Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology1682610.36233/0507-4088-359gfdgglORIGINAL RESEARCHESОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯResearch ArticlePolymorphisms in the LMP1 gene in patients with gastric cancer associated with Epstein–Barr virus (Orthoherpesviridae: Gammaherpesvirinae: Lymphocryptovirus: Lymphocryptovirus humangamma 4)Полиморфизм гена LMP1 у больных раком желудка, ассоциированным с вирусом Эпштейна–Барр (Orthoherpesviridae: Gammaherpesvirinae: Lymphocryptovirus: Lymphocryptovirus humangamma 4)https://orcid.org/0009-0004-0249-4574VasilyevaAlexandra S.ВасильеваАлександра Сергеевна
Russian Federation

Junior Researcher, Laboratory of Biology of Virus-Associated Tumors, Department of Experimental Tumor Biology, Research Institute of Experimental Oncology and Carcinogenesis, N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology of the Ministry of Health of the Russian Federation; Laboratory of RNA-Containing Viruses I.I. Mechnikov Research Institute of Vaccines and Sera

младший научный сотрудник лаборатории биологии вирус-ассоциированной опухоли, отдела экспериментальной биологии опухоли НИИ экспериментальной онкологии и канцерогенеза ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России; лаборатории РНК-содержащих вирусов ФГБНУ «НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова»

vasilyevaalex23@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-2397-0304MargushevaAlina A.МаргушеваАлина Альбертовна
Russian Federation

Postgraduate Student, Department of Antitumor Drug Therapy No. 2

аспирант отделения противоопухолевой лекарственной терапии № 2

a.margusheva@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-5229-2285MolchanovArtem D.МолчановАртем Дмитриевич
Russian Federation

Junior Researcher, Laboratory of Biology of Virus-Associated Tumors, Department of Experimental Tumor Biology, Research Institute of Experimental Oncology and Carcinogenesis; Postgraduate Student N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology of the Ministry of Health of the Russian Federation

младший научный сотрудник лаборатории биологии вирус-ассоциированной опухоли, отдела экспериментальной биологии опухоли НИИ экспериментальной онкологии и канцерогенеза; аспирант ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России

m.artem.aug@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-4212-5093RtishchevArtem A.РтищевАртем Андреевич
Russian Federation

Researcher, Laboratory of RNA-Containing Viruses

научный сотрудник лаборатории РНК-содержащих вирусов

rtishchevartyom@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-5803-6263CherepovichBogdan S.ЧереповичБогдан Сергеевич
Russian Federation

Candidate of Medical Sciences, Junior Researcher, Laboratory of RNA-Containing

канд. мед. наук, младший научный сотрудник лаборатории РНК-содержащих вирусов

bogdancherepovich@mail.ruhttps://orcid.org/0009-0001-4657-382XDomanskayaValeria A.ДоманскаяВалерия Александровна
Russian Federation

Research Laboratory Assistant, Laboratory of Biology of Virus-Associated Tumors, Department of Experimental Tumor Biology, Research Institute of Experimental Oncology and Carcinogenesis; Student N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology of the Ministry of Health of the Russian Federation

лаборант-исследователь лаборатории биологии вирус-ассоциированной опухоли, отдела экспериментальной биологии опухоли НИИ экспериментальной онкологии и канцерогенеза; студент ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России

vadlab@list.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1840-4364GurtsevichVladimir E.ГурцевичВладимир Эдуардович
Russian Federation

Chief Scientific Consultant, Doctor of Medical Sciences, Professor, Laboratory of Biology of Virus-Associated Tumors, Department of Experimental Tumor Biology, Research Institute of Experimental Oncology and Carcinogenesis

главный научный консультант, д-р мед. наук, профессор лаборатории биологии вирус-ассоциированной опухоли, отдела экспериментальной биологии опухоли НИИ экспериментальной онкологии и канцерогенеза

gurtsevitch-vlad-88@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0001-6209-977XSmirnovaKsenia V.СмирноваКсения Валерьевна
Russian Federation

Candidate of Biological Sciences, Head of the Laboratory of Biology of Virus-Associated Tumors, Department of Experimental Tumor Biology, Research Institute of Experimental Oncology and Carcinogenesis

