Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology12136ArticlesСтатьиResearch ArticleGenotypes 4 and 5 of the Tick-Borne Encephalitis Virus: Features of the Genome Structure and Possible Scenario for its FormationГенотипы 4 и 5 вируса клещевого энцефалита: особенности структуры геномов и возможный сценарий их формирования15082012574VOL 57, NO4 (2012)ТОМ 57, №4 (2012)131809062023Copyright ©; 2012, Demina T.V., Dzhioev Y.P., Kozlova I.V., Verkhozina M.M., Tkachev S.E., Doroshchenko E.K., Lisak O.V., Paramonov A.I., Zlobin V.I.Copyright ©; 2012, Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Козлова И.В., Верхозина М.М., Ткачев С.Е., Дорощенко Е.К., Лисак О.В., Парамонов А.И., Злобин В.И.2012Demina T.V., Dzhioev Y.P., Kozlova I.V., Verkhozina M.M., Tkachev S.E., Doroshchenko E.K., Lisak O.V., Paramonov A.I., Zlobin V.I.Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Козлова И.В., Верхозина М.М., Ткачев С.Е., Дорощенко Е.К., Лисак О.В., Парамонов А.И., Злобин В.И.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/12136

On the basis of the comparison of complete genome structures of 32 strains and gene E fragments (160 ndt) of 643 strains and RNA isolates of tick-borne encephalitis (TBE) virus, we confirmed our previously expressed assumption (Zlobin V.I. et al, 2001) of existence, along with the three major genotypes, of genotypes 4 (strain 17879) and 5 (strain 886-84). "Mosaic" structure of the polyprotein in the two strains was established. It manifests itself in particular in the sequences of 14 positions (0-3, E-206, NS1-54, NS-285, NS2A-100, NS2A-127, NS2A-174, NS2A-175, NS2A-225, NS3-376, NS4B-28, NS4B-96, NS5-18, NS5-671) containing the amino acids strictly conserved for each of the three major genotypes and is consistent with a uniform pattern of distribution of nucleotide substitutions that are specific for genotypes 1, 2 and 3. Possible scenario of the origin of TBE genotypes 4 and 5 was suggested.

На основе сравнения полногеномных структур 32 штаммов и фрагментов гена E (160 нуклеотидных оснований, н. о.) 643 штаммов и изолятов РНК вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) подтверждено ранее высказанное нами предположение (Злобин В. И. и др., 2001) о существовании наряду с 3 основными генотипами генотипов 4 (штамм 178-79) и 5 (штамм 886-84). установлена “мозаичность” в структуре полипротеинов обоих штаммов. Она проявляется в частности в последовательностях 14 позиций (С-3, Е-206, NS1-54, NS1-285, NS2A-100, NS2A-127, NS2A-174, NS2A-175, NS2A-225, NS3-376, NS4B-28, NS4B-96, NS5-18, NS5-671), содержащих строго консервативные для каждого из 3 основных генотипов аминокислоты, и согласуется с равномерным характером распределения нуклеотидных замен, специфичных для генотипов 1, 2 и 3. Рассмотрен возможный сценарий происхождения генотипов 4 и 5 ВКЭ.

TBE genotypesnucleotide and amino acid sequencesmolecular hybridizationrecombinationгенотипы ВКЭнуклеотидные и аминокислотные последовательностимолекулярная гибридизациярекомбинацияДемина Т. В. Характеристика генетической вариабельности штаммов вируса клещевого энцефалита на основе анализа гомологии участков вирусного генома: Автореф. дис.. канд. биол. наук. - Иркутск, 1999.Демина Т. В., Джиоев Ю. П., Верхозина М. М. и др. Генетическая вариабельность и генотипирование вируса клещевого энцефалита с помощью дезоксиолигонуклеотидных зондов // Вопр. вирусол. - 2009. - Т. 54, № 3. - С. 33-42.Демина Т. В., Джиоев Ю. П., Верхозина М. М. и др. Молекулярная эпидемиология вируса клещевого энцефалита: географическая вариабельность, определяемая методом молекулярной гибридизации // Эпидемиол. и вакцинопрофилактика. - 2009. - № 3. - С. 27-39.Злобин В. И., Демина Т. В., Беликов С. И. и др. Генетическое типирование штаммов вируса клещевого энцефалита на основе анализа гомологии фрагмента гена белка оболочки // Вопр. вирусол. - 2001. - № 1. - С. 16-21.Злобин В. И., Демина Т. В., Мамаев Л. В. и др. Анализ генетической вариабельности штаммов вируса клещевого энцефалита по первичной структуре фрагмента гена белка оболочки E // Вопр. вирусол. - 2001. - № 1. - С. 12-16.Карань Л. С., Браславская С. И., Мязин А. Е. Развитие методов детекции и генотипирования вируса клещевого энцефалита на основе амплификационных технологий // Вопр. вирусол. - 2007. - № 6. - С. 17-22.Хаснатинов М. А., Данчинова Г. А., Кулакова Н. В. и др. Генетическая характеристика возбудителя клещевого энцефалита в Монголии // Вопр. вирусол. - 2010. - № 3. - С. 27-32.Demina T. V., Dzhioev Yu. P., Verkhozina M. M. et al. Genotyping and characterization of the geographical distribution of tick-borne encephalitis virus variants with a set of molecular probes // J. Med. Virol. - 2010. - Vol. 82, N 6. - P. 965-976.Ecker M., Allison S. L., Meixner T., Heinz F. X. Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis viruses from Europe and Asia // J. Gen. Virol. - 1999. - Vol. 80. - P. 179-185.Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment // Briefings Bioinformat. - 2004. - N 5. - P. 150-163.Pletnev A. G., Yamshchikov V. F., Blinov V. M. Nucleotide sequence of the genome and complete amino acid sequence of the polyprotein of tick-borne encephalitis virus // Virology. - 1990. - Vol. 174. -P. 250-263.Shiu S. Y. W., Aires M. D., Gould F. A. Genomic sequence of the structural proteins of Louping ill virus: comparative analysis with tick-borne encephalitis virus // Virology. - 1991. - Vol. 180. - P. 411.Venugopal K., Shiu S. Y. W., Gritsun T., Gould E. A. Nucleotide sequence comparisons of the viral envelope gene of geographically separate tick-borne flaviviruses // Abstracts book 2nd International symposium on tick-borne encephalitis, 6-7 June, 1991. - Baden near Vienna, 1991. - P. 54.