Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology16010.18821/0507-4088-2017-62-4-154-161ORIGINAL RESEARCHESОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯMOLECULAR EPIDEMIOLOGICAL ANALYSIS OF HIV INFECTION IN NORTHERN SEAPORTS OF RUSSIAМОЛЕКУЛЯРНО-ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ВИЧ-ИНФЕКЦИИ В СЕВЕРНЫХ ПОРТОВЫХ ГОРОДАХ РОССИИKazennovaE. V.КазенноваЕ.
Russian Federation
kazennova@rambler.ruLagaV. Yu.ЛагаВ. Ю.
Russian Federation
GromovK. B.ГромовК. Б.
Russian Federation
SankovM. N.СанковМ. Н.
Russian Federation
PopovaE. S.ПоповаЕ. С.
Russian Federation
LgumnovaE. G.ИгумноваЕ. Г.
Russian Federation
OparinaE. N.ОпаринаЕ. Н.
Russian Federation
SorokinaT. A.СорокинаТ. А.
Russian Federation
BobkovaM. R.БобковаМ. Р.
Russian Federation
D.I. Ivanovsky Institute of Virology «Federal Research Center of Epidemiology and Microbiology named after the honorary academician N.F. Gamaleya»Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «Федеральный научно-исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава РоссииArkhangelsk Clinical Center for Prevention and Control of AIDS and Infectious DiseasesГБУЗ АО «Архангельский клинический центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями»2008201762415416120012020Copyright ©; 2017, Kazennova E.V., Laga V.Y., Gromov K.B., Sankov M.N., Popova E.S., Lgumnova E.G., Oparina E.N., Sorokina T.A., Bobkova M.R.Copyright ©; 2017, Казеннова E.Е., Лага В.Ю., Громов К.Б., Санков М.Н., Попова Е.С., Игумнова Е.Г., Опарина Е.Н., Сорокина Т.А., Бобкова М.Р.2017Kazennova E.V., Laga V.Y., Gromov K.B., Sankov M.N., Popova E.S., Lgumnova E.G., Oparina E.N., Sorokina T.A., Bobkova M.R.Казеннова E.Е., Лага В.Ю., Громов К.Б., Санков М.Н., Попова Е.С., Игумнова Е.Г., Опарина Е.Н., Сорокина Т.А., Бобкова М.Р.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/160

The results of the molecular-epidemiological analysis of HIV-1 variants circulating in Arkhangelsk and Murmansk - northern seaports of Russia - were presented. In these seaports the HIV-1 variants belonging to subtype A1 were predominant (93% in Murmansk, 83% in Arkhangelsk). In addition to these variants, viruses of other subtypes such as B, C, D and recombinant forms CRF02_AG and CRF03_AB were identified. The heterogeneity of circulating HIV-1 variants was higher in Arkhangelsk than in Murmansk. According to the results of phylogenetic analysis, subtype A1 sequences formed the common branch with nucleotide sequences of IDU-A strains found in other regions of Russia. HIV-1 variants of subtype B sub-clustered with sequences of East European B-variants. The recombinant strains CRF02_AG formed the common branch with HIV-1 sequences from Central Asia republics of the former USSR. Among 124 therapy-naive patients from Arkhangelsk and Murmansk (n = 124) the transmitted resistance was less than 5%.

Представлены результаты молекулярно-эпидемиологического анализа вариантов ВИЧ-1, распространенных в Архангельске и Мурманске. Показано, что в этих городах доминирует вариант ВИЧ-1 подтипа А1 - 83 и 93% соответственно. В регионах выявлены варианты вирусов и других подтипов (B, C, D) и рекомбинантных форм (CRF03_AB, CRF02_AG), причем частота встречаемости этих штаммов в Архангельске выше, чем в Мурманске. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей показал, что все штаммы ВИЧ-1 подтипа А1 принадлежат к варианту IDU-A, доминирующему в России, а рекомбинант CRF02_AG аналогичен циркулирующим в странах Центральной Азии бывшего СССР. Все выявленные варианты подтипа B кластеризуются с нуклеотидными последовательностями западноевропейских штаммов. Проведен анализ мутаций лекарственной устойчивости и показано, что среди пациентов из Архангельска и Мурманска (n = 124), которые на момент сбора материала в 2013 г. не получали антиретровирусную терапию, первичная резистентность составила менее 5%.