канд. биол. наук, заведующая лаборатории биологии вирус-ассоциированной опухоли, отдела экспериментальной биологии опухоли НИИ экспериментальной онкологии и канцерогенеза

skv.lab@yandex.ruN.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology, Ministry of Health of RussiaФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава РоссииI.I. Mechnikov Research Institute of Vaccines and SerumsФГБНУ «Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова»I.M. Sechenov First Moscow State Medical University (Sechenov University), Ministry of Health of RussiaФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» Минздрава России (Сеченовский Университет)23032026711627212112025Copyright ©; 2026, Vasilyeva A.S., Margusheva A.A., Molchanov A.D., Rtishchev A.A., Cherepovich B.S., Domanskaya V.A., Gurtsevich V.E., Smirnova K.V.Copyright ©; 2026, Васильева А.С., Маргушева А.А., Молчанов А.Д., Ртищев А.А., Черепович Б.С., Доманская В.А., Гурцевич В.Э., Смирнова К.В.2026Vasilyeva A.S., Margusheva A.A., Molchanov A.D., Rtishchev A.A., Cherepovich B.S., Domanskaya V.A., Gurtsevich V.E., Smirnova K.V.Васильева А.С., Маргушева А.А., Молчанов А.Д., Ртищев А.А., Черепович Б.С., Доманская В.А., Гурцевич В.Э., Смирнова К.В.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/16826

Introduction. Epstein–Barr virus (EBV) is a widespread gamma-herpesvirus associated with a number of malignancies, including nasopharyngeal carcinoma and gastric cancer (GC/EBV+). The primary oncogenic protein of EBV is latent membrane protein 1 (LMP1). Genetic variability of the LMP1 protein affects its oncogenic activity and clinical manifestations.

Objective. To investigate the optimal threshold value for EBV viral load, determine the correlation between high viral load and the detection of the LMP1 gene in the blood of patients with GC/EBV+, and to identify mutations in the C-terminal domains of the LMP1 gene that may affect protein function.

Materials and methods. Total DNA was extracted from 227 blood samples of GC patients. The LMP1 gene was amplified using nested PCR. EBV DNA viral load in blood samples was analyzed by qPCR, followed by receiver operating characteristic (ROC) analysis and interquartile range (IQR) assessment. A selection criterion for positive DNA samples (EBV+) was established based on the mean viral load and ROC threshold.

Results. ROC curve analysis and descriptive statistics identified 23 EBV-positive (EBV+) DNA samples, with the following results: AUC (area under the curve) = 0.83, optimal threshold 526.92 copies/reaction, sensitivity 0.69, specificity 0.87, and mean viral load: 513.5 copies/reaction. A statistically significant association was found between detection of the LMP1 gene in the blood and viral load level (χ2 test p = 0.018; Mann–Whitney U test p < 0.0001). Additionally, synonymous and nonsynonymous mutations were identified in regions of LMP1 gene coding the C-terminal activating domains (CTAR1 and CTAR2).

Conclusion. The findings highlight the heterogeneous molecular nature of EBV-associated gastric cancer, including genetic mutations in the LMP1 gene.

Введение. Вирус Эпштейна–Барр (ВЭБ) – широко распространенный гамма-герпесвирус, ассоциированный с рядом злокачественных новообразований, включая рак носоглотки и рак желудка (РЖ/ВЭБ+). Основным онкогенным белком ВЭБ является латентный мембранный белок 1 (LMP1). Генетическая вариабельность белка LMP1 влияет на его онкогенную активность и клинические проявления.

Цель. Выяснить оптимальное пороговое значение вирусной нагрузки ВЭБ, определить наличие в образцах крови больных РЖ/ВЭБ+ корреляции между высокой вирусной нагрузкой и амплификацией гена LMP1, а также выявить наличие мутаций в C-терминальных доменах гена LMP1, способных изменять функции белка.

Материалы и методы. Исследовали тотальную ДНК, выделенную из 227 образцов крови больных раком желудка. Ген LMP1 амплифицировали методом гнездовой полимеразной цепной реакции (ПЦР). Вирусную нагрузку ДНК ВЭБ в образцах крови анализировали методом количественной ПЦР с последующим проведением ROC-анализа (receiver operating characteristic) и расчета интерквартильного размаха (IQR), где на основе среднего значения вирусной нагрузки и ROC-порога был установлен критерий отбора положительных образцов ДНК ВЭБ (ВЭБ+).

