Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology1682510.36233/0507-4088-358dsmlnaORIGINAL RESEARCHESОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯResearch ArticleDetection of Yezo virus (Nairoviridae, Orthonairovirus, Orthonairovirus yezoense) circulation in Ixodes persulcatus ticks in the Amur Region, RussiaВыявление циркуляции Yezo virus (Nairoviridae, Orthonairovirus, Orthonairovirus yezoense) в клещах Ixodes persulcatus на территории Амурской областиhttps://orcid.org/0000-0002-7857-6822KartashovMikhail Yu.КарташовМихаил Юрьевич
Russian Federation

Ph.D. (Biol.), Leading Researcher, Head of the Molecular Diagnostics Sector

канд. биол. наук, ведущий научный сотрудник отдела молекулярной вирусологии, заведующий сектором молекулярной диагностики

mikkartash@yandex.ruhttps://orcid.org/0009-0005-8148-5242KurushinaValentina Yu.КурушинаВалентина Юрьевна
Russian Federation

Junior Researcher, Department of Molecular Virology

стажер-исследователь отдела молекулярной вирусологии

kurushina.valenti@gmail.comhttps://orcid.org/0009-0006-1252-9616ZheleznovaAlina S.ЖелезноваАлина Сергеевна
Russian Federation

Junior Researcher, Department of Molecular Virology

стажер-исследователь отдела молекулярной вирусологии

zheleznova_as@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0001-9083-1649SvirinKirill A.СвиринКирилл Андреевич
Russian Federation

Junior Researcher, Department of Molecular Virology

младший научный сотрудник отдела молекулярной вирусологии

svirin_ka@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0001-5181-0415MaterikinaEkaterina I.МатерикинаЕкатерина Ильинична
Russian Federation

Researcher, Department of Molecular Virology

научный сотрудник отдела молекулярной вирусологии

katr962@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1275-171XTernovoiVladimir A.ТерновойВладимир Александрович
Russian Federation

Ph.D. (Biol.), Leading Researcher, Head of the Laboratory of Molecular Epidemiology

канд. биол. наук, ведущий научный сотрудник отдела молекулярной вирусологии, заведующий лабораторией молекулярной эпидемиологии

tern@vector.nsc.ruState Research Center of Virology and Biotechnology «Vector»ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор)23032026711536112112025Copyright ©; 2026, Kartashov M.Y., Kurushina V.Y., Zheleznova A.S., Svirin K.A., Materikina E.I., Ternovoi V.A.Copyright ©; 2026, Карташов М.Ю., Курушина В.Ю., Железнова А.С., Свирин К.А., Материкина Е.И., Терновой В.А.2026Kartashov M.Y., Kurushina V.Y., Zheleznova A.S., Svirin K.A., Materikina E.I., Ternovoi V.A.Карташов М.Ю., Курушина В.Ю., Железнова А.С., Свирин К.А., Материкина Е.И., Терновой В.А.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/16825

Introduction. The unfavorable epidemiological situation with viral tick-borne infections can be characterized not only by an increase in the incidence of «classical», well-known diseases, but also by the discovery of new pathogens, the role of which remains poorly understood. Yezo virus (YEZV) belongs to the group of recently discovered tick-borne nairoviruses. YEZV circulation is characteristic of Japan, China, and a number of regions in Russia (Primorsky, Khabarovsk, and Zabaykalsky Krais; Tomsk Oblast).

The aim of the study was to screen and characterize the molecular genetics of YEZV isolated from ticks in the Amur region.

Materials and methods. In the study, 704 individual tick samples (463 I. persulcatus ticks and 241 H. concinna ticks) collected from vegetation in 15 locations in 5 districts of the Amur Region were analyzed for the presence of YEZV RNA. Full-length genomic sequencing of the identified YEZV genetic variant was performed by preliminary enrichment of YEZV cDNA using multiplex PCR with a primer panel developed by us.

Results. The YEZV infection rate in the studied sample of I. persulcatus ticks was 0.2% (1/463; 95% CI: 0.1–1.2).

Conclusion. The results of this study expand our understanding of the spread of YEZV in Russia. Up-to-date information on the circulation and genetic diversity of nairoviruses that pose a potential threat to humans and animals contributes to the regulation and adjustment of preventive and anti-epidemic measures, as well as the implementation of adequate region-oriented laboratory diagnostics of IPK in the Far East, and especially in areas bordering China.

