Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology12240ArticlesСтатьиResearch ArticleUniversal diagnostic oligonucleotide microarray for subtyping of human and animal influenza A virusesУниверсальный диагностический олигонуклеотидный микрочип для определения и субтипирования вирусов гриппа А человека и животных15102013585VOL 58, NO5 (2013)ТОМ 58, №5 (2013)323709062023Copyright ©; 2013, Vasin A.V., Sandybaev N.T., Plotnikova M.A., Klotchenko S.A., Chervyakova O.V., Strochkov V.M., Taylakova E.T., Temkina O.A., Brodskaya A.V., Zabrodskaya Y.A., Nikulenkov K.P., Egorov V.V., Koshemetov J.K., Sansyzbay A.R., Kiselev O.I.Copyright ©; 2013, Васин А.В., Сандыбаев Н.Т., Плотникова М.А., Клотченко С.А., Червякова О.В., Строчков В.М., Тайлакова Э.Т., Темкина О.А., Бродская А.В., Забродская Я.А., Никуленков К.П., Егоров В.В., Кошеметов Ж.К., Сансызбай А.Р., Киселев О.И.2013Vasin A.V., Sandybaev N.T., Plotnikova M.A., Klotchenko S.A., Chervyakova O.V., Strochkov V.M., Taylakova E.T., Temkina O.A., Brodskaya A.V., Zabrodskaya Y.A., Nikulenkov K.P., Egorov V.V., Koshemetov J.K., Sansyzbay A.R., Kiselev O.I.Васин А.В., Сандыбаев Н.Т., Плотникова М.А., Клотченко С.А., Червякова О.В., Строчков В.М., Тайлакова Э.Т., Темкина О.А., Бродская А.В., Забродская Я.А., Никуленков К.П., Егоров В.В., Кошеметов Ж.К., Сансызбай А.Р., Киселев О.И.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/12240

The diagnostic oligonucleotide microarray for subtyping of human and animal influenza A viruses (iAVs) was developed. We proposed a simple method of the fluorescent labeling of genomic segments of all known iAVs subtypes, the composition of the hybridization buffer, as well as the software of the data processing. 48 iAVs strains of different subtypes were analyzed using our microarray. All of them were identified, while 45 of 48 strains were unambiguously subtyped.

В работе представлен диагностический олигонуклеотидный микрочип для субтипирования вирусов гриппа А (ВГА) человека и животных. Предложен универсальный метод флюоресцентного мечения геномных сегментов всех известных подтипов ВГА, состав буфера гибридизации, а также программное обеспечение для обработки получаемых результатов. Результаты анализа 48 штаммов ВГА человека и животных, принадлежащих к 18 разным подтипам, позволили однозначно типировать все штаммы и субтипировать 45 штаммов.

influenza A virushemagglutininneuraminidasemicroarraymolecular diagnosisвирус гриппа Агемагглютининнейраминидазамикрочипмолекулярная диагностикаКиселев О. И. Геном пандемического вируса гриппа A/H1N1v-2009. СПб.: Димитрейд График Групп; 2011.Debouck C., Goodfellow P. N. DNA microarrays in drug discovery and development. Nat. Genet. 1999; 21(1): 48-50.Fesenko E. E., Kireyev D. E., Gryadunov D. A. et al. Oligonucleotide microchip for subtyping of influenza A virus. Influenza Other Respi. Viruses. 2007; 1(3): 121-9.Han X., Lin X., Liu B. et al. Simultaneously subtyping of all influenza A viruses using DNA microarrays. J. Virol. Methods. 2008; 152(1-2): 117-21.Hoffmann E., Stech J., Guan Y. et al. Universal primer set for the full-length amplification of all influenza A viruses. Arch. Virol. 2001; 146(12): 2275-89.Katoh K., Asimenos G., Toh H. Multiple alignment of DNA sequences with MAFFT. Methods Mol. Biol. 2009; 537: 39-64.Kessler N., Ferraris O., Palmer K. et al. Use of the DNA flow-thru chip, a three-dimensional biochip, for typing and subtyping of influenza viruses. J. Clin. Microbiol. 2004; 42(5): 2173-85.Klotchenko S. A., Vasin A. V, Sandybaev N. T. et al. Oligonucleotide microarray for subtyping of influenza A viruses. J. Physiol: Conf. Ser. 2012; 345(012041): 1-8.Li J., Chen S., Evans D. H. Typing and subtyping influenza virus using DNA microarrays and multiplex reverse transcriptase PCR. J. Clin. Microbiol. 2001; 39(2): 696-704.Lysov Y., Florentiev V., Khorlin A. et al. A new method to determine the nucleotide sequence by hybridizing DNA with oligonucleotides. Proc. Acad. Sci. USSR. 1988; 303: 1508-11.Sengupta S., Onodera K., Lai A. et al. Molecular detection and identification of influenza viruses by oligonucleotide microarray hybridization. J. Clin. Microbiol. 2003; 41(10): 4542-50.Vasin A. V., Sandybaev N. T., Plotnikova M. A. et al. Multisegment one-step RT-PCR fluorescent labeling of influenza A virus genome for use in diagnostic microarray applications. J. Physiol: Conf. Ser. 2011; 291(012006): 1-6.Waterhouse A. M., Procter J. B., Martin D. M. et al. Jalview Version 2- a multiple sequence alignment editor and analysis workbench. Bioinformatics. 2009; 25(9): 1189-91.Wernersson R. Probe design for expression arrays using OligoWiz. Methods Mol. Biol. 2009; 529: 23-36.