HIV-1subtypephylogenetic analysisВИЧ-1подтипыфилогенетический анализSalemi M. Toward a robust monitoring of HIV subtypes distribution worldwide. AIDS. 2011; 25(5): 713-4.Peeters M., Aghokeng A.F., Delaporte E. Genetic diversity among human immunodeficiency virus-1 non-B subtypes in viral load and drug resistance assays. Clin. Microbiol. Infect. 2010; 16(10): 1525-31.Easterbrook P.J., Smith M., Mullen J., O’Shea S., Chrystie I., de Ruiter A., et al. Impact of HIV-1 viral subtype on disease progression and response to antiretroviral therapy. J. Int. AIDS Soc. 2010; 13: 4.Wainberg M.A., Brenner B.G. The Impact of HIV Genetic Polymorphisms and Subtype Differences on the Occurrence of Resistance to Antiretroviral Drugs. Mol. Biol. Int. 2012; 2012: 256982.Hemelaar J. Implications of HIV diversity for the HIV-1 pandemic. J. Infect. 2013; 66(5): 391-400.Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М., Ханина Т.А., Ладная Н.Н., Бобкова М.Р. и др. Молекулярно-вирусологические особенности эпидемии ВИЧ-инфекции в России и других странах СНГ. Вестник Российской Академии медицинских наук. 2003; (12): 83-5.Гришечкин А.Е., Казеннова Е.В., Суханова А.Л., Белых С.И., Султанов Л.В., Демьяненко Э.Р. и др. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика ВИЧ-инфекции на территории Алтайского края. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2006; (1): 15-9.Rumyantseva O.A., Olkhovskiy I.A., Malysheva M.A. Ruzaeva L.A., Vasiliev A.V., Kazennova E.V., et al. Epidemiological networks and drug resistance of HIV type 1 in Krasnoyarsk region, Russia. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2009; 25(9): 931-6Богачев В.В., Тотменин А.В., Барышев П.Б., Мещерякова Ю.В., Черноусова Н.Я., Гашникова Н.М. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1 субтипов А и B, выделенных на территории Новосибирской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2012; (6): 45-52Kazennova E., Laga V., Lapovok I., Glushchenko N., Neshumaev D., Vasilyev A., et al. HIV-1 Genetic Variants in the Russian Far East. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014; 30(8): 742-52.Bobkov A., Kazennova E., Selimova L., Bobkova M., Khanina T., Ladnaya N., et al. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: Identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1998; 14(8): 669-76.Smolskaya T., Liitsola K., Zetterberg V., Golovanova E., Kevlova N., Konovalova N., et al. HIV epidemiology in the Northwestern Federal District of Russia: dominance of HIV type 1 subtype A. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2006; 22(11): 1074-80.Казеннова Е.В., Бронникова А.В., Кузин С.Н., Кириллова И.Л., Ершова О.Н., Афанасьева Л.Р. и др. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в г. Череповце Вологодской области: второй случай эпидемической вспышки, вызванной рекомбинантом gagAenvB. Вопросы вирусологии. 2008; 53(5): 23-7Gashnikova N.M., Bogachev V.V., Baryshev P.B., Totmenin A.V., Gashnikova M.P., Kazachinskaya A.G., et al. A rapid expansion of HIV-1 CRF63_02A1 among newly diagnosed HIV-infected individuals in the Tomsk Region, Russia. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2015; 31(4): 456-60.Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia. Arch. Virol. 2012; 157(12): 2335-41.Лаповок И.А., Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Дзисюк Н.В., Утегенова А.К. и др. Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-1 в Казахстане в 2009 - 2013 гг. Вопросы вирусологии. 2015; 60(4): 29-37Chen S., Cai W., He J., Vidal N., Lai C., Guo W., et al. Molecular epidemiology of human immunodeficiency virus type 1 in Guangdong province of Southern China. PLoS One. 2012; 7 (11): e48747Казеннова Е.В., Нешумаев Д.А., Рукавицин Д.В., Лаповок И.А., Лага В.Ю., Ракчеева О.В. и др. Молекулярно-эпидемиологический анализ эпидемии ВИЧ-инфекции в Благовещенске и Хабаровске (Дальний Восток России). Вопросы вирусологии. 2014; 59(4): 31-6Bobkov A.F., Lukashov V.V., Goudsmit J., Weber J.N. Silent mutation in the V3 region characteristic of HIV type 1 env subtype B strains from Injecting Drug Users in the Former Soviet Union. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2000; 16(3): 291-4Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И.А., Исмаилова А., Бейшеева Н. и др. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Киргизии. Вопросы вирусологии. 2012; 57(5): 26-32Riva C., Romano L., Saladini F., Lai A., Carr J.K., Francisci D., et al. Identification of a possible ancestor of the subtype A1 HIV Type 1 variant circulating in the former Soviet Union. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2008; 24(10): 1319-25.Bennett D.E., Camacho R.J., Otelea D., Kuritzkes D.R., Fleury H., Kiuchi M., et al. Drug resistance mutations for surveillance of transmitted HIV-1 drug-resistance: 2009 update. PLoS One. 2009; 4(3): e4724.Kolomeets A.N., Varghese V., Lemey P., Bobkova M.R., Shafer R.W. A uniquely prevalent nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor resistance mutation in Russian subtype A HIV-1 viruses. AIDS. 2014; 28(17): F1-8.Hofstra L.M., Schmit J.C., Wensing A.M.J. Transmission of HIV-1 drug resistance. In: Handbook of Antimicrobial Resistance. New York: Springer Science - Business Media; 2015: 455-78.Казеннова Е.В., Лаповок И.А., Лага В.Ю., Васильев А.В., Бобкова М.Р. Естественные полиморфизмы гена pol варианта ВИЧ IDU-A. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2012; 4(4): 44-51Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR. AIDS Rev. 2015; 15(4): 204-12