Введение. Неблагополучная эпидемиологическая ситуация с вирусными инфекциями, переносимыми клещами (ИПК), может характеризоваться не только ростом встречаемости уже известных заболеваний, но и выявлением новых возбудителей, роль которых пока остается малоизученной. К группе недавно открытых наировирусов, переносимых клещами, относится Yezo virus (YEZV). Циркуляция YEZV характерна для Японии, Китая и ряда регионов России (Приморский, Хабаровский, Забайкальский края, Томская область).

Цель работысостояла в доказательстве циркуляции на территории Амурской области недавно открытого наировируса - YEZV, а также его молекулярно-генетической характеристике путем определения полногеномной нуклеотидной последовательности выявленного генетического варианта YEZV.

Материалы и методы. В исследовании на наличие РНК YEZV проанализированы 704 индивидуальные пробы клещей (463 клеща вида Ixodes persulcatus и 241 клещ вида Haemaphysalis concinna), отловленных с растительности в 15 локациях, расположенных в 5 районах Амурской области. Проведено секвенирование полноразмерной геномной последовательности выявленного генетического варианта YEZV путем предварительного обогащения кДНК YEZV методом мультиплексной полимеразной цепной реакции с использованием разработанной нами панели праймеров.

Результаты. Уровень инфицированности YEZV в исследуемой выборке клещей I. persulcatus составил 0,2% (1/463; 95% ДИ 0,1–1,2).

Заключение. Полученные данные расширяют представления о распространении YEZV на территории России. Актуальная информация о циркуляции и генетическом разнообразии наировирусов, представляющих потенциальную опасность для человека и животных, способствует регулированию и корректировке профилактических и противоэпидемических мероприятий, а также проведению адекватной регионально-ориентированной лабораторной диагностики ИПК на территории Дальнего Востока, и прежде всего в приграничных с Китаем областях.

