Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology12307ArticlesСтатьиResearch ArticleComplete genome characterization of the Kyzylagach virus (KYZV) (Togaviridae, Alphavirus, Sindbis serogroup) isolated from mosquitoes Culex modestus Ficalbi, 1889 (Culicinae) collected in a colony of herons (Ardeidae 27 Leach, 1820) in AzerbaijanГенетическая характеристика вируса Кызылагач (KYZV - Kyzylagach virus) (Togaviridae, Alphavirus, серогруппа Синдбис), изолированного от комаров Culex modestus Ficalbi, 1889 (Culicinae), собранных в колонии цаплевых птиц (Ardeidae Leach,1820) в Азербайджане15102014595VOL 59, NO5 (2014)ТОМ 59, №5 (2014)273109062023Copyright ©; 2014, Alkhovsky S.V., Lvov D.K., Shchelkanov M.Y., Shchetinin A.M., Deryabin P.G., Gitelman A.K., Botikov A.G., Samokhvalov E.I.Copyright ©; 2014, Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Дерябин П.Г., Гительман А.К., Ботиков А.Г., Самохвалов Е.И.2014Alkhovsky S.V., Lvov D.K., Shchelkanov M.Y., Shchetinin A.M., Deryabin P.G., Gitelman A.K., Botikov A.G., Samokhvalov E.I.Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Дерябин П.Г., Гительман А.К., Ботиков А.Г., Самохвалов Е.И.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/12307

Complete genome sequencing of the Kyzylagach virus (KYZV) LEIV-65A strain isolated from the Culex modestus Ficalbi, 1889 (Culicinae), which was collected in the colony of the Ardeidae Leach, 1820 birds on the coast of Caspian sea, Kyzyl-Agach bay, in the southern part of Azerbaijan, was carried out. KYZV has high homology (about 99%) with the Chinese XJ-160 strain of the Sindbis virus (SINV) isolated from Anopheles sp. in Xinjiang Uyghur autonomic region (north-eastern China). Homologies of KYZV and XJ-160 with European SINV strains are 82% and 93% for the nucleotide and amino acid sequences, respectively (GenBank ID:KF981618). The difference between the nucleotide sequences of KYZV and Australian SINV/SW6562 strain is 19%; amino acid sequences, 12%. Since XJ-160 strain is extremely similar to KYZV, the first could be considered as the KYZV strain. The geography of the KYZV and XJ-160 isolation points and their genetic distance from the European viruses allow the KYZV to be suggested as a SINV (genotype IV) topotypic variant typical of Transcaucasia and Central Asia.

Проведено полногеномное секвенирование вируса Кызылагач (KYZV - Kyzylagach virus) (штамм LEIV-65A), который был изолирован из пула комаров Culex modestus Ficalbi, 1889 (Culicinae), собранных в колонии цаплевых птиц (Ardeidae Leach, 1820) на побережье залива Кызыл-Агач Каспийского моря в южной части Азербайджана. KYZV обладает высокой гомологией (около 99%) с китайским изолятом вируса Синдбис (SINV - Sindbis virus) XJ-160, изолированным от комаров Anopheles spp. в Синьцзян-Уйгурском регионе на Северо-востоке Китая. Гомология KYZV и XJ-160 c европейскими изолятами SINV составляет 82 и 93% по нуклеотидным и белковым последовательностям соответственно (GenBank ID:KF981618). С австралийским изолятом SINV/SW6562 дивергенция KYZV по нуклеотидным последовательностям составляет 19%, а по аминокислотным это значение достигает 12%. Поскольку изолят XJ-160 обладает такой высокой гомологией с KYZV, его можно рассматривать как штамм KYZV. География выделения KYZV и XJ-160 и их генетическая обособленность от европейских вирусов позволяют предположить, что KYZV является топотипным вариантом SINV (генотип IV), характерным для Закавказья и Средней Азии.

