Introduction. The Kurkino and Sochi viruses of species Orthohantavirus dobravaense (ODOB) are among the pathogens that cause hemorrhagic fever with renal syndrome in the European part of Russia. However, the current literature provides limited data on the distribution of genetic variants of the ODOB in Russia.
The aim is to identify ODOB in several regions of Volga, Central and Ural Federal districts of the Russian Federation and analyze their genome.
Materials and methods. Total RNA was isolated from lung tissue samples of striped field mouse (Apodemus agrarius) and yellow-necked mouse (A. flavicollis) captured in a number of areas of the Volga Federal District and neighboring regions in 2015–2023. Orthohantavirus RNA was detected by RT-PCR using specific primers to ODOB. The PCR amplification products were separated in agarose gel, purified, and subjected to Sanger sequencing. Comparative and phylogenetic analyses were performed for the sequenced genome fragments.
Results. Orthohantavirus RNA was detected in one sample of A. flavicollis from the Ulyanovsk region. Based on the analysis of the nucleotide sequences of the sequenced PCR products, it was found that the highest values of similarity were obtained when comparing the identified strain with the reference Kurkino virus from the Tula region. The data from the phylogenetic analysis of the sequenced fragment of the S and M segments allowed us to establish that the identified isolate is closely related to the Kurkino virus found earlier in A. agrarius in the Tula region. Thus, the detected isolate was identified as variant of Kurkino virus, which is also widespread in the central regions of Russia, Wetern Siberia and close related to genome variants that are distributed in Central Europian countries.
Conclusions. It is proved for the first time that: 1) the range of Orthohantavirus dobravaense (Kurkino virus) extends to a part of the territory of the Volga Federal District; 2) Orthohantavirus dobravaense (Kurkino virus) and Orthohantavirus puumalaense (Puumala virus) are co-circulating in the Ulyanovsk region.
Введение. Вирусы Куркино и Сочи – Orthohantavirus dobravaense (ODOB), являются одними из возбудителей геморрагической лихорадки с почечным синдромом на европейской части территории России. Однако в настоящее время в литературе приводятся только ограниченные данные о распространении в России генетических вариантов ODOB.
Цель – выявление ODOB на территориях ряда регионов Приволжского (ПФО), Центрального и Уральского федеральных округов РФ и проведение анализа их генома.
Материалы и методы. Общую РНК выделяли из образцов легочной ткани полевых мышей (Apodemus agrarius) и желтогорлых мышей (A. flavicollis), отловленных в ряде субъектов ПФО и соседних регионах в 2015–2023 гг. Выявление ортохантавирусной РНК проводили методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с обратной транскрипцией с использованием видоспецифичных праймеров для ODOB. Продукты ПЦР-амплификации разделяли в агарозном геле, очищали и секвенировали по Сэнгеру. Для секвенированных участков генома проводили сравнительный и филогенетический анализ.
Результаты. В одном образце A. flavicollis из Ульяновской области была выявлена ортохантавирусная РНК. По результатам анализа нуклеотидных последовательностей секвенированных ПЦР-продуктов было установлено, что наиболее высокие значения идентичности были получены при сравнении выявленного нуклеотидной последовательности РНК-изолята с референсным штаммом ODOB (вирус Куркино из Тульской области). Данные филогенетического анализа секвенированных участков S- и M-сегментов позволили установить, что наиболее близкородственным выявленному РНК-изоляту оказался вирус Куркино, найденный ранее у A. agrarius в Тульской области. Таким образом, выявленный изолят был идентифицирован как вариант вируса Куркино, ранее выявленного в центральных областях России и в Западной Сибири, близкородственные которому геноварианты распространены в странах центральной Европы.
Выводы. Впервые доказано, что: 1) ареал Orthohantavirus dobravaense (вирус Куркино) распространяется на часть территории ПФО; 2) в Ульяновской области коциркулируют Orthohantavirus dobravaense (вирус Куркино) и Orthohantavirus puumalaense (вирус Пуумала).