OrthonairovirusYezo virusYEZVixodid ticksAmur Regionнаировирусывирус ЙезоYEZVиксодовые клещиАмурская областьMinistry of Science and Higher Education of the Russian FederationМинистерство науки и высшего образования Российской Федерации075-15-2025-526This study was supported by the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation (agreement No. 075-15-2019-1665).Исследование было выполнено при поддержке Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (соглашение № 075-15-2025-526).Georgakopoulou V.E., Taskou C., Sarantaki A., Spandidos D.A., Gourounti K., Chaniotis D., et al. Vector-borne infectious diseases in pregnancy in the era of climate change: a focus on mosquito- and tick-borne pathogens (review). Exp. Ther. Med. 2025; 30(3): 174. https://doi.org/10.3892/etm.2025.12924Ren M., Pang Z., Tu Y., Wang A., Xu T., Yu X., et al. Alongshan virus: an emerging arboviral challenge in regional health security. Virulence. 2025; 16(1): 2492360. https://doi.org/10.1080/21505594.2025.2492360Sun H., Hu Q., Lu S., Yang Y., Zhang L., Long J., et al. Current status of severe fever with thrombocytopenia syndrome in China (review). Int. J. Mol. Med. 2025; 56(5): 169. 10.3892/ijmm.2025.5610Hawman D.W., Feldmann H. Crimean-Congo haemorrhagic fever virus. Nat. Rev. Microbiol. 2023; 21(7): 463–77. https://doi.org/10.1038/s41579-023-00871-9Ito M., Minamikawa M., Kovba A., Numata H., Itoh T., Ariizumi T., et al. Environmental and host factors underlying tick-borne virus infection in wild animals: Investigation of the emerging Yezo virus in Hokkaido, Japan. Ticks Tick Borne Dis. 2024; 15(6): 102419. https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2024.102419Lv X., Liu Z., Li L., Xu W., Yuan Y., Liang X., et al. Yezo virus infection in tick-bitten patient and ticks, northeastern China. Emerg. Infect. Dis. 2023; 29(4): 797–800. https://doi.org/10.3201/eid2904.220885Kartashov M., Svirin K., Zheleznova A., Yanshin A., Radchenko N., Kurushina V., et al. First report of the Yezo virus isolates detection in Russia. Viruses. 2025; 17(8): 1125. https://doi.org/10.3390/v17081125Apanasevich M., Dubovitskiy N., Derko A., Khozyainova A., Tarasov A., Kokhanenko A., et al. Genomic characteristics of a novel Yezo virus identified in the virome of ixodes pavlovskyi Ticks from Tomsk, Russia (2024). MDPI. 2025. Preprint. https://doi.org/10.20944/preprints202509.0525.v1Burdinskaya E.N., Natykan Yu.A., Kurganova O.P., Pshenichnaya N.Yu., Dragomereckaya A.G., Trotsenko O.E. The main manifestations of tick-borne infections in the Amur region in 2014–2023. Zdorov’e naseleniya i sreda obitaniya – ZNiSO. 2024; 32(4): 65–80. https://doi.org/10.35627/2219-5238/2023-32-4-65-74 https://elibrary.ru/hgolri (in Russian)Бурдинская Е.Н., Натыкан Ю.А., Курганова О.П., Пшеничная Н.Ю., Драгомерецкая А.Г., Троценко О.Е. Основные проявления клещевых трансмиссивных инфекций на территории Амурской области в 2014–2023 гг. Здоровье населения и среда обитания – ЗНиСО. 2024; 32(4): 65–80. https://doi.org/10.35627/2219-5238/2023-32-4-65-74 https://elibrary.ru/hgolriMa J., Lv X.L., Zhang X., Han S.Z., Wang Z.D., Li L., et al. Identification of a new orthonairovirus associated with human febrile illness in China. Nat. Med. 2021; 27(3): 434–9. https://doi.org/10.1038/s41591-020-01228-yLiu Z., Li L., Xu W., Yuan Y., Liang X., Zhang L., et al. Extensive diversity of RNA viruses in ticks revealed by metagenomics in northeastern China. PLoS Negl. Trop. Dis. 2022; 16(12): e0011017. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0011017Kartashov M.Yu., Mikryukova T.P., Ternovoi V.A., Moskvitina N.S., Loktev V.B. The highly effective detection of DNA Rkketsia using technique of polymerase chain reaction in real-time. Klinicheskaya laboratornaya diagnostika. 2015; 60(12): 39–43. https://elibrary.ru/vhthvt (in Russian)Карташов М.Ю., Микрюкова Т.П., Терновой В.А., Москвитина Н.С., Локтев В.Б. Высокоэффективная детекция ДНК риккетсий методом ПЦР в реальном времени. Клиническая лабораторная диагностика. 2015; 60(12): 39–43. https://elibrary.ru/vhthvtMarshall O.J. PerlPrimer: cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics. 2004; 20(15): 2471–2. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth254Kibbe W.A. OligoCalc: an online oligonucleotide properties calculator. Nucleic Acids Res. 2007; 35(Web Server Issue): W43–6. https://doi.org/10.1093/nar/gkm234Chen S., Zhou Y., Chen Y., Gu J. fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor. Bioinformatics. 2018: 34(17): i884–90. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty560Li H., Durbin R. Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform. Bioinformatics. 2009; 25(14): 1754–60. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324Danecek P., Bonfield J. K., Liddle J., Marshall J., Ohan V., Pollard M.O., et al. Twelve years of SAMtools and BCFtools. GigaScience. 2021; 10(2): giab008. https://doi.org/10.1093/ gigascience/giab008Danecek P., Bonfield J. K., Liddle J., Marshall J., Ohan V., Pollard M.O., et al. Twelve years of SAMtools and BCFtools. GigaScience. 2021; 10(2): giab008. https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008Grubaugh N.D., Gangavarapu K., Quick J., Matteson N.L., De Jesus J.G., Main B.J., et al. An amplicon-based sequencing framework for accurately measuring intrahost virus diversity using PrimalSeq and iVar. Genome Biol. 2019; 20(1): 8. https://doi.org/10.1186/s13059-018-1618-7Tamura K., Stecher G., Kumar S. MEGA11: Molecular evolutionary genetics analysis version 11. Mol. Biol. Evol. 2021; 38(7): 3022–7. https://doi.org/10.1093/molbev/msab120Letunic I., Bork P. Interactive Tree of Life (iTOL) v6: recent updates to the phylogenetic tree display and annotation tool. Nucleic Acids Res. 2024; 52(W1): W78–82. https://doi.org/10.1093/nar/gkae268Nag D.K., Brecher M., Kramer L.D. DNA forms of arboviral RNA genomes are generated following infection in mosquito cell cultures. Virology. 2016; 498: 164–71. https://doi.org/10.1016/j.virol.2016.08.022Ballinger M.J., Taylor D.J. Evolutionary persistence of insect bunyavirus infection despite host acquisition and expression of the viral nucleoprotein gene. Virus Evol. 2019; 5(2): vez017. https://doi.org/10.1093/ve/vez017