный анализ антигенной активности пептидов, соотвествующих различным геномным последовательностям гипервариабельной области V3 поверхностного гликопротеида gp 120 вируса иммунодефицита человека типа 19 1 // Биоорган, химия. - 1994. - Т. 20, № 8. - С. 1070-1079.
- Albert J., Fenyo Е. М. Simple, sensitive and specific detection of HIV-1 in clinical specimens by polymerase chain reaction with nested primers // J. Clin. Microbiol. - 1990. - Vol. 28. - P. 1560-1564. 13.
- Bieniasz P. D., Cullen B. R. Chemokine receptors and human immunodeficiency virus infection // Front. Biosci. - 1998. - Vol. 3, N 1. - P. 44-58.
- Cheingsong-Popov R., Bobkov A., Garaev M. et al. Identification of human immunodeficiency virus type 1 subtypes and their dis- tribution in the Commonwealth of independent States (formerSoviet Union) by serologic V3 peptidebinding assay and V3 sequence analysis // J. Infect. Dis. - 1993. - Vol. 168. - P. 292-297.
- Delward E. L., Sphaer E. G., McCutchan F. E. et al. Genetic relationships determined by a heteroduplex mobility assay: anal- ysis of HIV env genes // Science. - 1993. - Vol. 262. - P. 1257-1261. 17.
- Dragic T. An overview of the determinants of CCR5 and CXCR4 co-receptor function // J. Gen Virol. - 2001. - Vol. 82. - P. 1807-
- Hwang S. S., Byle T. J., Lyerly H. K., Cullen B. R. Identificationof the envelope V3 loop as the primary determinant of cell tropism in HIV-1 // Science. - 1991. - Vol. 253. - P. 71-73.
- Ish-Horowicz D., Burke J. F. Rapid and efficient cosmid vector cloning // Nucl. Acids Res. - 1981. - Vol. 9. - P. 2989.
- Ivanoff L. A., Dubay J. W., Morris J. F. et al. V3 loop region of the HIV-1 gp 120 envelope protein is essential for virus infectivity // Virology. - 1992. - Vol. 187. - P. 423-432.
- Lim H. M., Репе J. J. // Gene Anal. Techn. - 1988. - Vol. 5. - P. 32-39.
- Maniatis Т., Fritsch E. E., Sambruuk J. Molecular Cloning - A Laboratory Manual. - Cold Spring Harbor, 1982.
- O'Brien W., Koyanagi J., Namazie A. et al. HIV-1 tropism for mononuclear phagocytes can be determined by region of gp 120 outside the CD4-binding domain // Nature. - 1998. - Vol. 348. - P. 69-73.
- SengerF, Nicklen S., CoulsonA. R. DNA sequencing with chain terminating inhibitors // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1977. -Vol. 74. - P. 5463-5467.
- Shioda Т., Levy J. A., Cheng-Mayer С. Small amino acid changes in the V3 hipervariable region of gpl20 can affect the T-cell line and macrophage tropism of human immunodeficiency virus type 1 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1992. - Vol. 89. - P. 9434-9438.
- Westervelt P., Trowbrige D. В., Epstein L. G. et al. Macrophage tropism determinants of human immunodeficiency virus type 1 in vivo // J. Virol. - 1992. - Vol. 66. - P. 2577-2582.
Дополнительные файлы
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).