Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology11959ArticlesСтатьиGenetic diversity of human caliciviruses detected in schoolchildren with gastroenteritis in Nizhni NovgorodГенетическое разнообразие калицивирусов человека, обнаруженных у детей с гастроэнтеритом в Нижнем Новгороде15122009546NO6 (2009)№6 (2009)242809062023Copyright ©; 2009, Lukovnikova L.B., Yepifanova N.V., Novikov D.V., Novikova N.A.Copyright ©; 2009, Луковникова Л.Б., Епифанова Н.В., Новиков Д.В., Новикова Н.А.2009Lukovnikova L.B., Yepifanova N.V., Novikov D.V., Novikova N.A.Луковникова Л.Б., Епифанова Н.В., Новиков Д.В., Новикова Н.А.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/11959

A total of 2312 children admitted to the Nizhni Novgorod infectious disease hospitals for diagnosed acute gastroenteritis were examined using the RT-PCR. The detection rate of human caliciviruses was found to be 6.5% (range 1.2 to11.2%). The population of calicivuruses presented with noroviruses genogroups I (16%) and II (81%), and sapoviruses (3%). Noroviruses genogroup II included genotypes GII.2 and GII.4 with a preponderance of the variant CII.4-2006b. The detected sapoviruses were clustered with sapoviruses GI.1, GI.2, and GII.1 by phylogenetic analysis.

2312 детей, госпитализированных в инфекционные стационары Нижнего Новгорода с диагнозом острого гастроэнтерита, были обследованы с использованием полимеразной цепной реакцией с обратной транскрипцией ОТ-ПЦР. Установлена частота обнаружения калицивирусов человека, равная 6,5% (1,2-11,2%). Популяция калицивирусов была представлена норовирусами геногруппы I (16%), норовирусами геногруппы II (81%) и саповирусами (3%). Геногруппа II норовирусов включала генотипы GII.2 и GII.4 с доминированием варианта GII.4-2006b. Обнаруженные саповирусы при филогенетическом анализе кластеризовались с саповирусами GI.1, GI.2 и GII.1.

calicivurusesnorovirussapovirusRT-PCRgenotypesphylogenetic analysisкалицивирусыноровируссаповирусОТ-ПЦРгенотипыфилогенетический анализВирусология. Методы / Под ред. Б. Мейхи. - М., 1988. - С. 35-36.Мухина А. А., Шипулин Г. А., Боковой А. Г. и др. Первый опыт изучения калицивирусной инфекции у детей в Москве // Вопр. вирусол. - 2002.- № 6. - С. 33-37.Подколзин А. Т., Мухина А. А., Шипулин Г. Г. и др. Изучение этиологии острых кишечных инфекций у детей, госпитализированных в инфекционные отделения стационаров Москвы // Инфекц. бол. - 2004. - Т. 2, № 4. - С. 85-91.Ротавирусный гастроэнтерит. Противоэпидемические мероприятия / Новикова Н. А., Епифанова Н. В., Романова Т. В. и др. - Н. Новгород, 1999.Сироткин А. К., Сергеева Н. В., Тихомирова О. В. и др. Этиология вирусных гастроэнтеритов у детей в Санкт-Петербурге в 2001-2003 гг. // Материалы науч. конф. "Идеи Пастера в борьбе с инфекциями". Санкт-Петербург, 4-5 сентября 2003 г. - СПб., 2003. - С. 117-118.Bull R., Tu E., McIver С. et al. Emergence of a new norovirus genotype II.4 variant associated with global outbreaks of Gastroenteritis // J. Clin. Microbiol. - 2006. - P. 327-333.Burroughs J. N., Brown F. Presence of a covalently linked protein on calicivirus RNA // J. Gen. Virol. - 1978. - Vol. 4. - P. 443-446.Clarke I. N., Lambden P. R. Organization and expression of calicivirus genes // J. Infect. Dis. - 2000. - Vol. 181. - P. 309- 316.9. de Wit M. A., Koopmans M. P., Kortbeek L. M. et al. Sensor, a population-based cohort study on gastroenteritis in the Netherlands: incidence and etiology // Am. J. Epidemiol. - 2001. - Vol. 154, N 7. - P. 666-674.Guntapong R., Hansman G. S., Oka T. et al. Norovirus and Sapovirus infections in Thailand // Jpn J. Infect. Dis. - 2004. - Vol. 57, N 6. - P. 276-278.Hansman G. S., Takeda N., Uka T. et al. Intergenogroup recombination in sapoviruses // Emerg. Infect. Dis. - 2005. - Col. 11. - P. 1916-1920.Jiang X., Huang P., Zhong W. et al. Design and evaluation of a primer pair that detects both Norwalk- and Sapporo-like caliciviruses by RT-PCR // J. Virol. Meth. - 1999. - Vol. 83. - P. 143-154.Kageyama Т., Kojima S., Shinohara M. et al. Broadly reactive and highly sensitive assay for Norwalk-like viruses based on Real-Time. Quantitative Reverse Transcription-PCR. // J. Clin. Microbiol. - 2003. - Vol. 41, N 4. - P. 1548-1557.Kojima S., Kageyama Т., Fukushi S. et al. Genogroup-specific PCR primers for detection of Norwalk-like viruses // J. Virol. Meth. - 2002. - Vol. 100. - P. 107-114.Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment // Briefings in Bioinformatics. - 2004. - Vol. 5. - P. 150 -163.Monica В., Ramani S., Banerjee I. et al. Human caliciviruses in symptomatic infections in children in Vellore, South India // J. Med. Virol. - 2007. - Vol. 79, N 5. - P. 544-551.Phan T. G., Kaneshi K., Ueda Y. et al. Genetic heterogeneity, evolution, and recombination in noroviruses // J. Med. Virol. - 2007. - Vol. 79, N 9. - P. 1388-1400.Tu E., Bull R., Greening G. et al. Epidemics of gastroenteritis during 2006 were associated with the spread of norovirus GII.4 variants 2006a and 2006b // Clin. Infect. Dis. - 2008. - Vol. 46. - P. 413-420.