Результаты. Анализ ROC-кривой и описательной статистики позволил выделить 23 ВЭБ+ образца ДНК на основании результатов: AUC (площадь под кривой) = 0,83, оптимального порога 526,92 копии/реакция, чувствительности 0,69, специфичности 0,87 и среднего значения вирусной нагрузки 513,5 копии/реакция. Выявлена статистически значимая связь между амплификацией гена LMP1 в крови и уровнем вирусной нагрузки (критерий χ² p = 0,018; U-критерий Манна–Уитни p < 0,0001). Кроме того, идентифицированы синонимичные и несинонимичные мутации в C-терминальных активирующих доменах (CTAR1 и CTAR2) белка LMP1.

Заключение. Полученные результаты указывают на гетерогенную молекулярную природу РЖ/ВЭБ+, включая генетические мутации в LMP1.

Epstein–Barr virusEBV-associated gastric cancer (GC/EBV+)LMP1 (latent membrane protein 1)malignant tumorspolymerase chain reaction (PCR)sequence analysisвирус Эпштейна–Барр (ВЭБ)ВЭБ-ассоциированный рак желудка (РЖ/ВЭБ+)LMP1 (латентный мембранный белок 1)злокачественные опухолиполимеразная цепная реакция (ПЦР)сиквенсный анализMinistry of Health of the Russian FederationМинистерство здравоохранения Российской Федерации2026-9The work was carried out with the support of the Ministry of Health of the Russian Federation, project No. 2026-9 "Development of New Approaches to Targeted Degradation of Oncoproteins in Cells of Resistant Neoplasms (2026–2028)".Работа выполнена при поддержке Министерства здравоохранения Российской Федерации, проект №2026-9 «Разработка новых подходов к направленной деградации онкобелков в клетках резистентных новообразований (2026–2028 гг.)».Chen M.R. Epstein-Barr virus, the immune system, and associated diseases. Front. Microbiol. 2011; 2: 5. https://doi.org/10.3389/fmicb.2011.00005Bouvard V., Baan R., Straif K., Grosse Y., Secretan B., El Ghissassi F., et al. A review of human carcinogens – Part B: biological agents. Lancet Oncol. 2009; 10(4): 321–2. https://doi.org/10.1016/s1470-2045(09)70096-8Damania B., Kenney S.C., Raab-Traub N. Epstein-Barr virus: Biology and clinical disease. Cell. 2022; 185(20): 3652–70. https://doi.org/10.1016/J.CELL.2022.08.026Young L.S., Rickinson A.B. Epstein-Barr virus: 40 years on. Nat. Rev. Cancer. 2004; 4(10): 757–68. https://doi.org/10.1038/NRC1452Wang L., Ning S. New look of EBV LMP1 signaling landscape. Cancers (Basel). 2021; 13(21): 5451. https://doi.org/10.3390/cancers13215451Chen J., Hu C.F., Hou J.H., Shao Q., Yan L.X., Zhu X.F., et al. Epstein-Barr virus encoded latent membrane protein 1 regulates mTOR signaling pathway genes which predict poor prognosis of nasopharyngeal carcinoma. J. Transl. Med. 2010; 8: 30. https://doi.org/10.1186/1479-5876-8-30Miller W.E., Edwards R.H., Walling D.M., Raab-Traub N. Sequence variation in the Epstein-Barr virus latent membrane protein 1. J. Gen. Virol. 1994; 75(Pt. 10): 2729–40. https://doi.org/10.1099/0022-1317-75-10-2729Edwards R.H., Seillier-Moiseiwitsch F., Raab-Traub N., Signature amino acid changes in latent membrane protein 1 distinguish Epstein-Barr virus strains. Virology. 1999; 261(1): 79–95. https://doi.org/10.1006/viro.1999.9855Mainou B.A., Raab-Traub N. LMP1 strain variants: biological and molecular properties. J. Virol. 2006; 80(13): 6458–68. https://doi.org/10.1128/JVI.00135-06Gantuz M., Lorenzetti M.A., Chabay P.A., Preciado M.V. A novel recombinant variant of latent membrane protein 1 from Epstein Barr virus in Argentina denotes phylogeographical association. PLoS One. 2017; 12(3): e0174221. