Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology12063ArticlesСтатьиDevelopment of an ultrasensitive mismatch tolerant PCR assay for the qualitative and quantitative determination of HIV-1 RNAРазработка высокочувствительного устойчивого к нуклеотидным несовпадениям ПЦР-теста для качественного и количественного определения РНК ВИЧ-115022011561NO1 (2011)№1 (2011)242909062023Copyright ©; 2011, Prasolova M.A., Ivanov M.K., Dymshits G.M., Prasolova M.A., Ivanov M.K., Dymshits G.M.Copyright ©; 2011, Прасолова М.А., Иванов М.К., Дымшиц Г.М., Prasolova M.A., Ivanov M.K., Dymshits G.M.2011Prasolova M.A., Ivanov M.K., Dymshits G.M., Prasolova M.A., Ivanov M.K., Dymshits G.M.Прасолова М.А., Иванов М.К., Дымшиц Г.М., Prasolova M.A., Ivanov M.K., Dymshits G.M.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/12063

A real-time fluorescent polymerase chain reaction was used to develop a RealBest HIV RNA kit that was clinically suitable for the detection of HIV-1 RNA and for the estimation of virus load in plasma and serum samples. Due to the selection of a highly conserved target region and to the experimental study of the impact of different primer-template and probe-template mismatches on RT-PCR with subsequent selection of the optimum oligonucleotide set, the developed assay can detect and measure the concentration of all subtypes of HIV-1, group M. The assay provides a high reproducibility and sensitivity and a wide dynamic range of virus loads (20 to 10 million IU/ml of plasma or serum).

На основе метода полимеразной цепной реакции (ПЦР) с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени был разработан пригодный для применения в клинической практике набор "РеалБест РНК ВИЧ" для обнаружения РНК ВИЧ-1 и определения вирусной нагрузки в образцах плазмы или сыворотки крови. Благодаря выбору высококонсервативного района генома, а также проведенному экспериментальному исследованию влияния на ПЦР различных мисматчей (нуклеотидные несовпадения) в комплексах праймер-матрица и зонд-матрица с последующим подбором оптимальной композиции олигонуклеотидов разработанный тест позволяет выявлять и измерять концентрацию всех субтипов ВИЧ-1 группы M. Набор обеспечивает высокую воспроизводимость и чувствительность анализа и широкий динамический диапазон измерения вирусных нагрузок (от 20 до 107 МЕ/мл сыворотки или плазмы крови).

human immunodeficiency type 1mismatch tolerancereal-time polymerase chain reactionвирус иммунодефицита человека типа 1устойчивость к мисматчамполимеразная цепная реакция в режиме реального времениБобков А. Ф., Казеннова Е. В., Селимова Л. М. и др. Молекулярно-вирусологические особенности эпидемии ВИЧ-инфекции в России и других странах СНГ // Вестн. РАМН. - 2003. - № 12. - С. 83-84.Доклад о глобальной эпидемии СПИДа. - Женева, 2008.Amendola A., Bordi L., Angeletti C. et al. Comparison of LCx with other current viral load assays for detecting and quantifying human immuinodeficiency virus type 1 RNA in patients infected with the circulating recombinant form A/G (CRF02) // J. Clin. Microbiol. - 2004. - Vol. 42. - P. 811-815.Chamberland M. E., Lackritz E. M., Busch M. P. HIV screening of the blood supply in developed and developing countries // AIDS Rev. - 2001. - Vol. 3. - P. 24-35.Christopherson C., Sninsky J., Kwok S. The effects of internal primer-template mismatches on RT-PCR: HIV-1 model studies // Nucl. Acids Res. - 1997. - Vol. 25. - P. 654-658.Colson P., Solas C., Moreaud J. et al. Impaired quantification of plasma HIV-1 RNA with a commercialized real-time PCR assay in a couple of HIV-1-infected individuals // J. Clin. Virol. - 2007. - Vol. 39. - P. 226-229.Delwart E. L., Shpaer E. G., Louwagie J. et al. Genetic relationships determined by a DNA heteroduplex mobility analysis of HIV-1 env genes // Science. - 1993. - Vol. 262. - P. 1257- 1261.Finney D. J. Probit analysis. - Cambridge, 1980.Korber B. T. M., Allen E. E., Farmer A. D., Myers G. L. Heterogeneity of HIV-1 and HIV-2 // AIDS. - 1995. - Vol. 9. - P. 5-18.Levy D. N., Aldrovandi G. M., Kutsch O., Shaw G. M. Dynamics of HIV-1 recombination in its natural target cells // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2004. - Vol. 101. - P. 4204-4209.McCutchan F. E. Global epidemiology of HIV // J. Med. Virol. - 2006. - Vol. 78. - P. 7-12.Ritter D., Taylor J., Walkenbach R. et al. Diagnostic testing for HIV type 1 RNA in seronegative blood // Am. J. Clin. Pathol. - 2000. - Vol. 113. - P. 128-134.Saag M. S., Holodniy M., Kuritzkes D. R. et al. HIV viral load markers in clinical practice // Nat. Med. - 1996. - Vol. 2. - P. 625-629.Saldanha J. Validation and standardisation of nucleic acid amplification technology (NAT) assays for the detection of viral contamination of blood and blood products // J. Clin. Virol. - 2001. - Vol. 20. - P. 7-13.Tang N., Huang S., Salituro J. et al. A RealTime HIV-1 viral load assay for automated quantitation of HIV-1 RNA in genetically diverse group M subtypes A-H, group O and group N samples // J. Virol. Meth. - 2007. - Vol. 146. - P. 236-245.Van der Kuyl A. C., Cornelissen M. Identifying HIV-1 dual infections // Retrovirology. - 2007. - Vol. 4. - P. 67-78.