Отправить статью по E-mail Разработка набора реагентов "Амплисенс HCV-генотип" для определения субтипов 1а, 1Ь, 2а, За вируса гепатита С
- Выпуск: Том 48, № 3 (2003)
- Страницы: 45-48
- Раздел: Статьи
- URL: https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/11797
- ID: 11797
Цитировать
Полный текст
Аннотация
На основе результатов множественного выравнивания 119 нуклеотидных последовательностей изолятов вируса гепатита С (ВГС) выбраны типоспецифические праймеры к участку 5'-utr-core вирусного генома для выявления субтипов 1а, 1Ь, 2а, За. Разработан набор реагентов "Амплисенс HCV-генотип" для проведения амплификации кДНК ВГС с выбранными типоспецифическими праймерами и электрофореза в агарозном геле. В набор входят положительные контрольные образцы - клонированные в плазмидном векторе фрагменты геномов ВГС субтипов 1а, 1Ь, 2а, За. 440 образцов кДНК ВГС параллельно тестировали с использованием разработанного набора реагентов и согласно методике О. Ohno и соавт. В 336 случаях результаты совпали. В 4 образцах были получены дискордантные результаты. Секвенирование продуктов ПЦР и филогенетический анализ показали, что 1 образец принадлежал субтипу 4а, 2 - субтипу 2к и 1 - субтипуЗаг
Ключевые слова
Список литературы
- Львов Д. К., Дерябин П. Г. Географическое распространение вируса гепатита С и его генотипов // Вопр. вирусол. - 1997. -№5. -С. 196-199.
- Шустов А. В., Мишин В. П., Максютов А. 3. и др. Маркеры вируса гепатита С и различных его генотипов у пациентов Новосибирска // Там же. - 2000. - № 6. - С. 22-27.
- Buoro S., Pizzigheila S., Boschetlo R. et al. Typing of hepatitis С virus by a new method based on restriction fragment length polymorphism // Intervirology. - 1999. - Vol. 42, N I. - P. 1-8.
- Lareu R. R., Swanson N. R., Fox S. A. Rapid and sensitive genotyping of hepatitis С virus by single-strand conformation polymorphism // J. Virol. Meth. - 1997. - Vol. 64, N 1. P. 11-18.
- Ohno O., Mizokami M., Wu R. R. et al. New hepatitis С virus (HCV) genotyping system that allows for identification of HCV genotypes la, lb, 2a, 2b, 3a, 3b, 4, 5a, and 6a // J. Clin. Microbiol. - 1997. - Vol. 35, N 1. - P. 201-207.
- Okamoto H., Kobata S., Tokita H. et al. A second-generation method of genotyping hepatitis С virus by the polymerase chain reaction with sense and antisense primers deduced from the core gene // J. Virol. Meth. - 1996. - Vol. 57, N 1. - P. 31-45.
- Rodrigo A. G., Goracke P. C., Rowhanian K., Mullins J. I. Quantitation of target molecules from polymerase chain reactionbased limiting dilution assay // AIDS Res. Hum. Retrovirus. - 1997. - Vol. 13, N 9. - P. 737-742.
- Stuyver L., Wyseur A., van Arnhem W. et al. Second-generation line probe assay for hepatitis С virus genotyping // J. Clin. Microbiol. - 1996. - Vol. 34, N 9. - P. 2259-2266.
- Widell A., Shev S., Mansson S. et al. Genotyping of hepatitis С vims isolates by a modified polymerase chain reaction assay using type specific primers: epidemiological applications // J. Med. ViroJ. - 1994. - Vol. 44, N 3. - P. 272-279.
Дополнительные файлы
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).