Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology12259ArticlesСтатьиResearch ArticleGenetic Characterization of viruses from the antigenic complex Tyuleniy (Flaviviridae, Flavivirus): Tyuleniy virus (TYUV) isolated from ectoparasites of colonial seabirds - Ixodes (Ceratixodes) uriae White, 1852, ticks collected in the high latitudes of Northern Eurasia - and Kama virus (KAMV) isolated from the Ixodes lividus Roch, 1844, collected in the digging colonies of the middle part of Russian PlaneГенетическая характеристика вирусов из антигенного комплекса Тюлений (Flaviviridae, Flavivirus): Тюлений (TYUV - Tyuleniy virus), изолированного из облигатных эктопаразитов колониальных птиц - клещей Ixodes (Ceratixodes) uriae White, 1852, собранных в высоких широтах Северной Евразии, - и Кама (KAMV - Kama virus), изолированного из клещей Ixodes lividus Roch, 1844, собранных в норовых колониях птиц в средней части Русской равнины15022014591NO1 (2014)№1 (2014)182409062023Copyright ©; 2014, Lvov D.K., Alkhovsky S.V., Shchelkanov M.Y., Shchetinin A.M., Deryabin P.G., Samokhvalov E.I., Gitelman A.K., Botikov A.G.Copyright ©; 2014, Львов Д.К., Альховский С.В., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Дерябин П.Г., Самохвалов Е.И., Гительман А.К., Ботиков А.Г.2014Lvov D.K., Alkhovsky S.V., Shchelkanov M.Y., Shchetinin A.M., Deryabin P.G., Samokhvalov E.I., Gitelman A.K., Botikov A.G.Львов Д.К., Альховский С.В., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Дерябин П.Г., Самохвалов Е.И., Гительман А.К., Ботиков А.Г.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/12259

Genetic research into the Tyuleniy virus (TYUV) (ID GenBank KF815939) isolated in high latitudes from the Ixodes uriae White, 1852, ticks collected in the nesting colonies of the Alcidae (Leach, 1820) birds and Kama virus (KAMV) (ID GenBank KF815940) isolated from the I. lividus ticks collected in the nesting bird colonies in the middle part of the Russian Plane was carried out. Full-genome comparative analysis revealed 70% homology between KaMv and TYUV on the nucleotide level and 74% on the amino acid level. Thus, KAMV is a new member of the TYUV complex belonging to the seabird tick-borne virus group (STBVG) of Flavivirus (Flaviviridae). KAMV is a separate virus and forms separate phylogenetic line together with the TYUV, Meaban virus (MEAV), and Saumarez Reef virus (SREV).

Проведено генетическое изучение вирусов Тюлений (TYUV - Tyuleniy virus) (iD GenBank KF815939), изолированных в высоких широтах от клещей Ixodes uriae White, 1852, собранных в гнездовьях чистиковых птиц (Alcidae Leach, 1820), и Кама (KAMAV - Kama virus) (iD GenBank KF815940), изолированного от клещей I. lividus, собранных в гнездовых колониях птиц в средней части Русской равнины. Результаты сравнительного анализа полноразмерных последовательностей геномов выявили 70% гомологии KAMV и TYUV на нуклеотидном уровне и 74 % - на аминокислотном. Таким образом, KAMV является новым вирусом комплекса TYUV, принадлежащего экологической группе передаваемых клещами вирусов морских птиц (STBVG - seabird tick-borne virus group), род Flavivirus, сем. Flaviviridae. KAMV является самостоятельным видом и формирует отдельную филогенетическую ветвь вместе с вирусами TYUV, Мибан (MEAV - Meaban virus) и Саумарец-Риф (SREV - Saumarez Reef virus).

