Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology12247ArticlesСтатьиResearch ArticleGenetic characterization of new Komandory virus (KOMV; Bunyaviridae, Phlebovirus) isolated from the ticks Ixodes uriae, collected in guillemot (Uria aalge) nesting sites on Komandorski islands, the Bering seaГенетическая характеристика нового вируса Командоры (KOMV-Komandory virus; Bunyaviridae, Phlebovirus),изолированного из клещей Ixodes uriae (Acari: ixodidae), собранных в гнездовьях кайр (Uria aalge) на Командорских островах в Беринговом море15122013586VOL 58, NO6 (2013)ТОМ 58, №6 (2013)182209062023Copyright ©; 2013, Alkhovsky S.V., Lvov D.K., Shchelkanov M.Y., Shchetinin A.M., Deryabin P.G., Botikov A.G., Gitelman A.K., Samokhvalov E.I.Copyright ©; 2013, Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Дерябин П.Г., Ботиков А.Г., Гительман А.К., Самохвалов Е.И.2013Alkhovsky S.V., Lvov D.K., Shchelkanov M.Y., Shchetinin A.M., Deryabin P.G., Botikov A.G., Gitelman A.K., Samokhvalov E.I.Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Дерябин П.Г., Ботиков А.Г., Гительман А.К., Самохвалов Е.И.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/12247

Unclassified virus named Komandory virus (KOMV) isolated in Komandorski islands from the ticks Ixodes uriae in 1986 was partially sequenced. The KOMV nucleocapsid (N) protein sequence shows 30-40% identity level with the mosquito-borne phleboviruses and 43% with the Uukuniemi virus (UUKV) group (Phlebovirus, Bunyaviridae). The maximum identity (65%) for the KOMV N protein is observed for the Manawa virus. The KOMV glycoprotein identity with the UUKV group viruses ranges from 45% to 59%. The KOMV RdRp identity with the Manawa virus reaches 74%, while showing 63% level at average with the other UUKV group viruses. According to the results of molecular-genetic and phylogenetic analysis, the KOMV is a new member of the UUKV group (Phlebovirus, Bunyaviridae).

В настоящей работе проведено частичное секвенирование ранее не идентифицированного вируса, получившего название «Командоры» (Komandory - KOMV, от англ. Komandorski islands), изолированного на Командорских островах из клещей Ixodes uriae в 1986 г. на основании молекулярно-генетического и филогенетического анализа последовательностей белков KOMV установлено, что KOMV является новым вирусом группы укуниеми (UUKV) рода Phlebovirus (сем. Binyaviridae). уровень идентичности последовательности белка нуклеокапсида (N) KOMV составляет в среднем 30-40% с москитными флебовирусами и 43% с вирусами группы UUKV. Наиболее высоким уровнем (65%) идентичности белок N KOMV обладает с вирусом Manawa. Гликопротеин (G) KOMV обладает от 45 до 59% идентичности с вирусами группы UUKV. Идентичность RdRp KOMV с MWAV достигает 74%. С другими вирусами группы UUKV данное значение составляет в среднем 63%.

