Problems of VirologyProblems of VirologyВопросы вирусологии0507-40882411-2097Central Research Institute for Epidemiology11873ArticlesСтатьиDevelopment of microchips for the detection of mutations of HIV-1 variability to protease inhibitors and the usage resultsРазработка биологических микрочипов для выявления мутацийустойчивости ВИЧ-1 к ингибиторам протеазы и результаты ихприменения15122004496NO6 (2004)№6 (2004)101609062023Copyright ©; 2004, Rudinsky N.I., Mikhailovich V.M., Donnikov M.Y., Lapa S.A., Sukhanova A.L., Kazennova E.V., Bobkov A.F., Zasedatelev A.S., Pokrovsky V.V., Mirzabekov A.D.Copyright ©; 2004, Рудинский Н.И., Михайлович В.М., Донников М.Ю., Лапа С.А., Суханова А.Л., Казеннова Е.В., Бобков А.Ф., Заседателев А.С., Покровский В.В., Мирзабеков А.Д.2004Rudinsky N.I., Mikhailovich V.M., Donnikov M.Y., Lapa S.A., Sukhanova A.L., Kazennova E.V., Bobkov A.F., Zasedatelev A.S., Pokrovsky V.V., Mirzabekov A.D.Рудинский Н.И., Михайлович В.М., Донников М.Ю., Лапа С.А., Суханова А.Л., Казеннова Е.В., Бобков А.Ф., Заседателев А.С., Покровский В.В., Мирзабеков А.Д.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://virusjour.crie.ru/jour/article/view/11873

An original biochip was constructed for the detection of 34 mutations of HIV-1 resistance to protease. A technology was worked out, which is based on the hybridization of a fluorescence-labeled amplified fragment of the polgene of the HIV-1 provirus DNA with a set of specific oligonucleotides immobilized in 3-D hydrogel pads of the biological microchip. The biochip was used to analyze 115 samples of the subtype-1 provirus HIV-1 DNA isolated from untreated IDUs and their sexual partners in 15 regions of former USSR countries. Substitution of Val/lle in position 77 of protease (V771) is known as secondary mutation of resistance to Nelfinavir detected in 55 (47.8%) of 115 HIV-1 variations. Its first appearance was registered in a patient with HIV in April 1997 in Tver, where its carrying variant caused an HIV outbreak. It is demonstrated that the V77l-substitution variant, that dominates in Moscow, caused outbreaks in Irkutsk and Yekaterinburg and spread into separate districts of Perm and Perm Region. At the same time, no V77I HIV-1 was detected in any of the HIV studied cases diagnosed before 1998 in Moldova, Ukraine and Rostov Region.

Сконструирован оригинальный биочип для выявления 34 мутаций устойчивости ВИЧ-1 к ингибиторам протеазы. Разработана технология, в основе которой лежит гибридизация флюоресцентно меченного амплифицированного фрагмента гена pol провирусной ДНК ВИЧ-1 с набором специфических олигонуклеотидов, иммобилизованных в трехмерных гелевых ячейках биологического микрочипа. С помощью биочипа проанализировано 115 образцов провирусной ДНК ВИЧ-1 подтипа А, выделенных от нелеченых наркоманов и их половых партнеров из 15 регионов стран бывшего СССР. Замена Вал/Иле в положении 77 протеазы (V77I), известная как вторичная мутация устойчивости к нельфинавиру, обнаружена в 55 (47,8%) из 115 вариантов ВИЧ-1. Первое ее появление обнаружено у пациента, зарегистрированного с диагнозом ВИЧ-инфекции в апреле 1997 г. в Твери, где несущий ее вариант вызвал вспышку ВИЧ-инфекции. Показано, что к настоящему времени вариант с заменой V77I доминирует в Москве, вызвал вспышки в Иркутске и Екатеринбурге, а также распространился в отдельных районах Перми и Пермской области. В то же время ни в одном из исследованных случаев ВИЧ-инфекции, диагностированных до 1998 г. на территории Молдавии, Украины, Ростовской, Саратовской областей и Краснодарского края, вариант ВИЧ-1 с мутацией V77I не был выявлен.

human immunodeficiency virusdetectionRussiaA subtypeproteaseNelfinavirdrug-resistance mutationV77IbiochipV77Iвирус иммунодефицита человекавыявлениеРоссияподтип Апротеазанельфинавирмутации лекарственной устойчивостибиочипА. с. 2175972. Способ иммобилизации олигонуклеидов, содержащих непредельные группы, в полимерных гидрогелиях при формировании микрочипа // Мирзабеков А. Д.,Рубина А. Ю., Паньков С. В. и др. Бюл. изобр. - 2001. - №25.Бобков А. Ф., Казеннова Е. В., Бобкова М. Р. Молекулярно- генетическая характеристика ВИЧ-1 на территории России // Вестн. РАМН. - 2002. - № 8. - С. 40-42.ВИЧ-инфекция: клиника, диагностика и лечение / Покровский В. В., Ермак Т. Н., Беляева В. В., Юрин О. Г. - М., 2003. - С. 418-426.Михайлович В. М., Лапа С. А., Грядунов Д. А. и др. Использование методов гибридизации и ПЦР на специализированном ТБ-микрочипе для обнаружения рифампицинрезистентных штаммов Mycobacterium tuberculosis // Бюл. экспер. биол. - 2001. - Т. 131, № 1. - С. 112-117.Покровский В. В., Ладная Н. Н., Савченко А. Т. и др. Эпидемия ВИЧ-инфекции в России // Эпидемиол. и инфекц. бол. - 1998. - № 5. - С. 4-11.Рябов Г. С., Казеннова Е. В., Корепанова Л. Б. и др. Вспышка ВИЧ-инфекции в г. Лысьва Пермской области: гомозиготный генотип CCR5A32/CCR5A32 обеспечивает высокий уровень устойчивости при парентеральной передаче вируса // Вопр. вирусол. - 2002. - № 4. - С. 13-16.Суханова А. Л., Казеннова Е. В., Рудинский Н. И. и др. Генетическая изменчивость области, кодирующей протеазу, у изолятов ВИЧ-1 подтипа А и рекомбинантов CRF03_AB на территории СНГ // Вопр. вирусол. - 2004. - № 6. - С. 4.Ghys P. D., Saidel Т., Vu H. Т., Savchenko I. et al. Growing in silence: selected regions and countries with expanding HIV/ AIDS epidem. AIDS. - 2003. - Vol. 17 (18s). - P. S45-S50.Mikhailovich V., Lapa S., Gryadmov D. et al. Identification of rifampin-resistant Mycobacterium tuberculosis strains by hybridization, PCR, and ligase detection reaction on oligonucleotide microchips // J. Clin. Microbiol. - 2001. - Vol. 38. - P. 2531-2540.