AlcidaeIxodidaeFlaviviridaeFlavivirushigh latitudesRussian Planecolonial seabirdsAlcidaecovering biocenosisIxodidaeFlaviviridaeFlavivirusTyuleniy antigenic complexTyuleniy virus (TYUV)Kama virus (KAMV)metagenomic analysisвысокие широтыРусская равнинаколониальные морские птицыубежищные биоценозыантигенный комплекс Тюленийвирус Тюлений (TYUV)вирус Кама (KAMV)метагеномный анализЛьвов Д.К., Тимофеева А.А., Громашевский В.Л., Червонский В.И. Изоляция арбовирусов от клещей Ixodes (Ceratixodes) pu-tus Pick.-Camb. 1878, собранных в колонии птиц на о. Тюлений, Охотское море. Вопросы вирусологии. 1970; 15 (4): 440-4.Львов Д.К., Тимофеева А.А., Червонский В.И., Громашевский В.Л., Клисенко Г.А. Вирус Тюлений: предположительно новый арбовирус из группы В. Вопросы вирусологии. 1971; 16 (2): 180-4.Lvov D.K., Chervonski V.I., Gostinshchikova I.N., Zemit A.S., Gromashevski V.L., Tsyrkin Y.M., Veselovskaya O.V Isolation of Tyuleniy virus from ticks Ixodes (Ceratixodes) putus Pick.-Camb. 1878 collected on Commodore Islands. Arch. Ges. Virusforsch. 1972; 38 (2): 139-42.Lvov D.K., Timopheeva A.A., Chervonski V.I., Gromashevski V.L., Klisenko G.A., Gostinshchikova G.V., Kostyrko I.N. Tuleniy virus. A new Group B arbovirus isolated from Ixodes (Ceratixodes) putus Pick.-Camb. 1878 collected on Tuleniy Island, Sea of Okhotsk. Am. J. Trop. Med. Hyg. 1971; 20 (3): 456-60.Tyuleniy virus. In: Karabatsos N., ed. International Catalogue of arboviruses and some others viruses of vertebrates. San Antonio (Texas): American Society of Tropical Medicine and Hygiene; 1985: 1045-6.Meaban virus. In: Karabatsos N., ed. International Catalogue of arboviruses and some others viruses of vertebrates. San Antonio (Texas): American Society of Tropical Medicine and Hygiene; 1985: 675-6.Chastel C., Main A.J., Guiguen C., leLay G., Quillien M.C., Monnat J.Y., Beaucournu J.C. The isolation of Meaban virus, a new Flavivirus from the seabird tick Ornithodoros (Alectorobius) maritimus in France. Arch. Virol. 1985; 83 (3-4): 129-40.Saumarez Reef virus. In: Karabatsos N., ed. International Catalogue of arboviruses and some others viruses of vertebrates. San Antonio (Texas): American Society of Tropical Medicine and Hygiene; 1985: 913-4.St George T.D., Standfast H.A., Doherty R.L., Carley J.G., Fillipich C., Brandsma J. The isolation of Saumarez Reef virus, a new flavivirus, from bird ticks Ornithodoros capensis and Ixodes eudyptidis in Australia. Aust. J. Exp. Biol. Med. Sci. 1977; 55 (5): 493-9.Gadget’s Gully virus. In: Karabatsos N., ed. International Catalogue of arboviruses and some others viruses of vertebrates. San Antonio (Texas): American Society of Tropical Medicine and Hygiene; 1985: 407-8.Zanotto P.M., Gao G.F, Gritsun T., Marin M.S., Jiang W.R., Venugo-palK. et al. An arbovirus cline across the northern hemisphere. Virology. 1995; 210 (1): 152-9.Grard G., Moureau G., Charrel R.N., Lemasson J.J., Gonzalez J.P., Gallian P. et al. Genetic characterization of tick-borne flaviviruses: new insights into evolution, pathogenetic determinants and taxonomy. Virology. 2007; 361 (1): 80-92.Simmonds P., Becher P., Collett M.S., Gould E.A., Heinz F.X., Mergers G. et al. Flaviviridae. In: King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J., eds. Virus taxonomy. 9-th ed. Elsevier Academic Press; 2012: 1003-20.Львов Д.К., Аристова В.А., Громашевский В.Л., Скворцова Т.М., Бойко В.А., Мельникова Е.Э. и др. Новый вирус Кама (Flaviviridae, Flavivirus, антигенная группа Тюлений), изолированный из клещей Ixodes lividus. Вопросы вирусологии. 1998; 43 (2): 71-4.Lvov D.K., Timopheeva A.A., Smirnov V.A., Gromashevsky V.L., Sidorova G.A., Nikiforov L.P. et al. Ecology of tick-borne viruses in colonies of birds in the USSR. Med. Biol. 1975; 53 (5): 325-30.Lvov S.D. Natural virus foci in high latitudes of Eurasia. In: Sov. Med. Rev. Sec. E: Virol. Rev. Harwood (USA): Ac. Publ. GmbH; 1993; 3: 137-85.Львов С.Д. Арбовирусы в высоких широтах. В кн.: Львов Д.К., Клименко С.М., Гайдамович С.Я. Арбовирусы и арбовирусные инфекции. М.: Медицина; 1989: 269-89.Lvov D.K., Gromashevski V.L., Skvortsova T.M., Berezina L.K., Gofman Y.P., Zhdanov V.M. et al. Arboviruses of high latitudes in the USSR. In: Kurstak E., ed. Arctic and tropical arboviruses. New York, San-Francis-co, London: Harcourt Brace Jovanovich Publ.; 1979: 21-38.Львов Д.К. Природные очаги связанных с птицами арбовирусов СССР. В кн.: Львов Д.К., Ильичев В.Д. Миграции птиц и перенос возбудителей инфекции. М.: Наука; 1979: 37-101.Тимофеева А.А., Погребенко А.Г., Громашевский В.Л., Щербина Р.Д., Евсеева Т.И., Львов Д.К., Сазонов А.А. Очаговость природных инфекций на острове Ионы в Охотском море. Зоологический журнал. 1974; 53 (6): 906-11.Львов Д.К., Дерябин П.Г., Аристова В.А., Бутенко А.М., Галкина И.В., Громашевский В.Л. и др. Атлас распространения возбудителей природно-очаговых вирусных инфекций на территории Российской Федерации. М.: МЗ РФ; 2001.Щелканов М.Ю., Громашевский В.Л., Львов Д.К. Роль экологовирусологического районирования в прогнозировании влияния климатических изменений на ареалы арбовирусов. Вестник РАМН. 2006; (2): 22-5.Альховский С.В., Щетинин А.М., Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Дерябин П.Г., Львов Д.Н. и др. Вирус Хурдун (KHURV): новый вирус рода Orthobunyaviridae (Bunyaviridae). Вопросы вирусологии. 2013; 58 (4): 10-3.Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Краснослободцев К.Г., Дерябин П.Г. и др. Молекулярногенетическая характеристика вирусов Бханджа (BHAV) и Раздан (RAZV) (Bunyaviridae, Phlebovirus), изолированных от иксодовых клещей Rhipicephalus bursa Canestrini et Fanzago, 1878 и Dermacentor marginatus Sulzer, 1776 в Закавказье. Вопросы вирусологии. 2013; 58 (4): 14-9.Thompson J.D., Higgins D.G., Gibson T.J. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucl. Acids Res. 1994; 22 (22): 4673-80.Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA 5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28 (10): 2731-9.Clifford C.M., Yunker C.E., Thomas L.A., Easton E.R., Corwin D. Isolation of a group B arbovirus from Ixodes uriae collected on Three Arch Rocks national wildlife refuge, Oregon. Am. J. Trop. Med. Hyg. 1971; 20 (3): 461-8.Balashov Yu.S. Bloodsucking ticks (Ixodoidea) - vectors of diseases of men and animals. In: Hoogstraal H., ed. Medical zoology dep. USA Nav. Med. Res. Unit. Cairo (Egypt); 1968.Львов Д.К. Экология вирусов. В кн.: Львов Д.К., ред. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции. М.: МИА; 2013: 68-86.Clifford C.M. Tick-borne viruses in sea-birds. In: Kurstak E., ed. Arctic and tropical arboviruses. New York, San-Francisco, London: Harcourt Brace Jovanovich Publ.; 1979: 83-100.Thomas L.A., Clifford C.M., Yunker C.E., Keirans J.E., Patzer E.R., Monk G.E., Easton E.R. Tickborne viruses in western North America. I. Viruses isolated from Ixodes uriae in coastal Oregon in 1970. J. Med. Entomol. 1973; 10 (2): 165-8.Березина Л.К., Смирнов В.А., Зеленский В.А. Экспериментальная инфекция птиц при заражении вирусом Тюлений. В кн.: Львов Д.К., ред. Экология вирусов. М.: РАМН; 1974: 13-7.Вотяков В.И., Воинов И.Н., Самойлова Т.И., Лешко С.Т., Гембитский А.С., Смирнов В.А. Выделение арбовирусов от колониальных птиц Баренцева моря. В кн.: Материалы симпозиума по экологии вирусов, связанных с птицами. Минск; 1974: 42-4.Львов С.Д. Концепция циркумполярного распространения арбовирусов. В кн.: Материалы 18-го съезда общества микробиологов, эпидемиологов и паразитологов. Алма-Ата; 1989: 224-5.Ефремова Г.А. Роль обитателей гнезд ласточек в резервации природноочаговых инфекций. В кн.: Материалы 12-й Всесоюзной конференции по природной очаговости болезней. Новосибирск; 1989: 79-80.Бабенко Л.В. Ixodes lividus Koch как представитель иксодовых клещей норово-убежищного комплекса. В кн.: Познание фауны и флоры СССР. 1956; вып. 3: 21-105.Филиппова Н.А. Фауна СССР. Паукообразные. М.; Л.: АН СССР; 1966: 4 (3): Аргасовые клещи (Argasidae).Филиппова Н.А. Фауна СССР. Л.: Наука; 1977: 4 (4): Паукообразные. Иксодовые клещи подсем. Ixodinae.Львов Д.К, ред. Организация эколого-эпидемиологического мониторинга территории Российской Федерации с целью противоэпидемической защиты населения и войск. Методические рекомендации. М.: МЗ РФ, Федеральное управление медикобиологических и экстремальных проблем, НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН; 1993.