BunyaviridaePhlebovirusarbovirusUukuniemi virusixodes ticksnext-generation sequencingбуньявирусыфлебовирусыарбовирусывирус Укуниемииксодовые клещиполногеномное секвенированиеЛьвов Д. К. Экология вирусов. Вестник Акад. Мед. Наук СССР. 1972; (6): 49-55.Lvov D. K., Timopheeva A. A., Smirnov V. A., Gromashevsky V. L., Sidorova G. A., NikiforovL. P. et al. Ecology of tick-borne viruses in colonies of birds in the USSR. Med Biol. 1975; 53 (5): 325-30.Львов Д. К. Очаги арбовирусов на севере Дальнего Востока. От гипотезы к экспериментальной проверке. Вестник Акад. Мед. Наук СССР. 1978; (6): 81-6.Lvov S. D. Natural virus foci in high latitudes of Eurasia Sov. Med. Rev. Virol. UK: Harwood Academ. Pub. GmbH. 1993; 5 137-85.Lvov D. K., Timopheeva A. A., Gromashevski V. L., Gostinshchikova G. V, Veselovskaya O. V, Chervonski V. I. et al. “Zaliv Terpeniya” virus, a new Uukuniemi group arbovirus isolated from Ixodes (Ceratixodes) putus Pick.-Camb. 1878 on Tyuleniy Island (Sakhalin region) and Commodore Islands (Kamchatsk region). Arch. Ges. Virusforsch. 1973; 41 (3): 165-9.Lvov D. K., Timopheeva A. A., Chervonski V. I., Gromashevski V. L., Klisenko G. A., Gostinshchikova G. V. et al. Tuleniy virus. A new Group B arbovirus isolated from Ixodes (Ceratixodes) putus Pick.-Camb. 1878 collected on Tuleniy Island, Sea of Okhotsk. Am. J. Trop. Med. Hyg. 1971; 20 (3): 456-60.Lvov D. K., Timofeeva A. A., Gromashevski V. L., Chervonsky V. I., Gromov A. I., Tsyrkin Y. M. et al. “Sakhalin” virus-a new arbovirus isolated from Ixodes (Ceratixodes) putus Pick.-Camb. 1878 collected on Tuleniy Island, Sea of Okhotsk. Arch Gesamte Virusforsch. 1972; 38 (2): 133-8.Lvov D. K., Timopheeva A. A., Gromashevski V. L., Tsyrkin Y. M., Veselovskaya O. V., Gostinshchikova G. V. et al. “Okhotskiy” virus, a new arbovirus of the Kemerovo group isolated from Ixodes (Ceratixodes) putus Pick.-Camb. 1878 in the Far East. Arch. Ges. Virusforsch. 1973; 41 (3): 160-4.TYULENIY. In: Karabatsos N., ed. International catalogue of arboviruses incuding certain other viruses of vertebrates. San Antonio, Texas: Am. Soc. Trop. Med. Hyg.; 1985: 1045.ZALIV TERPENIYA. In: Karabatsos N., ed. International catalogue of arboviruses incuding certain other viruses of vertebrates. San Antonio, Texas: Am. Soc. Trop. Med. Hyg.; 1985: 1119.SAKHALIN. In: Karabatsos N., ed. International catalogue of arboviruses incuding certain other viruses of vertebrates. San Antonio, Texas: Am. Soc. Trop. Med. Hyg.; 1985: 881.PARAMUSHIR. In: Karabatsos N., ed. International catalogue of arboviruses incuding certain other viruses of vertebrates. San Antonio, Texas: Am. Soc. Trop. Med. Hyg.; 1985: 797.OKHOTSKIY. In: Karabatsos N., ed. International catalogue of arboviruses incuding certain other viruses of vertebrates. San Antonio, Texas: Am. Soc. Trop. Med. Hyg.; 1985: 759.Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28 (10): 2731-9.Ansorge W. J. Next-generation DNA sequencing techniques. Nat. Biotechnol. 2009; 25 (4): 195-203.Kreuze J. F., Perez A., Untiveros M., Quispe D., Fuentes S., Barker I. et al. Complete viral genome sequence and discovery of novel viruses by deep sequencing of small RNAs: a generic method for diagnosis, discovery and sequencing of viruses. Virology. 2009; 388 (1): 1-7.Victoria J. G., Kapoor A., Dupuis K., Schnurr D. P., Delwart E. L. Rapid identification of known and new RNA viruses from animal tissues. PLoS Pathog. 2008; 4 (9): e1000163.Альховский С. В., Щетинин А. М., Львов Д. К., Щелканов М. Ю., Дерябин П. Г., Львов Д. Н. и др. Вопросы вирусологии. 2013; 58 (4): 10-3. [Alkhovsky S.V, ShchetininA.M., LvovD.K., Shchelkanov M.Yu., Deryabin P.G., Lvov D.N. et al. Khurdun virus (KHURV): a new representative of orthobunyavirus (Bunyaviridae). Voprosy Virusologii. 2013; 58(4): 10-3.] (in Russian).Альховский С. В., Львов Д. К., Щелканов М. Ю., Щетинин А. М., Краснослободцев К. Г., Дерябин П. Г. и др. Вопросы вирусологии. 2013; 58(4): 14-9.Plyusnin A., Beaty B.J., Elliot R.M., Goldbach R., Kormelink R., Lundkvist A. et al. Family Bunyaviridae. In: King A.M., Adams M.J., Carstens E.B. and Lefkowitz E.J., eds. Virus taxonomy: Ninth report of the international committee of taxonomy of viruses, lst ed. London: Elsevier; 2012: 725-41.Palacios G., Savji N., Travassos da Rosa A., Guzman H., Yu X., Desai A. et al. Characterization of the uukuniemi virus group (phlebovirus: bunyaviridae): evidence for seven distinct species. J. Virol. 2013; 87(6): 3187-95.MANAWA. In: Karabatsos N., ed. International catalogue of arboviruses incuding certain other viruses of vertebrates. San Antonio, Texas: Am. Soc. Trop. Med. Hyg.; 1985: 649-50.Darwish M. A., Hoogstraal H., Roberts T. J., Ghazi R. and Amer T. A sero-epidemiological survey for Bunyaviridae and certain other arboviruses in Pakistan. Trans. Roy Soc. Trop. Med. Hyg. 1983; 77 (4): 446-50.Yu X. J., Liang M. F., Zhang S. Y., Liu Y., Li J. D., Sun Y. L. et al. Fever with thrombocytopenia associated with a novel bunyavirus in China. N. Engl. J. Med. 2011; 364 (16): 1523-32.Zhang Y. Z., Zhou D. J., Qin X. C., Tian J. H., Xiong Y., Wang J. B. et al. The ecology, genetic diversity, and phylogeny of Huaiyangshan virus in China. J. Virol. 2012; 86 (5): 2864-8.McMullan L. K., Folk S. M., Kelly A. J., MacNeil A., Goldsmith C. S., Metcalfe M. G. et al. A new phlebovirus associated with severe febrile illness in Missouri. N. Engl. J. Med. 2012; 367 (9): 834-41.Palacios G., Tesh R., Travassos daRosaA., SavjiN., Sze W., JainK. et al. Characterization of the Candiru antigenic complex (Bunyaviridae: Phlebovirus), a highly diverse and reassorting group of viruses affecting humans in tropical America. J. Virol. 2011; 85 (8): 3811-20.Reese S. M., Blitvich B. J., Blair C. D., Geske D., Beaty B. J., Black W. C. t. Potential for La Crosse virus segment reassortment in nature. Virol. J. 2008; 5: 164.Kirsanovs S., Klempa B., Franke R., Lee M. H., Sch onrich G., Rang A. et al. Genetic reassortment between high-virulent and low-virulent Dobrava-Belgrade virus strains. Virus Genes. 2010; 41 (3): 319-28.Yanase T., Kato T., Aizawa M., Shuto Y., Shirafuji H., Yamakawa M. et al. Genetic reassortment between Sathuperi and Shamonda viruses of the genus Orthobunyavirus in nature: implications for their genetic relationship to Schmallenberg virus. Arch. Virol. 2012; 157 (8): 1611-6.Briese T., Kapoor V., Lipkin W. I. Natural M-segment reassortment in Potosi and Main Drain viruses: implications for the evolution of orthobunyaviruses. Arch. Virol. 2007; 152 (12): 2237-47.