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0174221Gurtsevitch V.E., Senyuta N.B., Ignatova A.V., Lomaya M.V., Kondratova V.N., Pavlovskaya A.I., et al. Epstein-Barr virus biomarkers for nasopharyngeal carcinoma in non-endemic regions. J. Gen. Virol. 2017; 98(8): 2118–27. https://doi.org/10.1099/jgv.0.000889Shao J.Y., Li Y.H., Gao H.Y., Wu Q.L., Cui N.J., Zhang L., et al., Comparison of plasma Epstein-Barr virus (EBV) DNA levels and serum EBV immunoglobulin A/virus capsid antigen antibody titers in patients with nasopharyngeal carcinoma. Cancer. 2004; 100(6): 1162–70. https://doi.org/10.1002/CNCR.20099Lo Y.M., Chan L.Y., Chan A.T., Leung S.F., Lo K.W., Zhang J., et al., Quantitative and temporal correlation between circulating cell-free Epstein-Barr virus DNA and tumor recurrence in nasopharyngeal carcinoma. Cancer Res. 1999; 59(21): 5452–5.Smirnova K.V., Senyuta N.B., Botezatu I.V., Dushenkina T.E., Lubenskaya A.K., Frolovskaya A.A., et al., Epstein–Barr virus in the ethnic Tatars population: the infection and sequence variants of LMP1 oncogene. Uspekhi molekulyarnoi onkologii. 2018; 5(3): 65–74. https://doi.org/10.17650/2313-805X-2018-5-3-65-74 https://elibrary.ru/vloxpu (in Russian)Смирнова К.В., Сенюта Н.Б., Ботезату И.В., Душенькина Т.Е., Лубенская А.К., Фроловская А.А. и др. Вирус Эпштейна–Барр у этнических татар: инфицированность и сиквенсные варианты онкогена LMP1. Успехи молекулярной онкологии. 2018; 5(3): 65–74. https://doi.org/10.17650/2313-805X-2018-5-3-65-74 https://elibrary.ru/vloxpuEdwards R.H., Seillier-Moiseiwitsch F., Raab-Traub N. Signature amino acid changes in latent membrane protein 1 distinguish Epstein-Barr virus strains. Virology. 1999; 261(1): 79–95. https://doi.org/10.1006/viro.1999.9855Luo B., Wang Y., Wang X.F., Liang H., Yan L.P., Huang B.H., et al. Expression of Epstein-Barr virus genes in EBV-associated gastric carcinomas. World J. Gastroenterol. 2005; 11(5): 629–33. https://doi.org/10.3748/wjg.v11.i5.629Sharma Y., Miladi M., Dukare S., Boulay K., Caudron-Herger M., Groß M., et al. A pan-cancer analysis of synonymous mutations. Nat. Commun. 2019; 10(1): 2569. https://doi.org/10.1038/s41467-019-10489-2Higuchi M., Izumi K.M., Kieff E. Epstein–Barr virus latent-infection membrane proteins are palmitoylated and raft-associated: Protein 1 binds to the cytoskeleton through TNF receptor cytoplasmic factors. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2001; 98(8): 4675–80. https://doi.org/10.1073/pnas.081075298Dawson C.W., Tramountanis G., Eliopoulos A.G., Young L.S. Epstein-Barr virus latent membrane protein 1 (LMP1) activates the phosphatidylinositol 3-kinase/Akt pathway to promote cell survival and induce actin filament remodeling. J. Biol. Chem. 2003; 278(6): 3694–704. https://doi.org/10.1074/jbc.m209840200Mainou B.A., Everly D.N. Jr., Raab-Traub N. Epstein-Barr virus latent membrane protein 1 CTAR1 mediates rodent and human fibroblast transformation through activation of PI3K. Oncogene. 2005; 24(46): 6917–24. https://doi.org/10.1038/sj.onc.1208846Izumi K.M., Kieff E.D. The Epstein-Barr virus oncogene product latent membrane protein 1 engages the tumor necrosis factor receptor-associated death domain protein to mediate B lymphocyte growth transformation and activate NF-kappaB. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1997; 94(23): 12592–7. https://doi.org/10.1073/PNAS.94.23.12592Mainou B.A., Everly D.N., Raab-Traub N. Unique signaling properties of CTAR1 in LMP1-mediated transformation. J. Virol. 2007; 81(18): 9680–92. https://doi.org/10.1128/jvi.01001-07