Ретроспективный анализ популяционной изменчивости области V3 др120 в когорте ВИЧ-инфицированных, имеющих единый источник заражения


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Проведено секвенирование участков генома ВИЧ-1, кодирующих область V3 др120 в материалах, собранных от лиц, входящих в когорту инфицированных в ходе Ростовско-Элистинской вспышки и имеющих единственный источник заражения. Образцы были получены в 1991-1992 гг. (10 образцов) и в 2000-2001 гг. (16 образцов), что составляет 8 и 13% соответственно от общего числа пациентов, инфицированных к началу 1990 г. Установлено, что уровень популяционной изменчивости аминокислотных последовательностей области V3 в 1991- 1992 гг. составлял 5,2% и возрос до 9,1% в образцах 2000-2001 гг. При сравнении аминокислотных консенсусных последовательностей области V3, полученных для популяции в 1991-1992 и 2000-2001 гг., были обнаружены следующие аминокислотные замены: в позиции 13-S на Н, в позиции 14 - L на F, в позиции 20 - F на L и в позиции 22 - Т на А. Анализ последовательностей В-эпитопа V3 позволил установить, что основное направление его эволюции выражается в реципрокных заменах L на F в позиции 14 и F на L в позиции 20. Эти замены обеспечивают дальнейшее изменение в "верхушке" УЗ-петли с GPG на APG.

Список литературы

  1. Семилетов Ю. А., Ржанинова А. А., Гараев М. М. Синтез и сравнительный анализ антигенной активности пептидов, соответствующих различным геномным последовательностям гипервариабельной области V3 поверхностного гликопротеида gp 120 вируса иммунодефицита человека типа 1 // Биоорган. химия. - 1994. - Т. 20, № 8. - С. 1070- 1079.
  2. Albert J., Fenyo E. M. Simple, sensitive and specific detection of HIV-1 in clinical specimens by polymerase chain reaction with nested primers // J. Clin. Microbiol. - 1990. - Vol. 28. - P. 1560-1564.
  3. Bieniasz P. D., Cullen B. R. Chemokine receptors and human immunodeficiency virus infection // Front. Biosci. - 1998. - Vol. 3, N 1. - P. 44-58.
  4. Bobkov A., Garaev M. M., Rzhaninova A. et al. Molecular epidemiology of HIV-1 in the former Soviet Union: analysis of env V3 sequences and their correlation with epidemiologic date // AIDS. - 1994. - Vol. 8. - P. 619-624.
  5. Bobkov A., Cheingsong-Popov R., Garaev M. et al. Identification of an env G subtype and heterogeneity of HIV-1 strains in the Russian Federation and Belarus // Ibid. - 1649-1655.
  6. Cheingsong-Popov R., Bobkov A., Garaev M. et al. Identification of human immunodeficiency virus type 1 subtypes and their distribution in the Commonwealth of independent States (former Soviet Union) by serologic V3 peptide-binding assays and V3 sequence analysis // J. Infect. Dis. - 1993. - Vol. 168. - P. 292-297.
  7. Dehvard E. L., Sphaer E. G., McCutchan F. E. et al. Genetic relationships determined by a heteroduplex mobility assay: analysis of HIV env genes // Science. - 1993. - Vol. 262. P. 1257-1261.
  8. Einstein A. An overview of the determinants of CCR5 and CXCR4 co-receptor function // J. Gen. Virol. - 2001. - Vol. 82. - P. 1807-1814.
  9. Hwang S. S., Byle T. J., Lyerly H. K., Cullen B. R. Identification of the envelope V3 loop as the primary determinant of cell tropism in HIV-1 // Science. - 1991. - Vol. 253. - P. 71-73.
  10. Ivanoff L. A., Dubay J. W., Morris J. F. et al. V3 loop region of the HIV-1 gp 120 envelope protein is essential for virus infectivity // Virology. - 1992. - Vol. 187. - P. 423-432.
  11. de Jong J. The V3 domain of HIV-1: role in syncytium formation, replication and antigenicity. - Amsterdam, 1994.
  12. Kwong P. D., Wyatt R., Robinson J. et al. Structure of an HIV gpl20 envelope glycoprotein in complex with the CD4 receptor and a neutralizing human antibody // Nature. - 1998. - Vol. 393. - P. 648-659.
  13. McNeamey Т., Hornickova Z., Markham R. et al. Relationship of human immunodeficiency vims type 1 sequence heterogeneity to stage of disease // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1992. - Vol. 89. - P. 10247-10251.
  14. O'Brien W., Koyanagi Y., Namazie A. et al. HIV-1 tropism for mononuclear phagocytes can be determined by region of gp 120 outside the CD4-binding domain // Nature. - 1998. - Vol. 348. - P. 69-73.
  15. Pokrovski V. V., Eramova I. U., Deulina M. O. et al. Outbreak of hospital infection caused by human immunodeficiency virus (HIV) in Elista (in Russian) // J. Microbiol. Epidemiol. Immunobiol. - 1990. - Vol. 4. - P. 17-23.
  16. Reddy R. Т., Achim C. L., Sirko D. A. et al. Sequence analysis of the V3 loop in brain and spleen of patients with HIV encephalitis // AIDS Res. Hum. Retrovirus. - 1996. - Vol. 12, N 6. - P. 477-482.
  17. Shioda Т., Levy J. A., Cheng-Mayer С. Small amino acid changes in the V3 hypervariable region of gpl20 can affect the T-cellline and macrophage tropism of human immunodeficiency virus type 1 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1992. - Vol. 89. P. 9434-9438.
  18. Smith D. В., McAllister J., Casino C., Simmonds P. Virus "quasispecies": making a mountain out of a molehill? // J. Gen. Virol. - 1997. - Vol. 78. - P. 1511-1519.
  19. Westervelt P., Trowbrige D. В., Epstein L. G. et al. Macrophage tropism determinants of human immunodeficiency virus type 1 in vivo // J. Virol. - 1992. - Vol. 66. - P. 2577-2582.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Ромашкин П.А., Саухапт С.Р., Шемшура А.Б., Пазилин А.С., Матяш Е.В., Гараев М.М., 2003

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ПИ № ФС77-77676 от 29.01.2020.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах