Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology12282ArticlesСтатьиResearch ArticleGenetic characterization of the Wad Medani virus (WMV) (Reoviridae, Orbivirus), isolated from the ticks Hyalomma asiaticum Schulze et Schlottke, 1930 (Ixodidae: Hyalomminae) in Turkmenistan, Kazakhstan, and Armenia and from the ticks H. anatolicum Koch, 1844 in TajikistanГенетическая характеристика вируса Вад Медани (WMV - Wad Medani virus) (Reoviridae, Orbivirus), изолированного в Туркмении, Казахстане и Армении из иксодовых клещей Hyalomma asiaticum Schulze et Schlottke, 1930 и в Таджикистане из H. anatolicum Koch, 1844 (Ixodidae: Hyalomminae)15082014594VOL 59, NO4 (2014)ТОМ 59, №4 (2014)253009062023Copyright ©; 2014, Alkhovsky S.V., Lvov D.K., Shchelkanov M.Y., Shchetinin A.M., Deryabin P.G., Gitelman A.K., Aristova V.A., Botikov A.G.Copyright ©; 2014, Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Дерябин П.Г., Гительман А.К., Аристова В.А., Ботиков А.Г.2014Alkhovsky S.V., Lvov D.K., Shchelkanov M.Y., Shchetinin A.M., Deryabin P.G., Gitelman A.K., Aristova V.A., Botikov A.G.Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Дерябин П.Г., Гительман А.К., Аристова В.А., Ботиков А.Г.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/12282

Near full-genome sequence of the Wad Medani Virus (WMV) (strain LEIV-8066Tur) (Orbivirus, Reoviridae) isolated from the ticks Hyalomma asiaticum Schulze et Schlottke, 1929, collected from sheep in Baharly district in Turkmenistan, was determined using next generation sequencing approach. The similarity of the RNA-dependent RNA-polymerase (Pol, VP1) amino acid sequence between WMV and the Kemerovo group orbiviruses (KEMV), as well as of the Baku virus (BAKV), was 64%. The similarity of the conserved structural protein VP3 (T2) of WMV with mosquito-borne and tick-borne orbiviruses reaches 46% and 67%, respectively. For the surface proteins VP2, VP5, and VP7 (T13), which have major antigenic determinants of orbiviruses, the similarity of WMV with tick-borne orbiviruses (KEMV and BAKV) is 26-30%, 45% and, 57%, respectively (ID GenBank: KJ425426-35).

В работе методом полногеномного секвенирования определена практически полная последовательность генома (ID GenBank: KJ425426-35) вируса Вад Медани (WMV - Wad Medani virus; штамм LEIV-8066Tur) (Orbivirus, Reoviridae), изолированного из клещей Hyalomma asiaticum Schulze et Schlottke, 1929, собранных с овец в Бахарденском районе Туркмении. Уровень гомологии аминокислотной последовательности РНК-зависимой РНК-полимеразы (Pol, VP1) WMV с клещевыми орбивирусами из групп Кемерово (KEMV) и баку (BAKV - Baku virus) составляет 64%. гомология WMV по консервативному структурному протеину VP3 (T2) достигает от 46 до 67% с комариными и клещевыми орбивирусами соответственно. По поверхностным белкам VP2, VP5 и VP7 (T13), которые несут основные антигенные детерминанты, гомология WMV с вирусами группы KEMV и Баку составляет в среднем 26-30, 45 и 57% соответственно. Согласно данным филогенетического анализа WMV является самостоятельным вирусом в группе клещевых орбивирусов, равноудаленным от вирусов группы KEMV и BAKV.