TogaviridaeAlphavirusCulicinaeCulex modestusArdeidaeKyzylagach virus (KYZV)Sindbis virus (SINV)heronsAzerbaijancomplete genome sequencingвирус Кызылагач (KYZV)вирус Синдбис (SINV)цаплевыеАзербайджанполногеномное секвенированиеЛьвов Д.К., Громашевский В.Л., Скворцова Т.М., Березина Л.К., Закарян В.А., Кондрашина Н.Г. и др. Вирус Кызыл-Агач (семейство Тогавириде, род Альфавирусов) - новый арбовирус, изолированный из комаров Culex modestus, отловленных в Азербайджанской ССР. Вопросы вирусологии. 1979; 5: 519-23.Kyzylagach virus. In: Karabatsos N., ed International catalogue of arboviruses and some others viruses of vertebrates. San Antonio (Texas): American Society of Tropical Medicine and Hygiene; 1985: 595-6.Кызылагачский государственный заповедник им. С.М. Кирова: к 50-летию заповедника. Баку: Азербайджанское гос. изд-во; 1979.Lvov D.K. Arboviral zoonoses of Northern Eurasia (Eastern Europe and the Commonwealth of Independent States). In: Beran G.W., ed. Handbook of zoonoses. Section B: Viral. Boca Raton, London, Tokyo: CRC Press; 1994: 237-60.Powers A., Huang H., Roehrig J., Strauss E., Weaver S. Family Togaviridae. In: King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J., eds. Virus taxonomy : 9th Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. London, San Diego: Elsevier Science; 2011: 1103-10.Львов Д.К., Дерябин П.Г., Аристова В.А., Бутенко А.М., Галкина И.В., Громашевский В.Л. и др. Атлас распространения возбудителей природно-очаговых вирусных инфекций на территории Российской Федерации. М.: МЗ РФ; 2001.Щелканов М.Ю., Громашевский В.Л., Львов Д.К. Роль экологовирусологического районирования в прогнозировании влияния климатических изменений на ареалы арбовирусов. Вестник РАМН. 2006; 2: 22-5.Львов Д.К. Экология вирусов. В кн.: Львов Д.К., ред. Вирусы и вирусные инфекции. М.: МИА; 2013: 66-86.Колобухина Л.В., Львов Д.Н. Лихорадка Синдбис. В кн.: Львов Д.К., ред. Вирусы и вирусные инфекции. М.: МИА; 2013: 290-4.Львов Д.К. Природные очаги связанных с птицами арбовирусов СССР. В кн.: Львов Д.К., Ильичев В.Д., ред. Миграции птиц и перенос возбудителей инфекции. М.: Наука; 1979: 37-101.Львов Д.К., ред. Организация эколого-эпидемиологического мониторинга территории Российской Федерации с целью противоэпидемической защиты населения и войск. Методические рекомендации. М.: МЗ РФ, Федеральное Управление медикобиологических и экстремальных проблем, НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН; 1993.Thompson J.D., Higgins D.G., Gibson T.J. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 1994; 22 (22): 4673-80.Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. Mega5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28 (10): 2731-9.Weaver S.C., Kang W., Shirako Y., Rumenapf T., Strauss E.G., Strauss J.H. Recombinational history and molecular evolution of western equine encephalomyelitis complex alphaviruses. J. Virol. 1997; 71 (1): 613-23.Lundstrom J.O., Pfeffer M. Phylogeographic structure and evolutionary history of Sindbis virus. Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10 (9): 889-907.Sane J., Kurkela S., Putkuri N., Huhtamo E., Vaheri A., Vapalahti O. Complete coding sequence and molecular epidemiological analysis of Sindbis virus isolates from mosquitoes and humans, Finland. J. Gen. Virol. 2012; 93 (Pt 9): 1984-90.Hubalek Z. Mosquito-borne viruses in Europe. Parasitol. Res. 2008; 103 (Suppl. 1): S29-43.Jost H., Bialonski A., Storch V., Gunther S., Becker N., Schmidt-Chanasit J. Isolation and phylogenetic analysis of Sindbis viruses from mosquitoes in Germany. J. Clin. Microbiol. 2010; 48 (5): 1900-3.Shirako Y., Niklasson B., Dalrymple J.M., Strauss E.G., Strauss J.H. Structure of the Ockelbo virus genome and its relationship to other Sindbis viruses. Virology. 1991; 182 (2): 753-64.Rumenapf T., Strauss E.G., Strauss J.H. Aura virus is a New World representative of Sindbis-like viruses. Virology. 1995; 208 (2): 621-33.Liang G.D., Li L., Zhou G.L., Fu S.H., Li Q.P., Li F.S. et al. Isolation and complete nucleotide sequence of a Chinese Sindbis-like virus. J. Gen. Virol. 2000; 81 (Pt 5): 1347-51.