WMVOrbivirusIxodidaeHyalomminaeWad Medani virus (WMV)arid landscapepasture biocenosisTurkmenistanTadjikistanKazakhstanArmenianext-generation sequencingВад Меданиаридный ландшафтпастбищные биоценозыТуркменияТаджикистанКазахстанАрменияметагеномный анализЛьвов Д.К., Курбанов М.М., Неронов В.М., Громашевский В.Л., Скворцова Т.М., Гофман Ю.П. Выделение орбивируса Вад-Медани из клещей Hyalomma asiaticum Sch. et Schl., 1929 в Туркменской ССР. Медицинская паразитология и паразитарные болезни. 1976; 4): 452-5.Сидорова Г.А. Комплексные природные очаги арбовирусов аридных равнин Средней Азии: Дис.. д-ра. биол. наук. М.; 1985.Сидорова Г.А. К вопросу о связи некоторых арбовирусов с переносчиками. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов. М.: АМН СССР; 1982: 16-22.Сидорова Г.А., Андреев В.Л. Некоторые черты экологии новых арбовирусов, выделенных в Узбекистане и Туркмении. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов. М.: АМН СССР; 1980: 108-14.Скворцова Т.М., Громашевский В.Л., Сидорова Г.А., Хуторецкая Н.В., Аристова В.А., Кондрашина Н.Г. Результаты вирусологического обследования членистоногих переносчиков на территории Туркмении. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов. М.: АМН СССР; 1982: 139-44.Дробищенко Н.И., Львов Д.К., Роговая С.Г., Кирющенко Т.В., Каримов С.К. Резервуары и переносчики арбовирусных инфекций в Или-Каратальском очаге. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов Казахстана и Средней Азии. Алма-Ата; 1980: 64-74.Каримов С.К. Итоги и перспективы изучения арбовирусных инфекций в Казахстане. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов Казахстана и Средней Азии. Алма-Ата; 1980: 3-7.Каримов С.К. Арбовирусы Казахстанского региона: Дис.. д-ра мед. наук. Алма-Ата; 1983.Кирющенко Т.В., Каримов С.К., Дробищенко Н.И., Скворцова Т.М., Укбаева Т.Д., Роговая С.Г. и др. Идентификация арбовирусов, изолированных на территории Казахстана. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов Казахстана и Средней Азии. Алма-Ата; 1980: 107-11.Роговая С.Г., Каримов С.К., Скворцова Т.М., Львов Д.К., Дробищенко Н.И., Кирющенко Т.В. Изоляция вируса Вад-Медани от клещей Hyalomma asiaticum в Алма-Атинской области Казахской ССР. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов Казахстана и Средней Азии. Алма-Ата; 1980: 93-4.Куйма А.У, Данияров О.А. Структура ареала клещей рода Hyalomma Таджикистана и их роль в экологии арбовирусов. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов Казахстана и Средней Азии. Алма-Ата; 1980: 85-9.Пак Т.П., Львов Д.К., Костюков М.А., Данияров О.А., Гордеева З.Е., Булычев В.П. и др. Итоги поиска арбовирусов в Таджикистане. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов Казахстана и Средней Азии. Алма-Ата; 1980: 7-10.Костюков М.А., Гордеева З.Е., Рафиев Х.К., Данияров О.А., Пак Т.П. Иммунологическая структура населения к вирусам Иссык-Куль и Вад-Медани в Таджикистане. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов. М.: АМН СССР; 1976: 108-12.Закарян В.А. Вад-Медани Ф-57-Нах. Депонент ГКВ 182. 1985.Taylor R.M., Hoogstraal H., Hurlbut H.S. Isolation of a virus (Wad Medani) from Rhipicephalus sanguineus collected in Sudan. Am. J. Trop. Med. Hyg. 1966; 15 (1): 75.Wad Medani - WMV. In: Karabatsos N., ed. International catalogue of arboviruses including certain other viruses of vertebrates. San Antonio, Texas: Am. Soc. Trop. Med. Hyg.; 1975: 1081-2.Волцит О.В. Обзор выделения арбовирусов из иксодоидных клещей в Афганистане, Пакистане и Индии. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов. М.: АМН СССР; 1982: 111-9.Seletar - SELV. In: Karabatsos N., ed. International catalogue of arboviruses including certain other viruses of vertebrates. San Antonio, Texas: Am. Soc. Trop. Med. Hyg.; 1975: 919-20.Attoui H., Mertens P.P.C., Becnel J., Belaganahalli S., Bergoin M., Brussaard C.P., et al. Family Reoviridae. In: King A.M., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J., eds. Virus taxonomy: Ninth Report of the International Committee of Taxonomy of Viruses. London: Elsevier; 2012: 541-637.Chumakov M.P. Report on the isolation from Ixodes persulcatus ticks and from patients in western Siberia of a virus differing from the agent of tick-borne encephalitis. Acta Virol. 1963; 7: 82-3.Kemerovo - KEMV. In: Karabatsos N., ed. International catalogue of arboviruses including certain other viruses of vertebrates. San Antonio, Texas: Am. Soc. Trop. Med. Hyg.; 1975: 555-6.Chenuda - CHUV. In: Karabatsos N., ed. International catalogue of arboviruses including certain other viruses of vertebrates. San Antonio, Texas: Am. Soc. Trop. Med. Hyg.; 1975: 325-6.Taylor R.M., Hurlbut H.S., Work T.H., Kingston J.R., Hoogstraal H. Arboviruses isolated from Argas ticks in Egypt: Quaranfil, Chenuda, and Nyamanini. Am. J. Trop. Med. Hyg. 1966; 15 (1): 76-86.Great Island - GIV In: Karabatsos N., ed. International catalogue of arboviruses including certain other viruses of vertebrates. San Antonio, Texas: Am. Soc. Trop. Med. Hyg.; 1975: 429-30.Main A.J., Downs W.G., Shope R.E., Wallis R.C. Great Island and Bauline: two new Kemerovo group orbiviruses from Ixodes uriae in eastern Canada. J. Med. Entomol. 1973; 10 (3): 229-35.Львов Д.К., Альховский С.В., Урываев Л.В., Щелканов М.Ю. Реовирусы (Reoviridae). В кн.: Львов Д.К., ред. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. М.: МИА; 2013: 315-24.Belhouchet M., Mohd Jaafar F., Tesh R., Grimes J., Maan S., Mertens P.P. et al. Complete sequence of Great Island virus and comparison with the T2 and outer-capsid proteins of Kemerovo, Lipovnik and Tribec viruses (genus Orbivirus, family Reoviridae). J. Gen. Virol. 2010; 91 (Pt 12): 2985-93.Dilcher M., Hasib L., Lechner M., Wieseke N., Middendorf M., Marz M., et al. Genetic characterization of Tribec virus and Kemerovo virus, two tick-transmitted human-pathogenic Orbiviruses. Virology. 2012; 423 (1): 68-76.Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Дерябин П.Г., Гительман А.К. и др. Таксономия вируса Баку (Baku virus, BAKV; Reoviridae, Orbivirus), изолированного из облигатных паразитов птиц - аргасовых клещей (Acari: Argasidae) в Азербайджане, Туркменистане и Узбекистане. Вопросы вирусологии. 2013; 58 (6): 22-6.Belaganahalli M.N., Maan S., Maan N.S., Nomikou K., Pritchard I., Lnt R., et al. Full genome sequencing and genetic characterization of Eubenangee viruses identify Pata virus as a distinct species within the genus Orbivirus. PLoS One. 2012; 7 (3): e31911.Belaganahalli M.N., Maan S., Maan N.S., Nomikou K., Guimera M., Brownlie J., et al. Full genome sequencing of Corriparta virus, identifies California mosquito pool virus as a member of the Corriparta virus species. PLoS One. 2013; 8 (8): e70779.Belaganahalli M.N., Maan S., Maan N.S., Tesh R., Attoui H., Mertens P.P. Umatilla virus genome sequencing and phylogenetic analysis: identification of stretch lagoon orbivirus as a new member of the Umatilla virus species. PLoS One. 2011; 6 (8): e23605.Belhouchet M., Mohd Jaafar F., Firth A.E., Grimes J.M., Mertens P.P., Attoui H. Detection of a fourth orbivirus non-structural protein. PLoS One. 2011; 6 (10): e25697.Сидорова В.П., Андреев В.П. Некоторые черты экологии новых арбовирусов, выделенных в Узбекистане и Туркмении. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов. М.: АМН СССР; 1980: 108-14.Пак Т.П. Проблемы сохранения арбовирусов в межэпидемический период. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов. М.: АМН СССР; 1980: 118-21.Львов Д.К. Экология вирусов. В кн.: Львов Д.К., ред. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. М.: МИА; 2013: 66-86.Львов Д.К., Дерябин П.Г., Аристова В.А., Бутенко А.М., Галкина И.В., Громашевский В.Л. и др. Атлас распространения возбудителей природно-очаговых вирусных инфекций на территории Российской Федерации. М.: Издательство НПЦ ТМГ МЗ РФ; 2001.Щелканов М.Ю., Громашевский В.Л., Львов Д.К. Роль эколого-вирусологического районирования в прогнозировании влияния климатических изменений на ареалы арбовирусов. Вестник РАМН. 2006; 2: 22-5.Львов Д.К., ред. Организация эколого-эпидемиологического мониторинга территорий Российской Федерации с целью противоэпидемической защиты населения и войск: Методические рекомендации. М.: МЗ РФ, Федеральное управление медико-биологических и экстремальных проблем, НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН; 1993.Lvov D.K. Ecological soundings of the former USSR territory for natural foci of arboviruses. In: Sov. Med. Rev. E. Virology Reviews. USA: Harwood Ac. Publ. GmbH; 1993: 1-47.